CodonW

CodonW er et program utviklet for å forenkle multivariat analyse (korrespondanseanalyse) av kodon og aminosyre bruk. Den beregner også standard indekser av kodonbruk. Den har både menyen og kommandolinjegrensesnitt.
Den CodonW Prosjektet ble skrevet av John Peden i laboratoriet av Paul Sharp, Dept of Genetics, University of Nottingham. John jobber i human genetikk og er for tiden ansatt som ProCardis databasesystemet på WTCHG i Oxford University.
Her er noen viktige trekk ved "CodonW":
· Skrevet i ANSI-kompatibel C
· Meny drevet
· Omfattende antall kommandolinjealternativer
· Genetiske koden uavhengig
· Ingen begrensninger på
1. Antall sekvenser
2. sekvens lengde
· Beregner kodonbruk indekser
1. CAI: Kodon tilpasning index
2. Fop: Frekvens av optimale kodonene
3. Nc: Effektiv antall kodonene
4. CBI: Kodon Bias Index
· Beregner aminosyre indekser
1. SAUS poengsum
2. aromatisitet
· Beregner korrespondanseanalyse av
1. kodonbruk
2. RSCU (Relative synonymt kodonbruk)
3. Aminosyre bruk
· Korrespondanse analyse
1. kan inkludere / ekskludere kodon / aminosyrer
2. kan generere detaljerte rapporter om trender
3. forsøk på å finne optimale kodonene automatisk
4. kan tillate flere datasett som skal legges
5. registrerer en rekke trender
· Beregner genet parametere
1. Gene lengde
2. GC, GC3s og kodon posisjon bestemt G + C
3. dinukleotid sammensetning (i alle tre rammer kodon)
4. Aminosyre bruk
5. Relativ aminosyre bruk
6. Kodonbruk
7. Relativ Synonymt kodonbruk
· Kan konseptuelt settes sekvenser til protein
· Formaterer sekvens data
· Menneske eller maskin lesbare utgang
· Kan sette sammen gener (mens bevare leserammen) for å beregne
1. generelle kodonbruk
2. GC innhold
3. dinukleotid sammensetning
· Genererer tabeller av kodon, aminosyre, eller RSCU bruk
· Kan også hjelpe deg å lære den genetiske koden.
· Og mer