NeuronVisio

NeuronVisio forbinder med NEURON hjelp av den nye Python NEURON grensesnitt.
Installasjon:
Å installere NeuronVisio du trenger for å tilfredsstille følgende avhengig
& Nbsp; * pygtk
& Nbsp; * visuell
& Nbsp; * matplotlib
Easy Install
Den enkleste måten å få neuronvisio er hvis du har setuptools installert:
easy_install neuronvisio
Uten setuptools, er det fortsatt ganske lett. Last ned neuronvisio.tgz fil fra neuronvisio sin cheese side, pakk det og løp:
python setup.py installere
Dokumentasjon
Dokumentasjonen er tilgjengelig i doc-mappen eller på nettet.
Hurtigstart
Denne koden er bare for å gi et inntrykk i hvordan du bruker nrnvisio modul:
1. brann opp en ipython konsoll med pylab bryter .:
& Nbsp; ipython -pylab # Hvis du ikke bruker den bryteren du vil ikke se noen graf.
2. Importer modulen:
& Nbsp; fra neuronvisio.controls importkontroll
& nbsp; kontroller = kontroller ()
Når nrnvisio er startet tråden er lansert. I denne tråden hele prosessen med nrnvisio vil skje uten å blokkere konsollen.
Som en rask eksempel følgende kode:
& Nbsp; en. Oppretter en enkelt seksjon kalt soma
& Nbsp; 2. Sett inn en Hodgkey-Huxley kanal og en passiv ledningsevne
& Nbsp; 3. Sett inn en alphaSynapse å gi en Stimul.
En rask eksempel kan være følgende ::
fra nrnvisio.controls importkontroller
kontroller = Controls () # Starte GUI
fra nevron import h # Komme HocInterpreter
soma = h.Section () # Opprette en seksjon
soma.insert ('hh') # Sette inn en HH-kanal
soma.insert ('pas') # setter inn en passiv ledningsevne
syn = h.AlphaSynapse (0.5, sek = soma) # synaptic innspill
syn.onset = 0.5 # når til brann
syn.gmax = 0,05 # konduktansen av synapsen
syn.e = 0 # reversering potensial
Enda et eksempel i eksempelet katalogen viser hvordan du bruker Neuronvisio med mer kompleks modell

Egenskaper .

• 3D visualisering av modellen med mulighet for å endre det runtime
• Opprettelse av vektorer for å registrere eventuelle variabler stede i seksjonen
• Pylab integrering å plotte direkte resultatet av simuleringen
• Exploration av tidsforløpet til alle variabler blant tid ved hjelp av en fargekodet skala
• GUI kjører i sin egen tråd, så det er mulig å bruke konsollen (sterkt antydet ipython)

Krav :

• Python