Cell Elektro Simulering Environment (Cese) er et omfattende rammeverk spesielt designet for å utføre beregningsorientert elektro simuleringer, for eksempel simuleringer av hjerte myocyte elektrisk aktivitet.
Cell Elektro Simulering Miljø er nyttig for simuleringer av aksjonspotensialer, individuelle ioniske strømninger og endringer i ioniske konsentrasjoner.
Cese er en kryssplattform program, går det på alle systemer som har Java Runtime Environment (JRE) versjon 1.4 eller nyere. Det ble testet på Windows, Linux, Solaris, MacOS X, og AIX.
Cese brukere
Cese er et integrert miljø for å utføre datasimuleringer ved hjelp av en rekke elektromodeller.
På dette stadiet Cese tillater opprettelse og gjennomføring av encellede modeller (som inneholder både Hodgkin-Huxley (HH) og Markovian aktuelle formuleringer). Modeller av elektriske aktiviteten i hjertemuskelceller med kildekoden er inkludert i Cese fordelingen. Vi håper å utvide antall tilgjengelige modeller, og legge visse nevrale modeller i fremtiden.
Den største styrken til Cese er i sin ensartethet & # 65533; et programgrensesnitt forblir den samme for ulike typer modeller. Du kan enkelt bytte mellom modeller og sammenlign simulering utganger. Modellparametere kan endres, velges for produksjon og / eller klemt fast på samme, standard måte.
Cese strekker den konvensjonelle elektro betydningen av "spennings-klemme". Du kan klemme nesten hvilken som helst modell variable, inkludert spenning (membranpotensiale), totalt eller individuelle ioniske strømninger, ionekonsentrasjoner, temperatur, gating variabler, etc. klem kommandoer kan være komplisert stykke-messig funksjoner, individuelt fastsatt for modellen variable av interesse . Dette åpner uendelige muligheter for utforskning av komplekse modellen atferd.
Cese tilbyr enkle, men effektive datavisualiseringer. Simuleringsresultatene kan bli presentert i grafisk og tabell former. Tomter kan tilpasses, og regioner av interesse zoomet.
Selv om Cese ikke er designet for å være en dataanalyse verktøyet, kan du generere strøm spenning relasjoner (I-Vs) og beregne statistiske parametre for et gitt signal i programmet. Du kan eksportere data til ASCII, til Axon Tekstfil (ATF), og NetCDF formater fortsette analyse i din favoritt pakken.
Cese utviklere
Cese ble opprettet fra grunnen av for å innlemme de beste programmeringsmetoder tilgjengelig for Java-utviklere, både når det gjelder brukergrensesnitt konsistens og kode klarhet og gjenbruk. Der det er mulig, Cese stole på ledige Java API (for eksempel Java2D, Javabeans, JAXP) for å forenkle koden.
Modellbygging krever en rekke vaktmester funksjoner som skal kodes & # 65533; disse inkluderer ODE integratorer, rutiner for håndtering av modellparametere, sparing / gjenoppretting modell staten, visualisere simuleringsresultater, etc. Cese gir deg iverksettelse av disse rutinene, dermed kan konsentrere seg om å skrive koden for betong ionestrøm (r), og Cese vil håndtere resten.
Cese er ikke prøver å lage kompliserte programmerings rammer på sin egen & # 65533; heller, benytter det sentrale Java APIer. For eksempel modeller er Java-komponenter i samsvar med gjeldende Javabeans spesifikasjonen. Vi bruker XML til å angi klem kommandoer, og Java-objekt serialisering å lagre / gjenopprette modellparametere.
Hva er nytt i denne versjonen:
Kommentarer ikke funnet