E-Cell System

E-Cell System er et konsept for å bygge virtuelle celler på datamaskiner.
E-Cell System er et objektorientert programvarepakke for modellering, simulering og analyse av storskala komplekse systemer som biologiske celler, bygd for ved Kouichi Takahashi og skrevet av et fantastisk team av utviklere. Sentral del av systemet, E-Cell simuleringsmiljø versjon 3, gjør det mulig for mange komponenter som drives av flere algoritmer med forskjellige tidsskalaer å eksistere.
E-Cell-prosjektet er et internasjonalt forskningsprosjekt som tar sikte på å utvikle nødvendige teoretiske støtter, teknologier og programvareplattformer for å tillate presis helcelle simulering.
E-Cell System består av følgende tre hoveddeler:
- E-Cell Simulering Environment (eller E-Cell SE)
- E-Cell Modeling Environment (eller E-Cell ME)
- E-Cell Analysis Toolkit

Egenskaper

• Grunn evner:
• Objektorientert modellering og simulering av komplekse systemer.
• Plug-in arkitektur. Nye brukerobjektklasser kan utvikles, dynamisk lastet, og brukes i simuleringen.
• Sanntids brukermedvirkning og visualisering under simuleringen.


• Scripting:
• Python skripting av en simulering session (start / stopp / parameter manipulasjon / databehandling osv ...).
• Python skripting av en simulering eksperiment som involverer mange kjøringer av simulerings økter (som parameter tuning, metabolsk kontroll analyse etc ..)
• Python skripting av modellen fil generasjon (f.eks for automatisert modell bygging fra databaser).


• Kompatible:
• SBML nivå 1/2 import.
• SBML nivå 1/2 eksport.


• Parallel beregning:
• Delt-minne, multi-tråd parallellisering av en enkelt simulering økt. (Som skal flettes inn i hovedgren.)
• Cluster og grid distribuert beregning av flere simulerings økter. Sun Grid Engine, (Globus toolkit).

Hva er nytt i denne utgaven.

• Denne versjonen legger ulike feilrettinger

Hva er nytt i versjon 3.1.107 RC2:

• Fikset en bug i ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Fikset en bug i ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

Hva er nytt i versjon 3.1.107 RC1:

• Fast kompilering problem på nyere GCC (& gt; = 4.3). (Moriyoshi)
• Integrerte pyecs inn pyecell. (Moriyoshi)
• Sammenslåtte ecell.emc inn ecell.ecs å unngå statisk initializer weirdness i noen plattform (inkludert Mac OS X). (Moriyoshi)
• To GUI frontends (session-skjerm og modell-editor) ble fornyet for å være to pakker av python moduler, ecell.ui.osogo og ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• Flyttet GtkSessionMonitor å ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor som ligger i ecell / frontend / session_manager. (Moriyoshi)
• omdøpt ecell.SessionManager å ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Fjernet følgende konstanter fra ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)