Expression2Kinases

Genome-wide mRNA profilering gir et øyeblikksbilde av den globale tilstanden av celler under forskjellige forhold. Men ikke mRNA nivåer ikke gi direkte forståelse av oppstrøms reguleringsmekanismer. Expression2Kinases (X2K) er en ny tilnærming for å identifisere oppstrøms regulatorer sannsynlig ansvarlig for observerte endringer i genom-wide genuttrykk. Ved å integrere spon seq / chip og posisjons-vekt matriser (PWMs) data, protein-protein interaksjoner, og kinase-substratfosforylering X2K reaksjoner kan anvendes for å identifisere reguleringsmekanismer oppstrøms for genom forskjeller i genekspresjon. Ideen er først å utlede de mest sannsynlige transkripsjonsfaktorer som regulerer forskjellene i genekspresjon, og deretter bruke protein-protein interaksjoner for å koble de identifiserte transkripsjonsfaktorer ved hjelp av ytterligere proteiner for å bygge transkripsjonsregulerende delnettverk sentrert på disse faktorene, og endelig bruk kinase-substrat proteinfosforylering reaksjoner, for å identifisere og rang kandidat protein-kinaser som mest sannsynlig regulerer dannelsen av de identifiserte transkripsjons komplekser. X2K inneholder også verktøy for å utføre gen-liste berikelse analyser og spår legemidler som kan reversere eller forverre endringer i genuttrykk. . Den X2K tilnærmingen kan fremme vår forståelse av cellesignalisering og avdekke narkotika virkningsmekanismer

Krav

Java Runtime Environment 6.0