CaPSID

capsid er en omfattende åpen kildekode-plattform som integrerer en høyytelses beregnings rørledning for patogen sekvens identifisering & nbsp; og karakterisering i menneskelige genomer og transcriptomes sammen med en skalerbar resultater database og et brukervennlig web-basert program for håndtering, spørring og visualisere resultater.
Komme i gang
Du trenger en MongoDB database, en Python 2.6+ installasjon og Apache Tomcat 6+. For mer informasjon, les wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What er ny i denne utgivelsen:

• Løser Feilmelding når du kjører subtraksjon og justering er ikke funnet
• Mer arbeid på å fikse lange spørringer som kjører

Hva er nytt i versjon 1.4.2:

• Fjerner MongoKit avhengighet

Hva er nytt i versjon 1.4.1:

• Løser markør timeout for lange løpe statistikk spørsmål

Hva er nytt i versjon 1.4.0:

• Legger statistikk mens de blir kjørt i stedet for alle på slutten
• Sparer unik id for gener som uid

Hva er nytt i versjon 1.2.7:

• Løser README

Hva er nytt i versjon 1.2.6:

• subtraksjon filtrerer ut kartlagt når du bygger kartlagt leser

Hva er nytt i versjon 1.2:

• Utility for å skape FastQ filer fra kartlagte leser
• Utility for å gå tilbake skjæringspunktet mellom FastQ filer
• Utility for å gå tilbake filter FastQ filer
• Lagd mapq terskel flagg til subtraksjon
• Gbloader kan nå laste bakterier og sopp genomer
• Sparer genomsekvenser til databasen ved hjelp GridFS
• Redusert minne fotavtrykk ved beregning av statistikk
• bruke delprosessene i stedet for os.system
• mapq score filter må omfatte 0

Hva er nytt i versjon 1.1:

• legger til støtte for pair-end leser

Hva er nytt i versjon 1.0.1:

• Lagt til støtte for MongoDB godkjenning

Krav :

• Python