SSuMMo

SSuMMo er et bibliotek med funksjoner laget rundt iterativt med hmmer å tildele sekvenser til taxa. & Nbsp; Resultatene er svært kommenterte trær som viser arter / slekten fordeling innenfor dette samfunnet.
Programmer som er inkludert kildekoden inkluderer verktøy til: -
- Bygg en hierarkisk database av skjulte Markov Modeller - dictify.py;
- Tildele sekvenser til anerkjente taksonomiske navn - SSUMMO.py;
- Analysere biologisk mangfold, ved hjelp av Simpson, Shannon & andre methods- rankAbundance.py;
- Visualisere resultater som cladograms med en distinkt muligheten til enkelt å kryss-sammenligne datasett - comparative_results.py
- Konvertere resultatene til phyloxml format: dict_to_phyloxml.py;
- Bygge html representasjon - dict_to_html.py.
- Tomt vakuum, kurver og beregne tilsvarbiodiversitetsindekser
Python kildekode er her, på google kode. Den forhåndsbygde hierarkisk database av HMM, samt en optimalisert SQL taksonomi database (brukes for å utlede rekkene av hver taxon) kan lastes ned fra: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
For installere informasjon, vennligst se README. For informasjon om bruk, er det en wiki (over), og en foreløpig brukerhåndboken er blitt lagt til svn trunk

Krav .

• Python