Marvin

Marvin Prosjektet tilbyr en samling av Java-verktøy for å tegne, vise og karakterisere kjemiske strukturer, underkonstruksjoner og reaksjoner.
Marvin kan enkelt installeres på skrivebordet og sømløst integrert i nettsider og tredjeparts applikasjoner via sin Application Programming Interface (API).
Marvin familien består av følgende verktøy:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Applets eller bønner?
Marvin er tilgjengelig i to pakker, avhengig av bruken:
* Marvin Applets for webutvikler
* Marvin Beans for apoteket skrivebordet og for programvareutvikleren.
Marvin Applets er verktøy for å bygge kjemiske nettsider, som er kompatibel med de fleste nettlesere (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, etc.) De tilbyr tilgang fra / til Javascript og kan tilpasses etter Applet parametere.
Marvin Bønner er lett installerbare programmer for skrivebordet og verktøy for å integrere Marvin evner i noen Java-program

Hva er nytt i denne utgaven:.

• MarvinSketch:
• Offentlig database søk i chemicalize.org.
• Mulighet til å endre ligand orden i MarvinSketch.
• Fog-effekt kan styres på ulike måter:
• Det er en skyveknapp på siden Vis i dialogboksen Innstillinger i Sketch / View GUI for å sette styrken av tåke-effekt og en avkrysningsboks for å slå av den automatiske tåke-effekt.
• Applet og bønner parametere introduseres: fogFactor, automaticFogEnabled. (Forumemne).
• Feste til en gruppe festepunkt ikke løse opp automatisk Sgroup lenger.
• Fastsettelse av S-gruppen innhold. Flere og generiske S-grupper må inneholde hele sub-graf mellom obligasjonene krysser parentes
• Oppdatering av S-gruppen innhold hvis brakett stillinger endre: både konsoll- og strukturen er flyttet
.
• S-gruppen embedding og overlapping kontrolleres ved molekyl konsistenskontroller.
• SMARTS import støtter alifatiske karbonatomer med dobbeltbinding (forumemne).
• SMILES import / eksport støtter allenes.
• Generer tradisjonelle navn for fragmenter inne i en større sammensatt (f.eks & quot; dekstrometorfan hydrobromid- & quot;).
• Støtte for CAS nummer konvertering.
• Forbedret OCR feilretting i DocumentExtractor (manglende komma, misrecognized parentes type, ekstra mellomrom, ...).
• Dokument Extractor om PDF-dokumenter gir nå den siden antall treff.
• Forbedret støtte for vanlige navnene i struktur-til-navn og navn-til-struktur. Den generelle støtten til navn import økte med rundt 5% for vanlige og 10% for systematiske navn. Konvertering hastighet er økt med ca 20%.
• JChem og Marvin Bønner installatører for Windows også trekke shell script for cygwin.
• Bevar exocycyclic grupper i Bemis-Murcko rammer.
• Halogen kan ha mer enn én tilkobling under opptellingen.
• Aromatiske obligasjoner anses under beregning av antall dobbeltbindinger for homologi eiendom sjekking.
• Lasso valgmodus kan settes til å være standard i MSketchPane (forumemne).
• En ny funksjon, isChiral har blitt lagt til TopologyAnalyzer.
• Ny Chmical Vilkår funksjoner: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Bugfikses:
• Navn boksen ble ikke oppdatert etter gruppeoppretting fordi skape en gruppe ikke øke graf invariant endring count (forumemne).
• MarvinSketch søknaden ikke forstå & quot; - {name} & quot; kommandolinje parameter.
• Når Structure & gt; Finn strukturere online menyen ble påberopt under Linux, kan standard nettleser ikke bli oppdaget for å vise resultat (forumemne).
• lasting av isotopes.data filen fra java cache mislyktes hvis sin ukomprimerte versjonen ble lagret i cache (dvs. hvis Dekomprimering ble gjort automatisk av webserver, og ikke av Marvin). Forumemne, dokumentasjon.
• Grafiske gjenstander ble ikke vist i Geometry Plugin resultatvinduet.
• På elektron-flow pil, ble den blå boksen for å fremheve savnet (forumemne).
• Ligand ordren ble ikke vist på stillaset hvis definisjonene ble slettet, selv om & quot; alltid & quot; visningsalternativ ble satt for & quot; Ligand bestillinger & quot; i dialogboksen preferanser.
• Indeks av multi atom ble skadet etter å eksportere til MDL Mol format hvis den var koblet til en R-gruppe.
• Arrow stakk til rektangler ble skadet under MRV import / eksport (forumemne).
• Import av 1-brev peptid mislyktes på et enkelt Histidin (forumemne).
• Implisitt hydrogen manglet ved å importere fra skc.
• Null eiendomsverdi på MolAtom ble ikke eksportert / importert i MRV format.
• Ved å importere visse SMARTS, ble feil obligasjonstypen bestemmes i stedet for én eller aromatisk obligasjon.
• Enkelte brak importert fra CDX-filer trukket i ChemDraw ble vist i feil retning.
• SMARTS eksport.: 1-atom enkeltbinding nabo av en aromatisk ring ble eksportert som enkeltbinding i stedet for single / aromatisk
• Eksportere spørringer med lenke node og R-gruppene i SMARTS format var feil.
• H atom håndtering var tvetydig i Smarts uttrykk.
• Mol fil kommentarfelt import mislyktes.
• Import av visse SMILES var galt (forumemne).
• Dersom malen inneholder en kjede del som kan være plassert i målet som en del av en ring (eller ringsystem) vi skal se bort fra den del av malen.
• The Fine med Hydrogenize mulighet for Clean3D ikke løse opp S-grupper automatisk
(forumemne).
• Molecule.contractSgroups () messed opp molekylet koordinater (forum topic).
• Explicit hydrogen ble ikke ordentlig tatt hensyn til i Cis / Trans stereo beregning.
• tautomeren generator kastet ArrayIndexOutOfBoundsException i noen tilfeller.
• Homologi opplisting produsert inkonsistente molekyler for noen VMN innspill.
• Feil kostnad telle etter påføring CovalentCounterion fixer.
• loggutdataene formatet StructureChecker kommandolinje skilte seg fra output format i veiviseren.
• ChiralFlagErrorChecker ikke håndtere chiralitet riktig. Stedet for å beregne chiralitet fra paritetsdata, brukes det en implementering basert på isChiral metode for TopologyAnalyser.

Hva er nytt i versjon 5.4.0.1:

• Highlighting av elektron flyt piler var galt når basen eller endepunkt var en obligasjon (forumemne).
• Serialisert konfigurasjonsmenyen fungerte ikke.
• Indeksen av multi atom ble feilaktig opprettet under MDL MOLFile eksport i tilfelle av strukturer der R-gruppen ble koblet til multi atom (posisjon variasjons obligasjoner).
• Implisitt hydrogen manglet fra atomene etter import eller lim av strukturer i ISIS / Symyx Sketch filformat (SKC filformat).
• CDX-filer, inkludert roterte grafiske objekter eksportert fra gamle versjoner av ChemDraw kunne ikke importeres.
• tautomeren beregning
• Generic tautomer var ikke unikt nok i noen tilfeller. På grunn av feilrettingen, er det generiske tautomer gitt aromatisk skjema.
• Canoncical tautomer beregningen har blitt forbedret på grunn av reparasjonen av dearomatization.
• Visse strukturer med eksplisitte hydrogenatomer koblet med kile obligasjon ga et unntak under generisk tautomerisering.
• Volum beregning manglet fra cxcalc.
• Struktur Checker kastet NullPointerException stedet for å ignorere feil konfigurasjonsfilen.

Hva er nytt i versjon 5.1.03.2:

• IUPAC Navn import: konvertere IUPAC navn til strukturer.
• OLE 2-støtte. Forbedret støtte av lime MarvinSketch objekter i MS Office-dokumenter
• Kjemiske Vilkår:. Tilgjengelige fra Marvin i kommandolinjen, API og kan brukes i Java-skript (i applets)
• Akselerert initialisering av MarvinSketch og MarvinView ved oppstart, både som frittstående versjon, og som gjennomføres komponent i andre programmer.

Krav :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment