Biopython

Utviklet et internasjonalt team av utviklere det er en distribuert samarbeid for å utvikle Python biblioteker og programmer som er rettet mot behovene til nåværende og fremtidige verk i bioinformatikk.

Hva er nytt i denne utgivelsen:.

• Bio.Phylo har nå tre konstruksjon og konsensus moduler, fra på GSoC arbeid av Yanbo Ye
• Bio.Entrez vil nå automatisk laste ned og cache nye NCBI DTD-filer for XML parsing under brukerens hjemmekatalog (ved hjelp av ~ / .biopython på Unix lignende systemer, og $ APPDATA / biopython på Windows).
• Bio.Sequencing.Applications inneholder nå en wrapper for samtools kommandolinjeverktøyet.
• Bio.PopGen.SimCoal nå også støtter fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3-tekst, hmmer3-fanen, og hmmer3-domtab nå støtte utgang fra hmmer3.1b1.
• BioSQL kan nå bruke mysql-kontakten pakke (tilgjengelig for Python 2, 3 og PYPY) som et alternativ til MySQLdb (Python 2 bare) for å koble til en MySQL database.

Hva er nytt i versjon 1.63:

• Nå bruker Python tre stil innebygd neste funksjon i stedet for Python 2 stil iteratorer '.next () -metoden.
• Den nåværende versjonen fjernet kravet om 2to3 biblioteket.

Hva er nytt i versjon 1.62:.

• Første utgivelse av Biopython som offisielt støtter Python 3

Hva er nytt i versjon 1.60:

• Ny modul Bio.bgzf støtter lesing og skriving BGZF filer ( Blokkert GNU Zip Format), en variant av GZIP med effektiv random access, oftest brukt som en del av BAM filformat og i tabix.
• Den GenBank / EMBL parser vil nå gi en advarsel om ikke bokførte har steder og fortsette parsing (forlater funksjonen beliggenhet som Ingen).
• Bio.PDB.MMCIFParser er nå utarbeidet av standard (men er fortsatt ikke tilgjengelig under Jython, PYPY eller Python 3).

Hva er nytt i versjon 1.59:

• Nye modul Bio.TogoWS tilbyr en wrapper for TogoWS REST API.
• Den NCBI Entrez Fetch funksjon Bio.Entrez.efetch har blitt oppdatert til å håndtere NCBI er strengere håndtering av flere ID-argumenter i EFetch 2.0.

Hva er nytt i versjon 1.58:

• Et nytt grensesnitt og parsere for PAML (fylogenetisk analyse av Maximum Likelihood) pakke med programmer som støtter codeml, baseml og yn00 samt en Python re-implementering av chi2 ble lagt som Bio.Phylo.PAML modulen.
• Bio.SeqIO inkluderer nå lese støtte for ABI-filer (& quot; Sanger & quot; kapillær sekvensesporingsfiler, som inneholder kalt sekvens med Phred kvaliteter)
.
• Bio.AlignIO & quot; fasta-m10 & quot; parser ble oppdatert til å takle iletau som brukes i Bill Pearson FASTA versjon 3.36.

Hva er nytt i versjon 1.57:.

• Biopython kan nå installeres med pip

Hva er nytt i versjon 1.56:

• Bio.SeqIO modulen har blitt oppdatert til å støtte protein EMBL filer (som brukes til patenter database), IMGT filer (en variant av EMBL filformat, med hjelp fra Uri Laserson), og Uniprot XML-filer.

Hva er nytt i versjon 1.55:

• Mye av arbeidet har vært mot Python 3-støtte (via den 2to3 script), men med mindre vi brøt noe du skulle ikke merke noen endringer.
• I form av nye funksjoner, er den mest merkbare høydepunkt at kommandolinjeverktøyet applikasjons wrapper klasser er nå kjørbar, noe som bør gjøre det mye enklere å ringe eksterne verktøy.

Krav :

• Python 2.6 eller nyere