mpiBLAST er en MPI basert parallell gjennomføring av NCBI BLAST. Prosjektet består av et par programmer som erstatter formatdb og blastall med versjoner som utfører BLAST jobber parallelt på en klynge av datamaskiner med MPI installert. Det er to primære fordeler med å bruke mpiBLAST versus tradisjonell BLAST.
Først deler mpiBLAST databasen over hver node i klyngen. Fordi hver node segment av databasen er mindre, kan det vanligvis ligge i buffer-buffer, hvilket gir en betydelig hastighetsøkning på grunn av eliminering av disk I / O. For det andre gir det BLAST brukere å dra nytte av effektive og lave kostnader Beowulf klynger fordi interprosessor kommunikasjonen kravene er lave.
mpiBLAST oppnår super-lineær hastighetsøkning i situasjoner der databasen er for stor til å passe inn i RAM, og nær lineær hastighetsøkning i andre situasjoner. Det krever ikke en dedikert klynge.
Krav:
Kommentarer ikke funnet