relax

slappe av er en åpen kildekode og fritt distribuert programvare-prosjekt som er designet for å studere molekylær dynamikk ved å analysere eksperimentelle NMR data som støtter organiske molekyler, RNA, proteiner, sukker, DNA, og mange andre biomolekyler.

slappe støtter flere NMR teorier, implementerer ulike verktøy for dataanalyse som modulære komponenter, og det kan grensesnitt med andre programmer, for eksempel Dasha og Modelfree. I tillegg støtter et bredt spekter av NMR teorier, inneholder flere verktøy for dataanalyse, tillater brukere å visualisere data, samt å samhandle med andre programmer.

Til tross for at søknaden leveres med både en CLI (Command-line Interface) og GUI (Graphical User Interface) front-end, flere tredjeparts grafiske brukergrensesnitt (GUI) finnes for å slappe av.

Blant de støttede typer analyser, slappe kan håndtere avslapping dispersjon, konsistens testing av flere felt NMR (Nuclear Magnetic Resonance) relaksasjonsdata, N-tilstandsmodell og ramme orden, modell-fri analyse, R1 og R2, NOE, RSDM (Redusert Spectral Density Mapping), samt stereokjemi undersøkelser.

For å kunne automatisere dataanalyseprosessen, er det mulig å lage meget kompliserte prosedyrer ved hjelp av byggeklosser. For dette, utviklerne tilby ulike eksempelskript som vil hjelpe deg å forstå manuset bygging og til lettere lage din egen.

Ser under panseret, kan vi legge merke til at programmet er skrevet i programmeringsspråket Python og bruker kryssplattform Qt GUI toolkit for sin grafiske brukergrensesnittet, noe som betyr at det kjører på Linux, Microsoft Windows og Mac OS X operativsystemer.

Programmet er tilgjengelig for nedlasting som binære arkiver for mange GNU / Linux operativsystemer, som støtter både 32-bit (x86) og 64-bit (x86_64) instruksjonssett arkitekturer, samt en kilde tarball.

Hva er nytt i denne versjonen:

• Egenskaper:
• Mange forbedringer for sammenstillingen av HTML-versjonen av slappe av håndboken.
• Oppdatert slappe av å eliminere alle FutureWarnings fra numpy & ge; 1.9, til fremtidsrettet slappe mot kommende numpy atferdsendringer.
• Evne til å håndtere replikert R2, eff datapunkter ved relax_disp.r2eff_read brukerfunksjon, men legger 0,001 til frekvensverdi for replikert punktet.
• En ny prøveskript for å laste inn en modell frie resultater filen og tilbake-beregning relaksasjonsdata.
• Forbedringer for håndtering av PDB strukturelle data.
• Implementering av structure.pca brukerfunksjon for å utføre prinsipielle komponent analyser (PCA) av et ensemble av strukturer.
• Tilsetting av et script for rask utplassering på Google Cloud Computing infrastruktur.
• Endringer:
• Fix for stiv ramme for modell andre grad ramme for matrise i manualen. Feil symbolet ble brukt.
• Fjernet de newparagraph og newsubparagraph definisjoner fra LaTeX manualen. Disse ble forårsaker konflikter med latex2html, hindrer HTML-versjonen av håndboken blir utarbeidet. Disse definisjonene er unødvendig for dagens oppsett av seksjonering i manualen.
• Modifisert korttekster i det nye ramme modeller kapittel i håndboken. Rune A> Z karakter har blitt erstattet bare ved 'Daeg'. Dette skyldes inkompatibilitet med latex2html som hindrer HTML-manual blir utarbeidet.
• Fjerning av definisjonen av en fast bredde tabellkolonne fra LaTeX manuell innledningen. Dette er nødvendig som definisjonen bryter latex2html kompatibilitet, forårsaker en feil i figuren nummerering resulterer i bildene i HTML skal i hovedsak randomisert.
• Fjerning av aksenter pakken slik at HTML-manual som skal kompileres. Den aksenter LaTeX-pakken er ikke kompatibel med latex2html, så den enkleste løsning er å eliminere pakken.
• manuelt roteres rammen for matriseelementet EPS manuelle tall, for latex2html kompatibilitet. The '90 roter kommando har blitt slettet og markeringsrammen permuted som en b c d - & gt; b c d -a. Dette gjør at vinkelen argument i includegraphics {} kommandoen til å bli droppet, som latex2html ikke gjenkjenner dette. Det gjør at tallene skal være synlige i HTML-versjonen av håndboken.
• Redesign av rammen for parameter hekkende bord i manualen for latex2html kompatibilitet. I tabellen benytter TikZ pakken, som er dødelig for latex2html, selv om den ikke brukes. Derfor tabellen i docs / latex / frame_order / parameter_nesting.tex filen har blitt omgjort til et frittstående LaTeX dokument for å opprette et beskåret postscript versjon av TikZ formatert tabell. En sammenstilling script er lagt til som tillegg. Den resulterende * ps-filen er nå inkludert i PCS numerisk integrasjon delen, i stedet for denne delen skape TikZ tabellen. All TikZ innledningen teksten har blitt fjernet for å tillate latex2html å kjøre.
• Løsning for latex2html ikke å kunne håndtere allrunes pakken eller tilknyttet skrift. I innledningen htmlonly miljø, er rammeordre symboler omdefinert med teksten "Daeg" i stedet for runetegn A> Z.
• Fixes for sub og superscripts i bruksanvisningen. Dette introduserer {} rundt alle under og hevet skrift textrm {} tilfeller. Dette er ikke nødvendig for PDF-versjonen av håndboken som mangler braketten problemet unngås, men det påvirker HTML-versjonen av håndboken utarbeidet av latex2html, som krever riktig notasjon. Reparasjonene er for både den nye rammen for kapittel samt kapittel avslapning spredning.
• Redigere og fikser for slappe 4.0.0 delen av ENDRINGER filen.
• Oppdatert og forbedret wiki instruksjonene i slappe slipper sjekkliste dokumentet.
• En wiki instruksjon om å sjekke for døde linker i utgivelsen sjekkliste dokumentet.
• Flere mindre endringer i den "Announcement" -delen av utgivelsen sjekkliste dokumentet.
• Oppdatert shell script for å finne dupliserte titler i LaTeX-filer av håndboken.
• Omregnet duplikat tittelen finne shell script til et Python-skript. Python-skript er langt mer avansert og bruker en annen logikk for å produsere en tabell over replikert titler og deres teller. Skriptet returnerer også et mislykket exit status når gjentak eksisterer.
• Omregnet replikert tittelen finne Python-skript for å bruke en klassestruktur. Dette gjør at skriptet til å bli importert som en modul. Den replikere funn har blitt flyttet til et funn () klassemetode.
• Omdøpte replikere tittelen finne script.
• Fjernet duplikat LaTeX tittelen finne shell script. Dette er nå håndtert av langt mer avansert Python-skript.
• scons samling av PDF og HTML håndbøker sjekker nå for replikert titler. En ny replicate_title_check mål har blitt lagt til scons skript. Dette kaller find () metoden i replikere LaTeX tittelen funn script for å fastslå om noen titler er kopiert, og hvis så scons målrette tilbake med en sys.exit (1) samtale. Dette målet er satt til starten av user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch scons mål. Resultatet er at den manuelle ikke kan kompileres hvis replikere titler eksisterer, tvinger titlene som skal endres. Resultatet vil være at HTML-sider vil alle være unikt, som replikert titler resultater i bare en HTML-side som blir opprettet for alle seksjonene.
• avskaffe replikert titler i LaTeX kilder at de nye rammeordre kapitler introduseres.
• Fjerning av en gammel replikert tittelen i LaTeX kilder for den manuelle. Dette er tittelen "Modell gratis analyse" som brukes for hele spesifikk analyse kapittel samt for modellen frie analyse delen av verdier, graderinger og hessere for kapittel optimalisering.
• rettinger og forbedret utskrifter for replicate_title_check scons målet.
• Oppdatert alle slappe av for å beskytte mot fremtidige endringer som skjer i numpy Python-pakken. Fra numpy versjon 1.9, den FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: Sammenlignet med `None` vil resultere i et element for element objekt sammenligning i fremtiden. er sett i en stor andel av alle slappe av brukerfunksjoner. Dette blir fanget og forvandlet til en RelaxWarning med den samme meldingen. Problemet er at oppførselen til sammenligning operatører == og! = Vil forandre seg med fremtidige numpy versjoner. Disse har blitt erstattet med er og ikke hele slappe av kodebasen. Endringer har også blitt gjort til minfx og bmrblib pakker som passer til.
• Mer fremtiden beskyttelse mot numpy endringer. Den FutureWarning er `rank` er foreldet; bruke `ndim` egenskap eller funksjon i stedet. For å finne rang av en matrise se `numpy.linalg.matrix_rank`. Derfor N-state modellen target funksjonsmetoden paramag_info () har blitt oppdatert til å bruke .ndim attributtet og lengre bruk numpy.rank () -funksjonen.
• Laget systemet testen Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids. Dette er laget for å fange bug # 23933, den "NameError: global name 'ids' er ikke definert" problem ved lasting relaksasjonsdata. En forkortet versjon av PDB fil- og avslapping data blir fullversjoner av noe som er knyttet til feilrapport, som består utelukkende av rester 329, 330, og 331 har blitt lagt til test suite delte datakataloger, og systemet test skrevet til fange NameError.
• Oppdatert systemet testen Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids å fange RelaxMultiSpinIDError. Dette gjør at systemet test for å bestå, som en RelaxMultiSpinIDError forventes.
• Oppdaterte minfx og bmrblib versjoner i utgivelsen sjekklisten dokumentet til 1.0.12 og 1.0.4. Dette er for å fjerne numpy FutureWarning meldinger om == None og =! Ingen sammenligninger til numpy datastrukturer, som i fremtiden vil endring i atferd.
• Økt Gna! nyhet seksjonering dybde i utgivelsen sjekkliste dokumentet.
• Utvidet beskrivelsen av sequence.attach_protons brukerfunksjon. Dette følger av http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
• Lagt innledende data for testdata fra Paul Schanda. Dette vil vise at det er flere muligheter til å forbedre R2, eff punkt metode.
• Lagt systemet testen Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Dette vil fange loaning av nan verdier.
• Laget ekstra sjekk i rekkefølge lesing, som nan verdier blir hoppet over.
• Å sørge for at den replikert 4000 Hz punkt for 950 MHz eksperimentet ikke er overskrevet.
• I systemtest Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015, lagt til en test for å telle R2, eff verdier. Dette viser at den replikeres R2, eff på 950 MHz / 4000 Hz punkt blir overskrevet. En løsning kan være å endre frekvensen dispersjonen meget lite, slik at tilsetningen av datapunktet.
• Lagt ytterligere tester for å Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Dette vil vise at gjentak av R2, er eff verdier ikke håndtert godt.
• i funksjon av r2eff_read i datamodul av dispersjonen, tilsatt mulighetene for å lese R2, eff verdier som blir replikert. Dette gjøres først sjekke om spredning nøkkelen finnes i R2, eff ordbok. Hvis den finnes, fortsetter legge 0,001 til frekvensen til en ny mulighet eksisterer. Dette bør bidra til å håndtere flere R2, eff poeng, som separate verdier og ikke tar noen avgjørelse til gjennomsnittlig dem.
• Lagt forventning om å heve en slappe av feil, om du prøver å plotte og ingen modell informasjonen er lagret.
• Raising en feil hvis plotte spredning kurver, og ingen modell er lagret.
• Endret eksempel script for å analysere data.
• Utvidet systemet testen Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 å inkludere auto-analyse og gruppert passer. Dette skulle vise at analysen er nå mulig.
• Lagt til en midlertidig tilstand og et skript for GUI oppsett til data Paul Schanda.
• Lagt Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI test. Dette vil vise at du legger en stat vil skape et problem. Traceback (siste samtale sist): Feiltype:. Int () argument må være en streng eller et tall, ikke "NoneType '
• Lagt til en eksempelskript for back-beregning avslapping data fra en modell frie resultater fil. Dette er nyttig når resultatene filen er ikke den endelige modellen, da disse resultatene filen ikke inneholder back-beregnede data. Dette er i henhold til Christina Møller henvendelse # 3303.
• Ved hjelp av Garys lib.float.isNaN () i stedet for math.isnan (), for å ha bakoverkompatibilitet med python 2.5.
• Fix for stavefeil og dokumentere ny atferd relax_disp.r2eff_read, når du leser R2, eff poeng med samme frekvens. Dersom spin-beholderen allerede inneholder R2, eff verdier med 'frekvensen for CPMG puls "eller" spin-lock feltstyrke ", vil frekvensen endres ved en forsvinnende liten verdi på + 0,001 Hz. Dette gir mulighet for duplikater eller flere av samme frekvens.
• Modifisert den interne strukturelle objektet som skal mindre påvirket av formatet av PDB. PDB Serienummeret er nå intelligent behandles, ved at den er tilbakestilt til en når en ny modell er opprettet. Denne informasjonen blir fremdeles holdt for å støtte logikken i lesing av conect poster, og vil bli eliminert i fremtiden. Kjeden ID-informasjon er nå ikke lenger lagret i det interne strukturelle objekt, som denne informasjonen er gjenskapt ved structure.write_pdb brukerfunksjon basert på hvordan den interne strukturelle objektet er opprettet.
• Oppdateringer av Noe og struktur system test klasser for de interne strukturelle endringer objekt. Serienummeret kan nå bli nullstilt, og kjeden ID-informasjonen ikke lenger er lagret.
• Lagt til en fil til test suite delte data for å gjennomføre PCA strukturell analyse. Dette er den N-domenet av CaM-IQ kompleks som anvendes i en ramme for analyse. Det er de første 5 strukturer fra et kall til frame_order.distribute brukerfunksjon, med de ulike stive-organer flettes sammen til et enkelt molekyl.
• Laget den structure.pca brukerfunksjon grensesnitt. Dette er for tiden modellert på structure.rmsd brukerfunksjon rammeverk.
• Basic gjennomføring av structure.pca brukerfunksjon bakenden. Dette er den nye PCA () -funksjonen av pipe_control.structure.main modulen. Den utfører bare noen sjekker, samler de atom koordinater, og passerer kontrollen til å slappe av biblioteket pca_analysis () funksjon av tiden unimplemented lib.structure.pca modulen.
• Delvis gjennomført av PCA analyse i slappe av biblioteket. Dette er for den nye structure.pca brukerfunksjon. Den lib.structure.pca modulen har blitt opprettet, og pca_analysis () funksjon som er opprettet for å beregne struktur kovariansmatrisen, via calc_covariance_matrix () -funksjonen, og deretter beregne egenverdiene og egenvektorene til kovariansmatrisen, sortere dem og avkorting til ønsket antall PCA moduser.
• Lagt algoritmen og num_modes argumenter til structure.pca brukerfunksjon. Disse er gått hele veien inn i slappe av biblioteket backend.
• implementert SVD algoritmen for PCA analyse i slappe av biblioteket. Dette krever bare numpy.linalg.svd ().
• PCA analyse i slappe av biblioteket beregner nå pr struktur anslag langs PCer.
• PCA analyse funksjon i slappe av biblioteket er nå tilbake data. Dette inkluderer PCA verdier og vektorer, og per struktur anslag.
• PCA verdier og vektorer, og per struktur anslagene blir nå lagret. Dette er i structure.pca brukerfunksjon backend i pipe_control.structure.main modulen.
• Lagt formatet og dir argumenter til structure.pca brukerfunksjon. Dette er på forsiden og baksiden ender.
• endret assemble_structural_coordinates () metode for å returnere mer informasjon. Dette er fra pipe_control.structure.main modulen. Den lister boolsk argument er nå akseptert som vil føre til at funksjonen i tillegg returnere objektet ID liste per molekyl, modellnummeret liste per molekyl, og molekylet navneliste per molekyl.
• structure.pca bruker funksjonen lager nå grafer av PC anslag. Dette inkluderer PC1 vs. PC2, PC2 vs. PC3, etc.
• Lagt de Gromacs PCA resultatene for distribution.pdb filen. Dette inkluderer et skript brukes til å utføre alle deler av Gromacs og alle utgang filer.
• Oppdaterte Gromacs PCA resultater for den nyeste 5.1.1 Gromacs versjon.
• Laget en innledende Structure.test_pca systemtest. Dette utfører den nye structure.pca brukerfunksjon, og sjekker om data blir lagret i cdp.structure.
• Forbedret grafene på backend av structure.pca brukerfunksjon. Grafene er nå gruppert slik at ulike modeller av samme struktur i samme data røret er innenfor en graf sett. Grafen header har også blitt forbedret.
• Vi øker Structure.test_pca system testen sjekker å sammenligne med verdiene fra Gromacs.
• Et vektet gjennomsnitt strukturen kan nå beregnes. Dette er for calc_mean_structure () -funksjonen til å slappe av bibliotekmodul lib.structure.statistics. Vekter kan nå leveres for hver struktur for å tillate en veid middelverdi som skal beregnes, og returnert.
• Lagt til støtte for observatør strukturer i structure.pca brukerfunksjon. Dette tillater en undergruppe av strukturene anvendt i PC-analyse for å ha null vekt, slik at disse strukturene kan bli brukt for sammenligningsformål. De obs_pipes, obs_models og obs_molecules argumenter har blitt lagt til brukerens funksjon grensesnitt. Backend bruker dette for å skape en rekke vekter for hver struktur. Og lib.structure.pca funksjoner bruker null vekter for å fjerne observatør strukturer fra PC-modus beregninger.
• Laget systemet testen Structure.test_pca_observers. Dette er for å teste den nye observatør strukturer konseptet av structure.pca brukerfunksjon.
• Forbedret utskriftene fra slappe bibliotek prinsippet komponentanalyse. Dette er i pca_analysis () funksjon av lib.structure.pca modulen.
• rettinger og forbedringer for grafene produsert av structure.pca brukerfunksjon. De ulike settene er nå opprettet på riktig måte, og er nå merket i plottene.
• Legge til en testing distribuere script, for rask utplassering på Google Cloud Computing. Dette er for en ment installere i Ubuntu 14.04 LTS.
• Utvide script for installasjon.
• sette installasjon i funksjoner i distribuere skriptet.
• Splitting distribuere skriptet inn i flere små funksjoner.
• Legge sjekke uttalelser for å installere skriptet.
• Når sourcing skript, flere funksjoner kan utføres i stedet.
• Lagd mellomrom for å installere scriptet for bedre utskrift.
• Legge til en tutorial script.
• Legge 2 tutorial skript.
• Fix for liten snurr ID feil i opplæringen skriptet.
• Har laget et system test for å fange bug # 24131, den BMRB eksport svikt når SpinContainer objektet har ingen S2 attributt, som rapportert av Martin Ballaschk
.
• Modifisert systemet testen Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition å se etter den RelaxError. Testresultatene i en RelaxError, ettersom resultatene filen inneholder ikke valgt noen spins.
• Lagt systemet testen Mf.test_bug_24131_missing_interaction å fange et annet problem. Dette er en del av bug # 24131, den BMRB eksportsvikt med SpinContainer objekt som ikke har noen S2 verdi. Men forrige fix for å hoppe bortvalgte spinn innført et nytt problem for slappe fortsatt etter de interatomiske interaksjoner for at merket spinn.
• Bugfikses:
• Replikerte titler i HTML-versjonen av slappe av manualen, og dermed kopiert HTML filnavnene overskriving av tidligere avsnitt, er eliminert.
• Fix for bug # 23933, den "NameError: global name 'ids' er ikke definert" problem ved lasting relaksasjonsdata. Feilen ble introdusert tilbake i november 2014 og er på grunn av noen ufullstendig feilhåndtering kode. Problemet er at spinn typen som avslapning data tilhører (@N vs. @H) ikke er angitt. Nå korrekt RelaxMultiSpinIDError er hevet. Den ids variabel ikke eksisterer. - Det var kode som var planlagt å bli lagt, men aldri var og ble glemt
• Fix for CSA konstant ligningen i modellen frie kapittel i håndboken. Dette ble oppdaget av Christina Møller og rapportert på Relax-brukere epostlisten.
• Bug fix for lagring av XML strukturelle objekt i staten og resultatfiler. Tidligere gjenstander som er lagt til cdp.structure (eller en hvilken som helst struktur objekt) ikke ville bli reddet av strukturelle objektet to_xml () -metoden med mindre funksjonen er uttrykkelig endret for å lagre dette objektet. Nå er alle stedene som finnes vil bli konvertert til XML.
• Fix for avslapning spredning analyse i GUI, som fanget av Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI test. Når du legger fra et manus tilstandsfilen, kan verdien av None være til stede. Dette er nå satt til standardverdier.
• Fix for løping slappe av på en server uten grafisk display og bruk matplotlib. Feilen ble funnet med systemet test Relax_disp.test_repeat_cpmg. Og feilen generert var: QXcbConnection: Kunne ikke koble til å vise. Avbrutt (kjerne dumpet). Backend av matplotlib må endres. Dette er for eksempel beskrevet i: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display og http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
• Modifisert oppførselen til bmrb.write brukerfunksjon backend for en modell gratis analyse (fix for bug # 24131). Dette er i bmrb_write () metoden i modell gratis analyse API. Valgt bort spins nå hoppet over og en sjekk er lagt for å være sikker på at spin data er samlet.
• En annen løsning for bug # 24131, den BMRB eksport svikt når SpinContainer objektet har ingen S2 attributt. Nå ingen data er lagret i BMRB filen hvis en modell-free-modellen ikke har blitt satt opp for spinn. Dette gjør at testsuite å passere.
• Bug fix for å tillate Mf.test_bug_24131_missing_interaction systemtest for å passere. Dette er en del av bug # 24131, den BMRB eksportsvikt med SpinContainer objekt som ikke har noen S2 verdi. Problemet var da montering av diffusjon tensor data. Den spin_loop () -funksjonen ble kalt, som diffusjon tensor er rapportert for alle rester. Derfor skip_desel = True har blitt lagt for å matche modellen frie delen.

Hva er nytt i versjon 4.0.0:

• Egenskaper:
• Den endelige, fullstendig og korrekt gjennomføring av rammen ordens teori for å studere stive kroppen bevegelser. Dette er tiden for å analysere RDC og PCS data fra internt justert systemer.
• Endringer:
• Delesjon av den frame_order.average_position brukeren funksjon, og alle de tilhørende bakstykket koden. Denne brukeren funksjonen tillot brukeren å spesifisere fem ulike typer forskyvning til gjennomsnittlig flytting domene posisjoner: en ren rotasjon, uten oversettelse, om svinge av bevegelse i systemet; en rotasjon om dreie av bevegelsen av systemet sammen med en oversettelse; en ren oversettelse uten rotasjon; en rotasjon om senteret av massen av den bevegelige domene uten oversettelse; en rotasjon om senteret av massen av den bevegelige domenet sammen med en oversettelse. Nå det siste alternativet vil være standard og eneste alternativet. Dette alternativet er ekvivalent med den standard superimposition algoritme (den Kabsch algoritme) for en hypotetisk struktur på den virkelige gjennomsnittsposisjonen. De andre fire er på grunn av historien om utviklingen av teorien. Disse begrenser nytten av teorien og vil bare føre til forvirring.
• Rydd opp av rammen for målet funksjonskode. Dette samsvarer med tidligere endring av sletting av frame_order.average_position brukerfunksjon. Endringene omfatter fjerning av oversettelsen optimalisering flagget som dette er nå alltid utført, og fjerningen av flagget som bevirker den gjennomsnittlige domene rotasjonssvingepunktet for å tilpasse bevegelsesdreiepunktet slik disse er nå permanent utkoblet.
• Alfabetisk ordning av funksjoner i lib.frame_order.pseudo_ellipse modulen.
• Slått alle de "linjen" ramme ordre modeller, som de ikke er implementert ennå. Dette er bare frontend kode -. Backend eksisterer ikke
• Oppdatert den isotrope kjegle CaM ramme for testmodell optimalisering script. På grunn av alle endringene i rammen for analysen, den gamle skriptet var ikke lenger funksjonell.
• Har laget et script for cam ramme for testmodeller for å finne den gjennomsnittlige domene posisjon. Som rotasjon om en fast pivot er eliminert, har skiftet fra 1J7P_1st_NH_rot.pdb til 1J7P_1st_NH.pdb å bli omdannet til en oversettelse og rotasjon om CoM. Dette skriptet vil bli brukt til å erstatte rotasjon Euler vinkler med vektoren og COM rotasjons Euler vinkler. Men structure.superimpose brukerfunksjon må endres for å håndtere både standard Tyngdepunktet superimposition samt en CoM superimposition.
• Oppdatert CAM rammen for testmodell superimposition script. Den structure.superimpose brukerfunksjon er nå korrekt heter. Utgangen loggfilen er lagt til depotet som det inneholder riktig oversettelse og Euler rotasjon informasjon som er nødvendig for testmodeller.
• Parameter oppdatering for isotrop kjegle CaM ramme for testmodell optimalisering script. Euler vinkler for rotasjon om bevegelses pivot har blitt erstattet av oversettelse vektor- og Euler vinkel CoM rotasjon parametre.
• Fix for en rekke av de rammeordre modeller som ikke har parameterbegrensninger. Den linear_constraint () -funksjonen var tilbake A, b = [], [] for disse modellene, men disse tomme numpy arrays ble forårsaker minfx biblioteket for å mislykkes. Disse verdiene er nå fanget og begrensningen algoritmen slått av i minimere () bestemt API metoden.
• Økt presisjon av alle data i CAM-ramme for testdata generasjon basen script. Disse har alle blitt konvertert fra float16 til float64 numpy typer.
• Fix for RDC feil innstilling i CAM-ramme for testdata generasjon basen script. Den rdc_err datastruktur ligger i interatomiske data beholdere, ingen spin beholdere
.
• Endring av strukturen lasting del av CAM ramme for datagenerering basen script. Strukturene er nå bare lastet når DIST_PDB flagget er satt, da de er kun brukt for å generere den 3D fordeling av strukturer. Dette sparer mye tid og datamaskinens minne.
• Huge speedup av CAM rammen for testdata generasjon basen script. Ved å bruke flerdimensjonale matriser numpy å lagre atomposisjoner og XH enhetsvektorer i alle spinn, og utfører rotasjoner på disse strukturer ved hjelp av numpy.tensordot (), er beregningene nå en faktor på 10 ganger raskere. Progresjonsmåleren måtte endres for å vise alle 1000 snarere enn 100 iterasjoner. Den rotasjoner av posisjonene og vektorer er nå utført sekvensielt, ved et uhell å fikse en feil med den doble bevegelse modeller (dvs. "dobbel rotor" modell).
• Modifisert CAM rammen for testdata generasjon basen script for å spare datamaskinen RAM. XH vektor og atom posisjon datastrukturer for alle N rotasjoner er nå på numpy.float32 snarere enn numpy.float64 type. Den viktigste endringen er å beregne gjennomsnitts RDCs og gjennomsnitt PCSS separat, slette N store datastrukturer når datafilene er skrevet.
• Komplett redesign av CAM ramme for datagenerering basen script for hastighet og minne besparelser. Selv om den roterte XH bond vektor og atom stillingskode var veldig fort, til mengden minne som er nødvendig å lagre disse i spinn containere og interatomiske data beholdere var stor da N & gt; 1E6. De påfølgende rdc.back_calc og pcs.back_calc brukerfunksjonskall vil også ta altfor lang tid. Derfor basen manuset har blitt redesignet. Den _create_distribution () metoden har blitt delt inn i fire: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution (), og _pipe_setup (). Den _pipe_setup () metoden kalles først å sette opp data rør med alle nødvendige data. Da _calculate_rdc () og _calculate_pcs () metoder, og til slutt _create_distribution () hvis DIST_PDB flagget er satt. Samtalene til rdc.back_calc og pcs.back_calc brukerfunksjoner er eliminert. I stedet _calculate_rdc () og _calculate_pcs () metoder beregne gjennomsnitt RDC og PCS seg som numpy matrise strukturer. Snarere enn å lagre den enorme roterte vektorer og atom stillinger datastrukturer, er RDCs og PCSS summert. Disse blir deretter dividert med self.N ved utgangen til gjennomsnitt av verdiene. Sammenlignet med den gamle koden, når N er satt til 20 millioner RAM Forbruket synker fra ~ 20 GB til ~ 65 MB. Den totale kjøretid er også redusert på ett system fra noen dager til et par timer (en ordre eller to av magnitude).
• Endret progresjonsmåleren oppdatering for cam rammen for testdata generasjon basen script. Den spinner var altfor rask, oppdatering hvert 5. trinn, og er nå oppdatert hver 250. Og det totale antallet er nå bare skrevet ut 10.000 intervaller.
• Forbedringer progresjonsmåleren for cam rammen for testdata generasjon basen script. Komma er nå skrevet ut mellom tusen og tallene er nå riktig berettiget.
• Stor økning i nøyaktigheten av RDC og PCS i snitt. Dette er for cam rammen for testdata generasjon basen script. Ved å summere RDCs og PCSS til 1D numpy.float128 arrays (for dette, er en 64-bit system som kreves), og deretter dele med N på slutten, kan gjennomsnittsverdien beregnes med en mye høyere nøyaktighet. Som N blir større, introduserer den numeriske gjennomsnitts større og større mengder av trunkeringstegn gjenstander. Så denne endringen lindrer dette.
• Fix for RDC og PCS i snitt i CAM-ramme for testdata generasjon basen script. For dobbel rotor modell, eller noen flere bevegelsesmodus modell, i snitt var feil. I stedet for å dele med N, bør verdiene dividert med N ^ M, hvor M er antallet bevegelsesmåter.
• Enorm økning i presisjon for cam rammeordre gratis rotor modell testdata. Jo høyere presisjon er fordi antallet strukturer i fordelingen er nå tjue millioner i stedet for én million, og mye høyere presisjon numpy.float128 gjennomsnittsberegning av den oppdaterte datagenerering basen script har blitt brukt. Denne informasjonen bør gi rom for en mye bedre estimat av beta og gamma gjennomsnittlig domene posisjon parameterverdier for gratis rotor modeller som er berørt av kollapsen i alpha parameter til null.
• Enorm økning i presisjon for cam rammeordre dobbel rotor modell testdata. Jo høyere presisjon er fordi antallet strukturer i fordelingen er nå over tjue millioner (4500 ^ 2) snarere enn en kvart million (500 ^ 2). Og mye høyere presisjon numpy.float128 gjennomsnittsberegning av den oppdaterte datagenerering basen script har blitt brukt.

• Endringer:



• Bugfikses:

• Endringer:












































































































Dvs.

Hva er nytt i versjon 3.3.4:

• Endringer:






































































• Bugfikses:

• Endringer:





















































• Bugfikses:

• Endringer:








































































































































• Bugfikses:

• Endringer:












































































































































































































































• Bugfikses:

Hva er nytt i versjon 3.3.0:

• Endringer:

Hva er nytt i versjon 3.1.5:

• Endringer:




• Bugfikses:

• Endringer:
























• Bugfikses:

Hva er nytt i versjon 3.1.3:

• Endringer:

Hva er nytt i versjon 3.1.2:

• Endringer:













• Bugfikses:

Hva er nytt i versjon 3.1.1:

• Endringer:

Hva er nytt i versjon 3.1.0:

• Endringer:


































































- & Gt;

• Endringer:























































• Bugfikses:

• Endringer:







































































































• Bugfikses:

• Endringer:





























































































































































































































































































































• Bugfikses:

• Endringer:










































• Bugfikses:

• Endringer:

Hva er nytt i versjon 2.2.3:

• Endringer:














































































































































• Bugfikses:

Hva er nytt i versjon 2.2.2:

• Endringer:


























• Bugfikses:

Hva er nytt i versjon 2.2.1:

• Endringer:









• Bugfikses:

• Endringer:




















































































































• Bugfikses:

Hva er nytt i versjon 2.1.2:

• Endringer:

Hva er nytt i versjon 2.1.1:

• Endringer:


















































































































































• Bugfikses:

Hva er nytt i versjon 2.1.0:

• Endringer:




































































































































• Bugfikses:

Hva er nytt i versjon 2.0.0:

• Endringer:

Hva er nytt i versjon 1.3.15:

• Endringer:


• Bugfikses:

Hva er nytt i versjon 1.3.6:

Krav :