Swiss-PdbViewer (aka DeepView) er et program som gir et brukervennlig grensesnitt som tillater å analysere flere proteiner samtidig. Proteinene kan legges over for å utlede strukturelle justeringer og sammenligne sine aktive områder eller andre relevante deler. Aminosyre mutasjoner, H-obligasjoner, vinkler og avstander mellom atomer er lett å få tak takket være den intuitive grafiske og menygrensesnittet.
Swiss-PdbViewer (aka DeepView) har blitt utviklet siden 1994 av Nicolas Guex. Swiss-PdbViewer er tett knyttet til SWISS-MODELL, en automatisert homologi modellering serveren utviklet innenfor den sveitsiske institutt for Bioinformatikk (SIB) ved Structural Bioinformatikk Group ved Biozentrum i Basel.
Arbeide med disse to programmer i stor grad reduserer mengden av arbeid som er nødvendig for å generere modeller, som det er mulig å tre et protein primære sekvensen til en 3D-mal og få en umiddelbar tilbakemelding om hvor godt den gjengede protein vil bli akseptert av referansen struktur før du sender en forespørsel om å bygge mangler sløyfer og avgrense sidekjede pakking.
Swiss-PdbViewer kan også lese elektrontetthetskart, og gir ulike verktøy for å bygge inn i tetthet. I tillegg ulike modelleringsverktøy er integrerte og kommandofiler for populære energi minimalisering pakker kan genereres.
Til slutt, som en spesiell bonus, POV-Ray-scener kan genereres fra den gjeldende visningen for å lage flotte ray-spores kvalitet bilder.
Hva er nytt i denne utgaven:
- Tymin C6 atom nå riktig lastet
- Fast POV-Ray-utgang endeløs sløyfe på PC-versjonen
- Den sporadiske krasjer samtidig spare PDB-filer (for eksempel 2i37) på PC-en har blitt fikset
- Oppdatert adressen til Uppsala Electron Density Map Server
Kommentarer ikke funnet