tapir

tapir er et Python verktøy som inneholder programmer for å beregne og plotte fylogenetisk informativeness for store datasett.
Siterer tapir
Ved bruk av tapir, vennligst oppgi:
- Faircloth BC, Chang J, Alfaro ME: tapir gir høy gjennomstrømning analyse av fylogenetisk informativeness.
- Townsend JP: Profilering fylogenetisk informativeness. Systematisk Biol. 2007, 56: 222-231.
- Pond SLK, Frost SDW, Muse SV: Hyphy: hypotesetesting ved hjelp phylogenies. Bioinformatikk 2005, 21: 676-679.
Installasjon
For øyeblikket er den enkleste måten å installere programmet:
git clone git: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / sti / til / tapir
Å kjøre tester:
cd / sti / til / tapir /
python test / test_townsend_code.py
Bruk
Den estimate_p_i.py kode kaller en batch-fil for Hyphy som er i maler /. Denne filen må være i samme posisjon i forhold til hvor du setter estimate_p_i.py. Hvis du installerer tynner som ovenfor, vil du bli bra, for øyeblikket.
Å løpe:
cd / sti / til / tapir /
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - output Output_Directory
& Nbsp; - epoker = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - ganger = 37,93,100,170
& Nbsp; - multi
--multiprocessing er valgfritt, uten det, vil hvert locus kjøres fortløpende.
Hvis du allerede har kjørt over og lagrede resultatene til output-mappen (se nedenfor), kan du bruke eksisterende site-rente poster i stedet for å estimere de igjen med:
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - output Output_Directory
& Nbsp; - epoker = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - ganger = 37,93,100,170
& Nbsp; - multi
& Nbsp; - site-priser
Resultater
tapir skriver resultatene til en SQLite database i output katalog som du velger. Denne katalogen inneholder også nettstedet rente filer i JSON-format for hvert locus gått gjennom tapir_compute.py.
Du får tilgang til resultatene i databasen som følger. For flere eksempler, blant plotting, se dokumentasjonen
- Skru opp SQLite:
& Nbsp; sqlite3 Output_Directory / fylogenetiske-informativeness.sqlite
- Få integrerte data for alle epoker:
& Nbsp; velger locus, intervall, pi fra loci, intervall hvor loci.id = interval.id
- Få integrerte data for en bestemt epoke:
& Nbsp; velger locus, intervall, pi fra loci, intervall
& Nbsp; der intervall = '95 -105 'og loci.id = interval.id;
- Få greven av loci ha max (PI) på forskjellige epoker:
& Nbsp; opprette midlertidige tabellen max som velger id, max (pi) som maks fra intervall gruppe av id;
& Nbsp; opprette midlertidige tabellen t som velger interval.id, intervall, maks fra intervall, maks
& Nbsp; der interval.pi = max.max;
& Nbsp; velger intervall, telle (*) fra t-gruppen ved intervall;
Takk
Vi takker Francesc Lopez-Giraldez og Jeffrey Townsend for å gi oss en kopi av deres web-applikasjon kildekode. . BCF takket S Hubbell og P Gowaty

Krav

• Python
• SciPy
• NumPy
• DendroPy
• hyphy2 (last ned eller bygge en single-threaded hyphy2)