BioRuby

BioRuby gir et integrert miljø for bioinformatikk (biologi Informasjon vitenskap).
Objektorientert skriptspråk Ruby har mange funksjoner som egner seg for bioinformatikk forskning, for eksempel for å klare syntaks uttrykke komplekse objekter, regulære uttrykk for teksthåndtering så kraftig som Perl & rsquo; s, et bredt utvalg av bibliotekene inkludert web-tjeneste etc.
Som Ruby syntaks er enkel og veldig rent, mener vi at det er lett å lære for nybegynnere, lett å bruke for biologer, og også kraftig nok for programvareutviklere.
I BioRuby, kan utvikleren hente biologiske database oppføringer fra flate filer, internett webservere og lokale relasjonsdatabaser.
Disse database oppføringer kan analyseres for å hente ut informasjonen du trenger. Biologiske sekvenser kan behandles med de oppfylle metoder i Ruby & rsquo; s String klasse og med regulære uttrykk.
Biblioteket kan integreres med verktøy som Blast, Fasta, Hmmer og mange andre programvarepakker for biologisk analyse.
 BioRuby støtter store biologiske database formater og gir mange måter for å få tilgang til dem gjennom Flat fil indeksering, SQL, web-tjenester etc. Ulike webtjenester inkludert KEGG API kan lett utnyttes av BioRuby.

Egenskaper :

• BioRuby shell
• API
• Dokumentasjon

Krav

• Ruby 1.8.7 eller nyere