Jmol

Skjermbilde programvare:
Jmol
Prog.varedetaljer:
Versjon: 14.29.14 Oppdatert
Last opp dato: 22 Jun 18
Lisens: Gratis
Popularitet: 93

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

Jmol er en åpen kildekode, kryssplattform og gratis grafisk programvare som opprinnelig ble utviklet for å fungere som molekylærviser for 3D-kjemiske strukturer. Den går i fire frittstående moduser, som en HTML5 web app, et Java-program, en Java-applet og en "headless" server-side komponent.


Feaures et øyeblikk

Viktige funksjoner inkluderer høy ytelse 3D rendering støtte uten å kreve noen high-end maskinvare, eksporter filer til JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ og POV-Ray formater, støtter grunnleggende enhet-celler, støtte RasMol og Chime skriptspråk, samt JavaScript-biblioteket.

I tillegg støtter programvaren animasjoner, overflater, vibrasjoner, orbitaler, målinger, symmetri- og enhetcelleoperasjoner og skjematiske former.


Støttede filformater

For øyeblikket støtter programmet et bredt utvalg av filformater, blant annet kan vi nevne MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, MMCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + vib, XYZ-FAH, MOL2, CSF, GAMESS, Gauss, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO og MOPAC.

I tillegg støttes også CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR og JME. .

Støtter alle de store nettleserne

Programvaren er testet med alle viktige nettlesere, inkludert Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera og Safari. De ovennevnte nettleserappene har blitt testet på alle de vanlige operativsystemene (se neste avsnitt for brukerstøttede operativsystemer).


Støtter alle vanlige operativsystemer

Jmol er skrevet i Java-programmeringsspråket, og er et plattformuavhengig program som er designet for å støtte alle GNU / Linux-distribusjoner, operativsystemene Microsoft Windows og Mac OS X og alle andre OS der Java Runtime Environment er installert.

Hva er nytt i denne versjonen:

  • Feilrett: Jmol SMILES tillater ikke innsettingskodesøk - legger til " ^ & quot; for innføringskode: [G # 129 ^ A. *]

Hva er nytt i versjon:

  • Feilrett: Jmol SMILES tillater ikke innsettingskodesøk - - legger til "^" for innføringskode: [G # 129 ^ A. *]

Hva er nytt i versjon 14.20.3:

  • feilretting: Jmol SMILES tillater ikke innføring- kodesøk - legger til "^" for innføringskode: [G # 129 ^ A. *]

Hva er nytt i versjon 14.6.5:

  • feilretting: Jmol SMILES tillater ikke innsettingskodesøk - legger til «^« for innføringskode: [G # 129 ^ A. *]

Hva er nytt i versjon 14.6.1:

  • feilretting: Jmol SMILES tillater ikke innføring- kodesøk - legger til "^" for innføringskode: [G # 129 ^ A. *]

Hva er nytt i versjon 14.4.4 Bygg 2016.04.22:

  • feilretting: ikke justert for tilsatte hydrogener
  • feilretting: 14.3.3_2014.08.02 brøt mmCIF-leser
  • Feilrett: BinaryDocument (Spartan fil) lesing brutt i 14.1.12_2014.03.18

Hva er nytt i versjon 14.4.4 Bygg 2016.04.14:

  • feilretting: ikke justert for tilsatte hydrogener
  • feilretting: 14.3.3_2014.08.02 brøt mmCIF-leser
  • Feilrett: BinaryDocument (Spartan fil) lesing brutt i 14.1.12_2014.03.18

Hva er nytt i versjon 14.4.4 Bygg 2016.03.31:

  • feilretting: ikke justert for tilsatte hydrogener
  • feilretting: 14.3.3_2014.08.02 brøt mmCIF-leser
  • Feilrett: BinaryDocument (Spartan fil) lesing brutt i 14.1.12_2014.03.18

Hva er nytt i versjon 14.4.3 Bygg 2016.03.02:

  • Feilrett: annotasjonsatomsettene er ikke justert for tilsatte hydrogener
  • feilretting: 14.3.3_2014.08.02 brøt mmCIF-leser
  • Feilrett: BinaryDocument (Spartan fil) lesing brutt i 14.1.12_2014.03.18

Hva er nytt i versjon 14.4.3 Bygg 2016.02.28:

  • feilretting: ikke justert for tilsatte hydrogener
  • feilretting: 14.3.3_2014.08.02 brøt mmCIF-leser
  • Feilrett: BinaryDocument (Spartan fil) lesing brutt i 14.1.12_2014.03.18

Hva er nytt i versjon 14.4.2 Bygg 2016.02.05:

  • feilretting: ikke justert for tilsatte hydrogener
  • feilretting: 14.3.3_2014.08.02 brøt mmCIF-leser
  • Feilrett: BinaryDocument (Spartan fil) lesing brutt i 14.1.12_2014.03.18

Hva er nytt i versjon 14.4.0 Bygg 2015.12.02:

  • feilretting: ikke justert for tilsatte hydrogener
  • feilretting: 14.3.3_2014.08.02 brøt mmCIF-leser
  • Feilrett: BinaryDocument (Spartan fil) lesing brutt i 14.1.12_2014.03.18

Hva er nytt i versjon 14.2.15:

  • feilretting: annotasjonsatomsettene er ikke justert for tilsatte hydrogener
  • feilretting: 14.3.3_2014.08.02 brøt mmCIF-leser
  • Feilrett: BinaryDocument (Spartan fil) lesing brutt i 14.1.12_2014.03.18

Hva er nytt i versjon 14.2.13:

  • feilretting: hydrogener
  • feilretting: 14.3.3_2014.08.02 brøt mmCIF-leser
  • Feilrett: BinaryDocument (Spartan fil) lesing brutt i 14.1.12_2014.03.18

Hva er nytt i versjon 14.2.12:

  • feilretting: hydrogener
  • feilretting: 14.3.3_2014.08.02 brøt mmCIF-leser
  • Feilrett: BinaryDocument (Spartan fil) lesing brutt i 14.1.12_2014.03.18

Hva er nytt i versjon 14.1.8 Beta:

  • Ny funksjon - sett cartoonRibose:
  • trekker i ribose ringer, med fasetter som viser puckering
  • kobles via C4'-C5'-O5'-P eksplisitt
  • viser C3'-O3 'som referanse.
  • deaktiverer cartoonBaseEdges (Leontis-Westhof-kanter)
  • deaktivert av SET cartoonBaseEdges ON
  • foreslått av Rick Spinney, Ohio State
  • Ny funksjon: animramme [a, b, c, d] fungerer med negative tall for å indikere intervaller:
  • animramme [1, -5, 10, -6] -> [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
  • les som "1 til 5 og deretter 10 til 6"
  • Ny funksjon: Tinker-filleser (og FoldingXYZ-leseroppgradering):
  • Kan bruke Tinker :: men dette er bare nødvendig hvis første linje er bare et atomCount
  • plasserer eldre Tinker-format med n-1 atomer for atomCount
  • tillater baner og ønsket modellnummer
  • Ny funksjon: (faktisk 13,1 men ikke dokumentert) animasjonsramme [51 50 49 48 47 46 45 (etc) 27 1 2 3 4 5 6 7 (etc) ....]
  • Ny funksjon: x = sammenlign ({atomset1}, {atomset2}, "MAP")
  • Ny funksjon: x = sammenlign ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "alt")
  • Ny funksjon: x = sammenlign ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "best")
  • Ny funksjon: x = sammenlign ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "H")
  • Ny funksjon: x = sammenlign ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "allH")
  • Ny funksjon - x = sammenlign ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "bestH"):
  • genererer en eller flere korrelasjonslister basert på ikke-aromatiske smil
  • inkluderer eventuelt H-atomer
  • genererer eventuelt alle mulige atommappings
  • returnerer int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
  • hvor an og bn er heltall atomindekser eller liste når "alt" alternativet er valgt.
  • Følgende vil generere et atomkorrelasjonskart for to strukturer, inkludert hydrogenatomer: last filer "a.mol" & Quot; b.mol & quot; x = sammenlign ({1.1} {2.1} "MAP" "H")
  • Følgende sammenligner koffeinmodellen fra NCI til den fra PubChem:
  • last $ koffein; legg til: koffein; ramme *
  • velg 2,1; label% [atomIndex]
  • sammenligne {1.1} {2.1} SMILES rotere oversette
  • x = sammenlign ({1.1}, {2.1}, "MAP" "bestH")
  • for (a i x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; velg atomindex = a1; label @ a2}
  • Ny funksjon: sammenlign {model1} {model2} SMILES:
  • Ingen grunn til å gi smiler; Jmol kan generere den fra {model1}
  • Ny funksjon: x = {*}. finn ("SMILES", "H"):
  • genererer SMILES med eksplisitte H-atomer
  • feilretting: understruktur () -funksjon ved bruk av SMILES i stedet for SMARTS, så bare fulle strukturer;
  • Feilsøking: bedre feilsøking og meldinger i SMILES-relaterte metoder
  • feilrettelse: Gjør webexport-funnet av banen til Jmol.jar og jsmol.zip mer robust.
  • feilretting: getProperty extractModel ikke hedrer delmengde
  • feilretting: sett pdbGetHeader TRUE tar ikke opp REMARK3 REMARK290 REMARK350
  • feilretting: getProperty ("JSON", ....) skal vikle verdien i {verdi: ...}
  • feilrettelse: MO vedvarende gjennomsiktighet brutt i 11.x
  • feilretting: vis MENY skriv MENU last MENU alt brutt i 12.2
  • feilretting: {*} [n] skal være tom hvis nAtoms

Hva er nytt i versjon 14.0.7:

  • Feilrett: 14.0.6 dårlig bugged - unitcell og echo rendering, getProperty

Hva er nytt i versjon 14.0.5:

  • Feilrett: LCAOCarton-transluktens ødelagt
  • Feilrett: gjennomsiktig skråbakken
  • Feilsøking: pqr, p2n lesere ødelagt
  • Feilsøking: isosurface map-egenskapen xxx kan mislykkes hvis overflaten er et fragment som på en eller annen måte har et punkt som ikke er knyttet til et underliggende atom.

Hva er nytt i versjon 14.1.5 Beta:

  • feilrettelse: LCAOCarton-transluktensbrudd
  • Feilrett: Gjennomsiktig gjennomsiktig ryggraden
  • feilretting: pqr, p2n lesere ødelagt
  • bugfix: isosurface map property xxx kan mislykkes hvis overflaten er et fragment som (en eller annen måte) har et punkt som ikke er knyttet til et underliggende atom.

Hva er nytt? i versjon 14.0.4:

  • Feilrett: raketter ødelagt
  • Feilrett: FBB byChain, avSymop støttes ikke.

Hva er nytt i versjon 14.0.2:

  • feilretting: modulering skiller ikke mellom q og t;
  • Feilrett: Modulerte målinger virker ikke
  • Feilrett: Ikke hopp over settet DefaultLattice "{NaN NaN NaN}"
  • feilretting: isosurface-kart atomomløp mislykkes
  • Feilrett: Vibrasjonsmodulering med avstander oppdateres ikke
  • feilretting: vibrasjon av fører til unødvendig advarsel i konsollen
  • Feilrett: Tegn symboler
  • feilretting: array.mul (matrix3f) krasjer Jmol
  • feilrett: velg symop = 1555 ødelagt
  • Feilrett: Sett plukke dragSelected ikke fungerer
  • kode: refactored CifReader, skille ut MMCifReader og MSCifReader kode: mindre omdøpe / refactoring av metoder i SV
  • kode: legger til javajs.api.JSONEncodable grensesnitt
  • super enkel implementering i org.jmol.script.SV
  • tillater implementeringer av javajs for å levere tilpassede JSON-resultater

Hva er nytt i versjon 14.1.2 Beta:

  • Ny funksjon: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (applet, uttrykk):
  • bedre enn Jmol.evaluate fordi resultatet er en JavaScript-variabel, ikke en streng.
  • DEPRECATING JSmol api Jmol.evaluate (applet, uttrykk)
  • Ny funksjon: GetProperty ("JSON", ....):
  • returnerer JSON-kode for eiendom
  • tillater JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray ("variableInfo", "noe uttrykk")
  • Ny funksjon: GetProperty variableInfo:
  • tillater henting av variabler i Java eller JSON-format
  • evaluerer uttrykk
  • som standard til "alle"
  • Ny funksjon: Modulasjon justerbar av q og t, opp til d = 3:
  • modulering på / av (alle atomer)
  • moduation {atom set} på / av
  • modulasjon int q-offset
  • modulering x.x t-offset
  • modulering {t1 t2 t3}
  • modulering {q1 q2 q3} SANT
  • Ny funksjon: PickedList:
  • bestilt utvalg av nylig plukket atomer
  • kan brukes det samme som PICKED-variabelen, men det ordnes i rekkefølge, ikke temporært
  • dobbeltklikk av strukturen fjerner listen
  • @ {pickedList} [0] sist valgte atom
  • @ {pickedList} [- 1] neste til sist valgte atom
  • @ {pickedList} [- 1] [0] siste to plukket atomer
  • Ny funksjon: array.pop (), array.push () - ligner på JavaScript
  • Ny funksjon: Modulasjonsskala x.x
  • Ny funksjon: bildetekst "xxxxx" x.x - antall sekunder å kjøre
  • Ny funksjon: Modulering 0.2 // Angir t-verdi
  • Ny funksjon: array.pop (), array.push (x)
  • a = []; a.push ("testing"); skriv ut a.pop ()
  • Ny funksjon: velg ON / OFF atom-set:
  • slår valghalogen på eller av, samt gjør valget
  • Kun bekvemmelighet
  • Ny funksjon: pt1.mul3 (pt2):
  • returnerer {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
  • Hvis begge ikke er poeng, går det tilbake til enkel multiplikasjon
  • Ny reature: array.mul3 (pt2) - gjelder mul3 til alle elementene i array
  • Ny funksjon: {atomset} .modulasjon (type, t):
  • leverer P3 (forskyvningsmodulering)
  • implementert bare for type = "D" (Valgfri)
  • Valgfritt t er 0 som standard
  • Feilrett: Modulasjon som ikke skiller mellom q og t;
  • Feilrett: Modulerte målinger virker ikke
  • Feilrett: Ikke hopp over settet DefaultLattice "{NaN NaN NaN}"
  • feilretting: isosurface-kart atomomløpssvikt
  • feilretting: Vibrasjonsvisning av modulering med avstander oppdateres ikke
  • feilretting: vibrasjon av fører til unødvendig advarsel i konsollen
  • Feilrett: Tegn symboler
  • feilretting: array.mul (matrix3f) krasjer Jmol
  • feilretting: velg symop = 1555 ødelagt feilrettelse: sett plukke dragSelected ikke fungerer
  • kode: refactored CifReader, skille ut MMCifReader og MSCifReader
  • kode: mindre omdøpe / refactoring av metoder i SV
  • kode: legger til javajs.api.JSONEncodable grensesnitt:
  • super enkel implementering i org.jmol.script.SV
  • tillater implementeringer av javajs for å levere tilpassede JSON-resultater

Hva er nytt i versjon 14.0.1:

  • Ny funksjon: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (standard 55)
  • Ny funksjon: Last () -funksjon, som i utskriftsbelastning ("xxx"), begrenset lokal fillesting i applet:
  • Ingen root-katalogfiler
  • Ingen filer uten utvidelse
  • Ingen filer med noen "/.& quot; i sti
  • Ny funksjon: JAR-filer er sikkert signert
  • Ny funksjon: Applet JAR-filer inkluderer JNLPs (Java Network Launch Protocols) for lokal fillasting
  • Ny funksjon: JSmol URL-alternativer _USE = _JAR = _J2S = overrides for Info data
  • Ny funksjon: (var tilstede, men ikke dokumentert) Skriv ut quaternion ([array of quaternions]) - returnerer sfærisk gjennomsnittlig a la Buss og Fillmore
  • Ny funksjon: Skriv ut quaternion ([array of quaternions], true):
  • returnerer standardavvik for sfærisk gjennomsnittlig a la buss og fillmore
  • Enheter er vinkelgrader
  • Ny funksjon - kalt quaternion-modulverdier:
  • print quaternion (1,0,0,0)% "matrise"
  • valgene inkluderer w x y z normal eulerzxz eulerzyz vektor theta aksel axisy axz axisz akseangle matrix
  • Ew-funksjonen - sett celShadingPower:
  • angir styrken av cellegassering
  • heltallverdier
  • Standard 10 er en tykk linje
  • 5 er en fin linje
  • 0 forvandler cel shading
  • Negativ verdi fjerner innvendig skygge - kun kontur
  • Fungerer på piksel basert på normal til lyskilde (strøm> 0) eller bruker (strøm <0)
  • Angir farge til bakgrunnskontrast (svart eller hvitt) når normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
  • Ny funksjon: mmCIF lesing rapporter _citation.title i Jmol skriptkonsoll
  • Ny funksjon: Minimere SELECT {atomset} BARE - KUN alternativet utelukker alle andre atomer
  • Ny funksjon: minimer {atomset} - implisitt SELECT og KUN
  • Ny funksjon - "utvidelser" kataloger i JSmol for bidragede JS- og SPT-skript:
  • jsmol / js / ext
  • jsmol / SPT / ext
  • Ny funksjon: last ... filter "ADDHYDROGENS" - Lokalt sett pdbAddHydrogens bare for en lastkommando
  • Ny funksjon: sammenlign {1.1} {2.1} BONDS SMILES
  • Ny funksjon: list = sammenlign ({atomset1} {atomset2} "SMILES" "BONDS")
  • Ny funksjon: skriv JSON xxx.json
  • Ny funksjon: [# 210] JSON {"mol": ...} leser
  • ew funksjon - sett particleRadius:
  • global radius for atomer over den maksimale radiusverdien (16,0)
  • som standard til 20.0
  • Ny funksjon - CIF og PDB-filtre "BYCHAIN" og "BYSYMOP" for viruspartikler:
  • lager bare ett atom per kjede eller per symop
  • Størrelsen kan skaleres større enn maksimum på 16 Ångstrømmer, for eksempel:
  • sett particleRadius 30;
  • spacefill 30; // noen tall over 16 her bruker particleRadius i stedet
  • Ny funksjon: list = sammenlign ({atomset1} {atomset2} SmartsString "BONDS")
  • Ny funksjon: symop () -funksjonen tillater symmetri fra biomolekylfilter for PDB og mmCIF
  • Ny funksjon - Isosurface SYMMETRY:
  • bruker symmetrioperatører til isosurface
  • Mer effektiv gjengivelse og opprettelse
  • Standardvalg er bare {symop = 1}
  • Standardfarging er å farge ved symop basert på egenskapColorScheme
  • eksempel:
  • Last 1p filter "biomolekyl 1"
  • fargeegenskapssymbol
  • isosurface sa oppløsning 0.8 symmetri sasurface 0
  • Ny funksjon - Ny atomegenskap: ChainNo:
  • sekvensielt fra 1 for hver modell;
  • chainNo == 0 betyr "no chain" eller kjede = ''
  • Ny funksjon - Ny eiendomColorScheme "vennlig":
  • fargeblinksvennlig fargeskjema
  • brukt på RCSD
  • Ny funksjon: JSpecView helt Java-fri; inkluderer 2D nmr og PDF utskrift av spektra
  • Ny funksjon - SKRIV PDF "xxx.pdf" kvalitet & gt; 1 ber om liggende modus:
  • bruker effektive tilpassede PDF-opprettelsesklasser
  • Størrelsesbilde for å passe hvis det er for stort
  • Ny funksjon: JSpecView legger til PDF og 2D NMR for JavaScript
  • Ny funksjon: Last "== xxx" FILTER "NOIDEAL" - Kjemisk komponentbelastning fra FBB ved bruk av "nonideal" koordinatsett
  • Feilrett: skriv CD fjernet; ChemDoodle har endret formater; bruk JSON i stedet
  • feilretting: FBB- og CIF-filer angir sammenstillinger som PAU som stort negativt tall
  • feilretting: SAMMENLIGN uten rotasjon begynner uendelig sløyfe
  • feilretting: looping problem med forsinkelse (-1)
  • Feilrett: Musen ruller for Chrome i JavaScript
  • Feilrett: JavaScript-hurtigmenyretting for språkendringer
  • feilretting: JavaScript-kjerneelementer blir ikke behandlet; Jmol._debugCode ikke gjenkjent
  • feilretting: enhetcell offset feil for biomolekyler; Opprinnelsen er feil for akser.
  • feilrett: isosurface / mo FRONTONLY ødelagt
  • Feilrett: Språklokalisering brutt i JavaScript
  • Feilsøking: ADF-leser leser ikke MO-utdata fra DIRAC Build 201304052106
  • Feilrett: Safari rapporterer gul Jmol-informasjon i stedet for å be om å godta applet
  • - koden måtte være
  • Feilrett: CIF-leseren håndterer ikke _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id riktig
  • - feil atom satt for belastning = 3fsx.cif filter "samling 1"
  • feilretting: [# 558 Kompatibilitetsproblem med ChemDoodle] JSmol-feil i definisjon av Number.toString ()
  • Feilrett: Mushjulet fungerer ikke riktig
  • feilretting: JavaScript J2S-kompilatorfeil bryter ikke int + = flyter til heltall
  • feilretting: JavaScript WEBGL-alternativet er ødelagt
  • feilretting: JavaScript NMRCalculation har ikke tilgang til ressurser
  • feilretting: JavaScript-stereo ikke implementert
  • feilretting: MOL-leserrett for flermodellfil (bare 13.3.9_dev)
  • feilretting: MOL-leserfeil med belastning APPEND - fortsetter ikke atomnummer
  • feilretting: CIF modulasjonsleser leser ikke lineære kombinasjoner av cellebølgevektorer
  • feilretting: CIF-lesing med filter "BIOMOLECULE 1" mislykkes hvis bare identitetsoperasjonen
  • feilretting: mmCIF-leser leser ikke alle _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expressionsalternativer
  • feilretting: PDB CRYST-oppføring 1.0 1.0 1.0 90 90 90 bør bety "ingen enhedscelle" uavhengig av biomolekylfilter
  • bugfix: isosurfaceplaten tilpasser seg ikke godt til flate molekyler som HEM
  • feilrett: skriv ut userfunc () kan mislykkes (userfunc () av ​​seg selv er greit)
  • feilretting: innenfor (helix) ikke implementert for C-alfa-bare polymerer
  • Feilrett: _modelTitle ikke oppdatert når en ny fil er lastet eller zapped
  • feilretting: {*}. symop.all leverer ikke symmetrioperatør riktig
  • feilretting: for trippelbinding i SMILES i nettadresser
  • feilretting: build.xml mangler PDF-opprettelsesklasser
  • Feilrettelse: Følg Java-oppdatering, legg til riktig veibeskrivelse for lokal signert applet
  • feilretting: {xxx} .property_xx ikke lagret i staten (ødelagt 8/7/2013 rev 18518)
  • Feilrett: Manifestene oppdateres for JAR-filer med signert og usignert applet
  • Feilrett: skriving mislykkes
  • Feilrett: Applet scriptWait () metode brutt
  • feilretting: PyMOL-økt kan vise enhetscelle etter lesing fra lagret tilstand
  • Feilrett: MMCIF-leseren mislykkes for flere samlingstyper
  • feilretting: CIF-leser "biomolekyl 1" oversette til "molekylær" snarere enn "samling"
  • Feilsøking: Last bane med flere filer som ikke virker
  • Feilrett: JS applet-popup-menyen lukkes ikke riktig etter språkendring
  • feilretting: HTML-boks-id-attributtet er ikke tildelt
  • kode: refactoring av applet / appletjs kode; org.jmol.util.GenericApplet
  • kode: refactoring, forenkling av bufferte lesere og bufferte inngangsstrømmer.
  • kode: JavaScript refactoring, bedre bygge _... xml
  • kode: JavaScript Integer, Long, Short, Byte, Float, Dobbel alle omarbeidet
  • kode: disambiguering av GT ._
  • kode: Refactored alle unødvendige indre klasser til toppnivå
  • kode: isolert bruk / Modulasjonssett ved hjelp av api / JmolModulationSet
  • kode - All lokalisering av appletspråk leses fra enkle .po-filer:
  • som for JavaScript allerede
  • Det er ikke nødvendig å kompilere klassefiler for appletspråk
  • Ingen språk .jar filer
  • Ny jsmol / idiom-katalog inneholder .po-filer for både Java og HTML5
  • kode: raskere isosurface rendering legger implisitt "frontonly" med velg {xxx} KUN
  • kode: raskere isosurface rendering med implisitt "isosurfacepropertySmoothing FALSE" i relevante (heltall) tilfeller
  • kode: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - konsoliderer alle referanser til URL.getContent () og Class.getResource ()
  • kode: JavaScript jobber rundt for problem med indre klasse med variabel navn på nytt
  • kode: arbeidsplass for eval (funksjonsnavn) som ikke fungerer i JavaScript.
  • kode: eksperimenterer med omgivende okklusjon
  • kode: Obligatoriske manifester lagt til Java Ju51 (januar 2014).
  • kode: JmolOutputChannel flyttet til javajs.util.OutputChannel
  • kode: jsmol.php fast for å tillate & quot; i saveFile metode
  • kode: refactoring Parser til javajs.util
  • kode: DSSP flyttet til org.jmol.dssx, og reduserte JSmol bio belastning med 20K
  • kode: iText-pakken jettisoned, ikke lenger, da jeg skrev min egen PDF-skaper

Krav :

  • Oracle Java Standard Edition Runtime Environment

Lignende programvare

LSim
LSim

2 Jun 15

picme
picme

11 May 15

NEO
NEO

15 Apr 15

Kommentarer til Jmol

Kommentarer ikke funnet
Legg til kommentar
Slå på bilder!