Open Babel

Åpne Babel er en åpen kildekode, samarbeidende, gratis og multiplattform bibliotek programvare som er designet for å fungere som en kjemisk verktøykasse spesielt utviklet for å gjenkjenne mange språk av kjemiske data. Det er rett og slett kalt & laquo; The Open Chemistry Toolkit & rdquo;. Funksjoner på et glanceWith Åpne Babel, vil brukerne kunne søke, analysere, konvertere og lagre data fra kjemi, molekylær modellering, biokjemi, samt andre relaterte områder. Den støtter en rekke vanlige kjemiske filformater, inkludert Mol2, SDF / MOL, PDB, XYZ, smiler, og KML.
I tillegg, Open Babel gir en fullverdig programmererens verktøykasse, kjemisk MIME-støtte, vett matcher, fleksibel atom / bond Typer, hydrogen sletting og tillegg bitvector klasse, matrise og vektortransformasjoner, samt en molekylær test suite.Under panseret og støttet drift systemsOpen Babel er skrevet helt i C ++ programmeringsspråk. Det & rsquo; s en sann kryssplattform programvare som støtter GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows og Mac OS X-operativsystemer. Både 32-bits og 64-bits datamaskiner er offisielt støttet på i skrivende stund this.Getting startet med Open BabelFirst av alt, vi sterkt anbefale deg å installere Åpne Babel ved å bruke de forhåndsbygde pakker fra standard programvare repositories av din Linux-distribusjon. Hvis GNU / Linux-system doesn & rsquo; t ha Open Babel programvare i sine repos, så du & rsquo; ll nødt til å kompilere og installasjon programmet som bruker den universelle kilder arkivere gis på Softoware.
Last ned tarball (tar.gz arkiv), pakke den ut på et sted du velger, åpne en terminal emulator, naviger til den utpakkede mappen og kjør den & ldquo;. CPåse & rdquo; kommando (uten anførselstegn) for å konfigurere prosjektet. Deretter må du kjøre & ldquo; lage & rdquo; kommando, uten anførselstegn, selvfølgelig, for å kompilere den. Vennligst sørg for at CPåse verktøy i installert på operativsystemet før instruksjonene ovenfor

Hva er nytt i denne utgaven:.

• Denne utgivelsen representerer et stort bug-fix-utgivelse, og bør være en stabil oppgradering, sterkt anbefalt for alle brukere av Open Babel. Mange feil og forbedringer har blitt lagt til i fjor siden 2.3.0 utgivelsen.

Hva er nytt i versjon 2.2.2:

• Denne utgivelsen representerer et stort bug-fix-utgivelse og er en stabil oppgradering, sterkt anbefalt for alle brukere av Open Babel. Mens det ikke kan være mange nye funksjoner, mange krasj og andre bugs har blitt fikset siden 2.2.1.
• Oppgradert til den nye InChI 1.02 slipper å produsere standardiserte InChI og InChIKey utgang.
• Fast mange stereokjemi feil ved lesing / skriving smiler. Dette er en del av et større prosjekt som skal være ferdig i 2.3 versjonen.
• Fast kompilering og installering på Cygwin og MinGW plattformer.
• Betydelig forbedret aromatisitet og Kekule bond oppdraget.
• Forbedret 2D - & gt; 3D koordinere generasjon
• Forbedret koordinere generasjon bruker --gen3d kommandolinje operasjon
• Forbedret ytelse for koordinere generasjon.
• New --fillUC kommandolinje operasjon for babel.
• Løser til pH-avhengig hydrogen tillegg.
• Lagt til støtte for lesing vibrasjons data fra Molden, Molpro, og NWChem utdatafiler.
• Oppdatert atom radier fra nyere teoretiske beregninger.
• Rettet feil ved lesing gzip-komprimert Mol2 eller XML-filer.
• Lukk filer etter en feil. Fikser en bug med Pybel hvor filer ville forbli åpen.
• Mange flere feilrettinger og små funksjonsforbedringer. == Nye filformater == Import & Export:
• Molpro inngang og utgang.
• VASP koordinere filer (CONTCAR og POSCAR).

Hva er nytt i versjon 2.2.1:

• Forbedret skriptgrensesnitt, inkludert Python 3-støtte og forbedret Java og C # støtte.
• Lagt til støtte for MACCs fingeravtrykk. Takket være RDKit prosjektet.
• Mange feilrettinger og forbedringer i kraftfeltet koden. Særlig bør det UFF kraftfelt implementering håndtere mange flere molekyler.
• Forbedret 3D koordinere generasjon, særlig med ring fragmenter. Du kan gi dette en sjanse med obgen verktøyet.
• Fikset en rekke PDB importfeil med atomtyper.
• Lagt til støtte for lesing avgifter og radier fra PQR filformater.
• Lagt til støtte for lesing og skriving enhetsceller i PDB formater.
• Ny & quot; utgang & quot; filformat for å ta generisk & quot; .out & quot ;, & quot; .log & quot ;, og & quot; .dat & quot; filer og lese med riktig filtype basert på innholdet. Foreløpig fungerer svært godt for kvantekjemi pakker.
• Lagt forbedret feilhåndtering og rapportering når ute av stand til å laste filformater.
• Forbedret CIF filformat støtte.
• Mange, mange, mange flere feilrettinger og små forbedringer.