BioJava

Det gir analytiske og statistiske rutiner, parsere for vanlige filformater og tillater manipulering av sekvenser og 3D-strukturer.

BioJava er et verktøy for å utforske Java muligheter i bioinformatikk verden

Hva er nytt i denne utgaven.

• Konsekvent feillogging. SLF4J brukes for logging og gir adaptere for alle større logging implementeringer.
• Forbedret håndtering av unntak.
• Fjernet nedgraderte metoder.
• Utvidet BioJava opplæringen.
• Oppdatert avhengig der det er aktuelt.
• Tilgjengelig på Maven Central.

Hva er nytt i versjon 4.0.0:

• Konsekvent feillogging. SLF4J brukes for logging og gir adaptere for alle større logging implementeringer.
• Forbedret håndtering av unntak.
• Fjernet nedgraderte metoder.
• Utvidet BioJava opplæringen.
• Oppdatert avhengig der det er aktuelt.
• Tilgjengelig på Maven Central.

Hva er nytt i versjon 3.1.0:

• Nye funksjoner:
• CE-CP versjon 1.4, med flere parametere
• Oppdater til omfang 2,04
• Forbedringer i FASTQ parsing
• Fix bugs i PDB parsing
• Mindre feilrettinger i struktur justeringer

Hva er nytt i versjon 3.0.8:

• Nyhet:
• Genbank forfatter
• parser for Karyotype fil fra UCSC
• parser for Gene steder fra UCSC
• parser for Gene navn fil fra genenames.org
• Module for Cox regresjon kode for overlevelsesanalyse
• Beregning av tilgjengelig areal (ASA)
• Module for parsing .OBO filer (ontologier)
• Forbedret:
• Representasjon av SCOP og Berkeley-SCOP klassifikasjoner

Hva er nytt i versjon 3.0.7:

• Lagt til en grunnleggende genbank parser
.
• Fast et problem når sette kodonene med N.
• Nå kan antyde obligasjoner i proteinstrukturer.
• Lagt til støtte for å analysere mmcif poster for organismen og uttrykk system.
• Mange små feilrettinger og forbedringer.

Hva er nytt i versjon 3.0.6:

• Utvikling flyttet til GitHub på: https: // github.com/biojava/biojava

Hva er nytt i versjon 3.0.5.

• New parser for CATH klassifisering
• New parser for Stockholm filformat.
• Betydelig forbedret representasjon av biologiske samlinger av proteinstrukturer. Nå kan gjenskape det biologiske enheten fra asymmetrisk enhet.
• Flere feilrettinger.

Hva er nytt i versjon 3.0.4:

• Dette er hovedsakelig en bug fix-utgivelse ta opp spørsmål i proteinstruktur og lidelse moduler.
• En ny funksjon. SCOP data kan nå enten nås fra den opprinnelige SCOP nettstedet i Storbritannia eller Berkeley versjonen

Hva er nytt i versjon 3.0.3:

• Betydelige forbedringer i nettjenesten modulen (NCBI blast og hmmer webtjenester).
• & quot; ny & quot; fastq parser (portet fra biojava en serie til versjon 3).
• Støtte for siler-PDB til Uniprot kartlegging.
• Protmod modul omdøpt til modfinder.

Hva er nytt i versjon 3.0.2:

• protein-struktur: Forbedret håndtering av proteindomener: Nå støtter SCOP. Ny funksjonalitet for automatisert prediksjon av proteindomener, basert på Protein Domain parser.
• Mindre forbedringer og feilrettinger i flere andre moduler.
• biojava3-aa-prop: Denne nye modulen kan beregning av fysikalsk kjemiske og andre egenskaper av proteinsekvenser
.
• biojava3-protein-lidelse: En ny modul for prediksjon av uordnede regioner i proteiner. Den er basert på en Java gjennomføring av Rønn prediktor.

Hva er nytt i versjon 3.0.1:

• 3.0.1 utgivelsen er i hovedsak en bug fix slipp for den siste 3.0 lansert som ga en stor omskriving av biojava kodebasen.

Krav

• Java 1.6 eller høyere