Gabedit

Gabedit er et grafisk brukergrensesnitt til Gaussian, Molcas, Molpro og MPQC beregningskjemi pakker.
 
 Gabedit omfatter grafiske fasiliteter for å generere søkeord og alternativer, molekyl spesifikasjoner og ther inngangs seksjoner for selv de mest avanserte beregningstyper Gabedit inkluderer en avansert Molecule Builder.
 
 Du kan bruke den til å raskt skisse i molekyler og undersøke dem i tre dimensjoner. Du kan bygge molekyler ved atom, ring, gruppe, aminosyre og nukleosid. Du kan også lese geometri fra en fil. De fleste store molekylære filformater støttes.
 
 Gabedit inkluderer en Gaussian, Molcas, Molpro og MPQC Beregning Setup vindu som lar deg sette opp Gaussian, Molcas, Molpro og MPQC jobber på en enkel og grei måte.
 
 Gabedit inkluderer en tekst editor for redigering Molcas, Molpro, Gaussian og MPQC innspill filer.
 
 Gabedit kan grafisk vise en rekke Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC og (delvis) beregnings ADF resultater, blant annet følgende:
 
 ย ท molekylorbitalene.
 ย ท overflater fra elektrontettheten, elektrostatisk potensial, NMR skjerming tetthet, og andre egenskaper.
 ย ท Overflater kan bli vist i solide, gjennomskinnelige og netting moduser.
 ย ท Overflater kan være farget av en egen eiendom.
 ย ท Contours (fargekodede).
 ย ท Planes (fargekodede).
 ย ท Dipole
 ย ท XYZ akser og hovedaksene til molekylet.
 ย ท Animasjon av de vanlige modusene tilsvarer vibrasjonsfrekvenser.
 ย ท animasjon av rotasjonen av geometri, overflate, dipol, xyz og hovedaksene til molekylet.
 ย ท Animasjon av konturer.
 ย ท Animasjon av fargekodede flyene.
 
 Gabedit kan vise IR og Raman beregnet spektra. Gabedit kan generere en Povray fil for geometri, (atomer + obligasjoner, herunder hydrogen obligasjon), flater (inkludert fargekodede overflater) konturer fargekodede fly.
 
 Gabedit kan lagre bildet i PPM, BMP, (JPEG) og PS format. Gabedit kan generere automatisk en serie med bilder for animasjon (vibrasjon, geometri konvergens, rotasjon, konturer, fargekodede flyene)

Hva er nytt i denne versjonen:

• mindre bugs har blitt fikset.
• NWChem er nå støttet.
• De innfødte Windows-spill er nå støttet.

Hva er nytt i versjon 2.3.5.

• Mindre feil ble fikset
• Atomer kan fikses i løpet av en molekylær dynamikk simulering.
• Migrasjon fra Kairo til OpenGL for tegning geometrien vinduet.
• Migrasjon fra gtkglarea til GtkGLExt.
• Parallellise hjelp OpenMP.

Hva er nytt i versjon 2.3.0.

• Mindre feil ble fikset
• Brukeren kan lese orbitaler, geometri og normal modus fra en fchk Gaussian fil.
• Man kan lese orbitaler fra den nye mopac aux filformatet (inkludert komprimert format).
• Flere nye alternativer i XYPlot og ContoursPlot vinduer (insert tekst, linje, pil, bilder, nye temaer ...).
• De bindingslengdene kan festes under en MD simulering.
• er Delvis optimalisering nå mulig med MM potensial.
• Innføring av et verktøy for å forutsi massene og Forekomsten av isotoper for et gitt molekyl. Implementering av et verktøy for å beregne elektro, nucleofile og radikale mottakelighet for et molekyl.

Hva er nytt i versjon 2.2.0:

• Mindre feil ble fikset
• Alle geometriske endringer kan angres og slengt med Angre og Gjør om (u / U eller Ctrl z / Ctrl y)
• Brukeren har full kontroll over obligasjonene som vises i en tegning.
• Tegningen av molekylet atom for atom har blitt forenklet.
• Tegningen av molekylet fragment av fragment har blitt forenklet.
• Gabedit lese connectivities fra gabedit, hin, PDB, mol2 og mol filer.
• Brukeren kan sette verdien av avstanden, bindingen vinkel og dihedral vinkel.
• En molekylær dynamikk conformational søk er gjennomført ved hjelp av en MM potensial (Amber 99).
• En Molekylær dynamikk conformational søk er gjennomført ved hjelp av en semi-empirisk metode (fra Open Mopac eller PCGamess).
• Migrasjon fra gdk tegnefunksjoner til Kairo.: Cross-enhet Rende for Vector Graphics
• Cairo brukes nå for XYplot gabedit widget (brukt av gabedit for utnyttelse spektrum).
• Cairo brukes nå for geometrien tegnevinduet.
• geometri kan eksporteres i eps, ps, pdf eller SVG-fil.
• Kurvene på XYplot vindu kan eksporteres i eps, ps, pdf eller SVG-fil.
• Nytt verktøy for beregne avstanden mellom to punkter på XYPlot vinduet. & Quot; Ctrl + shift-knappen & quot; kan brukes til å gjøre en zoom på XYPlot vinduet.
• Den nye versjonen av PCGamess (Firefly) er nå støtte

Hva er nytt i versjon 2.1.13:

• Mindre feil var fixe
• En molekylær dynamikk conformational søk er gjennomført ved hjelp av en MM potensial (Amber 99).
• En Molekylær dynamikk conformational søk er gjennomført ved hjelp av en semi-Empirisk potensial (ved hjelp MoPac eller PCGAMESS).
• Man kan optimalisere geometrien interaktivt ved hjelp MoPac eller PCGamess semi-empirisk metode, fra Draw Geometry vindu
• Migrasjon fra gdk tegnefunksjoner i Kairo: Cross-enhet Rende for Vector Graphics. Cairo brukes nå for XYplot gabedit widget (brukt av gabedit for utnyttelse spektrum). Cairo brukes nå for geometrien tegnevinduet.
• geometri kan eksporteres i eps, ps, pdf eller SVG-fil. Kurvene i XYplot vindu kan eksporteres i eps, ps, pdf eller SVG-fil.
• Nytt verktøy for beregne avstanden mellom to punkter på XYPlot vinduet. & Quot; Control + venstre knappen & quot; kan brukes til å gjøre en zoom på XYPlot vinduet.
• Den nye versjonen av PC Gamess / Firefly støttes nå

Krav

• gtk +