GAMGI

Hva er nytt i versjon:

• Løst en feil bare introdusert: vi kan ikke fjerne GDK-visuelt etter å ha fjernet en GL-kontekst. Bare fjernet denne koden. Tilsynelatende gjør GTK dette når widgeten er ødelagt.
• Forbedret gamgi_gtk_area.c, brukt i X-versjonen av GAMGI, som erstatter GTKGLExt-biblioteket med vår egen GLX-baserte kode. Javier Cabezas portet denne koden til GTK 3 og fungerer bra! Tilbake portet endres, slik at forskjellene mellom koden for GTK 2 og GTK 3 er absolutt minimal.
• Vi kan ikke bruke r, g, b farger på grunn av a, b, c celle akser.
• Forbedret akseoppsett i Orbital-> Opprett og Orbital-> Endre dialoger.
• Endret etikettmodell til rekkevidde i Orbital-> Opprett og Orbital-> Endre og endre brukergrensesnitt tilsvarende.
• Sjekket alle Help Formats dokumentasjonssider.
• Oppdatert brukerhåndbok for klusterformater.
• Klynger-> malingsarrayer er ikke lenger nullstilt.
• Synkroniserte gamgi og gamgi_exp-grener.
• I XML-filer, i gruppeelementer, erstattet attributtype ved referanse.
• Oppdatert hjelpedokumentasjon for plan- og retningsformater.
• Oppdatert hjelpedokumentasjon for grensesnitt og -formater.
• Fornyet EUs varemerke GAMGI fram til 2024.
• Oppdaterte kildekoden og dokumentasjonslisensen til GPL v3.
• Startet med sha256sum for å sjekke alle distribusjonsfiler.
• Fornyet gamgi.org domenenavnregistrering til 2020.

Hva er nytt i versjon 0.17:

• Fiks en makefile-feil (introdusert i gamgi0.15.6) i GAMGI-grenen som ikke krever GtkGlExt-biblioteket: make_rules inneholdt gtkglext avhengigheter som ikke burde være der.
• Planer, Veibeskrivelser kan nå seleted av projiseringsnett: Wulff eller Schmidt.
• Synkronisert kode, dokumentasjon og datafiler mellom gamgi og gamgi_exp distribusjonstrær.
• Kontrollerte XML / XML-filer for å oppdatere orbitale akserattributter.
• Kontrollerte alle dat / XML-filer for å erstatte attributtype etter etikett, i atomelementer.
• Kontrollerte alle dat / XML-filer for å erstatte attributtype etter modell, i fly, retning, celleelementer.
• For å sikre konsistens, erstattet globalt navnetprojeksjonen med netto i retnings- og flykode og XML-elementer.
• For å sikre konsistens, erstattet globalt navnetype etter modell i celle, fly, retningskode og XML-elementer.
• Endret etikett Type til modell i Cell-> Opprett og Cell-> Endre.
• Endret etikett Metode for å skrive inn Bond-> Opprett.
• Oppdatert Hjelp-> Formater dokumentasjon for XML Plane og Direction objekter.
• Oppdatert Hjelp-> Grensesnittdokumentasjon for Type og projeksjon i Plan-> Opprett, Plan-> Endre, retning-> Opprett, retning-> Endre.
• Atom temperaturen i Debye-Waller kan nå bare ta mellom verdier mellom 0,0 (blå) og 100,0 (rød) som det er vanlig i denne analysen.
• Dokumentasjon for grensesnitt og formater for Obligasjonsobjekter.
• Fast standard Debye-Waller atomtemperatur: Den nye verdien er 0,0, tilsvarende et atom med en kjent posisjon.
• Oppdatert formater dokumentasjon for Atom og Cell objekter.
• Hjelp-> Gjeldende og hjelp-> Tema kan nå lese dokumentasjonen for Orbital-> Endre.
• Skrevet dokumentasjon for Orbital-> Endre.
• Oppdatert dokumentasjon for Orbital-> Opprett.
• Orbital-akser håndteres nå på en enklere måte, i Orbital-> Opprett, Orbital-> Endre og XML-innfødte filer.
• Orbital-> Select fungerer nå bra for alle alternativer, inkludert de mange egenskapene som kan brukes til å velge orbitaler.
• Forenklet litt funksjonene gamgi_gtk_select _ *. c.
• Faste to feil i H orbitalkoden, introdusert i GAMGI 0.16.6: 1) vilkårene rho ** L (fra Laguerre-polynomene) og 1 / r ** L (fra Legendre-funksjoner) avbryter hverandre , bortsett fra en konstant som manglet. 2) Standardradiusberegningen manglet rho ** L termen.
• Lister over Planer kan nå velges etter modell: Polygon, Pol, Spor, Vector.
• Lister over veibeskrivelse kan nå velges etter modell: Linje, Pole, Spor.

Hva er nytt i versjon 0.16.8:

• I stereografiske projeksjoner øker du z-høyden i polebitmaps (GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP), slik at disse alltid vises over spor. Dette løser en visuell glitch, men gjør det også mye enklere å velge poler med spor rundt, da farger nå er tydelig skilt.
• Synkroniserte gamgi og gamgi_exp kode grener.
• Oppdatert static_press i Plane-> Modify and Direcyion-> Endre, så objektnavnet overskrives ikke av automatisk navninnstilling.
• Automatisk navneskift i Plan-> Endre og retning-> Endre fungerer nå, for krystallografiske planer, diretcions.
• Fant og fjernet en feil i Plan-> Opprett og retning-> Opprett: I noen tilfeller ble objektnavnet som ble oppgitt av brukeren, ignorert.
• Funnet og fjernet en alvorlig feil i Plan-> Opprett og retning-> Opprett: Etter å ha opprettet fly / veibeskrivelser ved hjelp av lister som tidligere ble opprettet med dialogboksen Liste andre nivå, ble disse ikke tilbakestilt korrekt. I noen runder kan dette krasje GAMGI.
• Fant og fjernet en feil i Plan-> Opprett og retning-> Opprett: Pole og spor ble ikke opprettet simultaneosuly, når nødvendig, bare én hver gang.
• Orbital-> Velg jobber nå. Lister over orbitaler kan kopieres, kobles, velges, endres, fjernes, som for andre objekter.
• Synkroniserte gamgi og gamgi_exp kode grener.
• Fast Cell-> Link: Den fungerer (igjen) bra for lister over celler, i objekt (over og under), krystall og tilfeldig modus.
• Funnet og fjernet en enkel, men alvorlig feil: Når flere vinduer var åpne og en liste over objekter var aktiv og valgt som det nåværende objektet, ville nullstille (men ikke Avslutt) krasje Gamgi.
• Cell-> Link Random (RCP) virket ikke: erstattet av eldre kode. Cell-> Link trenger mer arbeid.
• Kompilere igjen med -O3 flagg.
• Fiks en alvorlig feil i alle Objekt-> Velg dialoger, i metodeområdet: Når prøvetaksrektallet ikke var fullt inne i grafikkområdet, ville noen av de samplede fargene være udefinerte og GAMGI ville krasje når du trykker på Ok. Krasjene ble oppdaget for lenge siden, men årsaken var uklar til nå.

Hva er nytt i versjon 0.16.7:

• Synced gamgi / dat og gamgi_exp / dat datatrær.
• Synced gamgi / doc og gamgi_exp / doc dokumentasjon trær.
• Synced gamgi / src og gamgi_exp / src-kode trær.
• Faste flere GUI-glitches i Orbital-> Endre.
• Fast Orbital-> Endre krasjer: Orbital-> prikker må nullstilles til 0.
• www.gamgi.org og ftp.gamgi.org serveres nå fra en VM vert på IT-senteret ved Lisboa Universitet. Forhåpentligvis betyr dette mer pålitelige forbindelser og mindre tid ned.
• Automatisk navnendring i Orbital-> Endre fungerer nå bra.
• Automatisk navnendring i Atom-> Endre fungerer bra nå.
• Implementert automatisk navneskifte i Atom-> Endre.
• Implementert automatisk navnendring i Orbital-> Endre.
• Orbital-> Endre arbeider nå for enkle orbitaler. Lister over orbitaler skal fungere i neste utgave.
• Oversettelse, Rotasjon, fungerer nå bra for Orbital-> Endre.
• static_apply for Orbital-> Endre er for det meste gjort.
• Fullført static_grab for Orbital-> Endre.
• Lagt til static_ok_global og static_ok_local for Orbital-> Endre.
• Fullført static_press for Orbital-> Endre.
• GUI-oppførselen for Orbital-> Modify er nesten fullført.
• Begynte å jobbe med Orbital-> Endre og Orbital-> Velg.
• Oppdatert gamgi_mesa_pick.c og gamgi_mesa_grab.c for å ta hensyn til solide representasjoner av orbitaler.
• Løst en liten feil i orbital axes mesa drawing code.
• Laguerre-polynomene har en faktor r ** L (L = vinkelkvantumnummer) som avbryter nøyaktig med faktor 1 / r ** L i Legendre-funksjonene, slik at de matematiske beskrivelsene av H-orbitaler blir mye enklere! Takk til Jose Luis Martins for å peke meg til dette! For slike lave sannsynlighetstettheter (1E-6) er de numeriske problemene så følsomme at orbitale visuelle representasjoner kommer litt annerledes, selv for L = 1, etter denne forenkling.

Hva er nytt i versjon 0.16.6:

• Synced gamgi / dat og gamgi_exp / dat kildekoden trær.
• Synkronisert gamgi / src og gamgi_exp / src kildekoden trær.
• Lagt til skjermbilder som viser de nye representasjonene for orbitaler.
• Litt økt theta, phi-nøyaktighet ved bestemmelse av den orbitale samplingsradiusen: testet mot (6,5, -5) orbital (6hy5).
• Feilsøkingskode for å utføre signalinterpolering i faste orbitaler. Fungerer bra nå! Dette var virkelig det siste hinderet for å få en verdensomspennende orbital representasjon i GAMGI! Tid for skjermbilder! Fremover vil vi prøve å redusere antall krysser, normaler og trekanter, og vi kan implementere Gorauld-skygge, men ingen av dette vil forandre vitenskapelige og visuelle evner i vår nåværende modell. Et glass port for å feire!
• Implementert en metode for å utføre signalinterpolering i faste orbitaler, for å løse problemet med feil i signalendring som ble funnet tidligere.
• Renset kode i gamgi_chem_orbital.c og gamgi_chem_orbital.h.
• Løst en feil: Orbital sannsynlighetstettheten ble ikke eksportert riktig til XML-filer.
• Orbital-akser er nå enklere å bruke og har flere alternativer.
• Signalkoden fungerer nå: 3D-orbitaler ser veldig fantastisk ut, men signalkoden må raffineres, da mangelen på interpolering resulterer i for mye visuell støy når signalet endres.
• Fest koden for å bytte positive og negartive trekanter.
• Fiks signalinterpoleringskoden i static_edge.
• Løst et interpolasjonsproblem relatert til den orbitale isosurface-løk-effekten: kraftfraksjonen til [0,1] -området.
• Fast orbital solid code edge orientation: dette er nødvendig for nøyaktig interpolering.
• Fast numeriske unøyaktigheter: Bare en feil som deler kubene (som i et 3D-sjakkbrett). Ser bra ut nå!
• Feilsøkt den faste orbitale 3D-koden, virker tilsynelatende bra, fortsatt med noen numeriske unøyaktigheter i overflaten.

Hva er nytt i versjon 0.16.5:

• Orbitalobjekter kan nå eksporteres, importeres til GAMGI native XML-filer. Erstatt den rekursive static_outside-rutinen med en løkke- og stablingsversjon, og fjerner dermed en kritisk flaskehals i den faste orbitalkoden. Fixed mem lekkasjer i GTK kode, sintax feil i objektvalg etter farge, advarsler på grunn av ubrukte variabler, etc.

Hva er nytt i versjon 0.16.4:

• Synkronisert gamgi og gamgi_exp kildegrener.
• Oppdatert make_local, for å inkludere stiene: -I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / inkluderer, -I / usr / lib / i386-linux-gnu / gtk-2.0 / inkluderer av Ubuntu.
• Løst en feil i den nye faste orbitalkoden: r-lengdetesten er fornuftig i den kablede representasjonen, men ikke i det faste!
• Den nye rekursive koden fungerer for bitrapporter så stor som 160x160x160, i verste fall.
• Den rekursive koden for å finne ytre overflater krasjer for bitrapporter som er større enn 50x50x50. Leter etter et loop-alternativ.
• Orbitalkode: bølgefunksjon-interpolering for å produsere trekantbasert representasjon fungerer veldig bra.
• Den trekantbaserte 2D-solid gjengivelsen av plane overflater i H-baserte orbitaler er nå godt testet og fungerer bra! Dette er avgjørende for å bygge en oktantbasert representasjon av disse orbitaler, der brukerne kan velge hvilke oktanter som skal vises.
• Lagt til nye speil, http://atom.ist.utl.pt og ftp://atom.ist.utl.pt, til fremtidig vert gamgi.org.
• Lagt til fine strukturer og info filer for høy temperatur beta-kvarts, beta-cristobalite og beta-trydimite.
• Implementert et nytt speil: http://gamgi.ist.utl.pt/ eller http://www.gamgi.ist.utl.pt/.
• Forenklet måten H-Orbital octants er valgt i Wired modus.
• For hver H-orbitale oktant skrev den topologiske koden for å bygge alle trekantene som trengs for å beskrive den ytre 3D-isosurface (tetra-cubes-algoritmen), pluss de interne 2D-oktantiske grensene.
• For hver H-orbitale oktant skrev og testet du bitmatekoden som trengs for å eliminere de indre isofurfaces og bare vise den ytre.
• Forenklet den oktante binære koden i gamgi_chem_orbital.c.

Hva er nytt i versjon 0.16.3:

• Forbedret lesbarhet i alle Objekt-> Kopier dialoger.
• Lagt til dokumentasjon for Orbital-> Opprett, Orbital-> Kopier, Orbital-> Link og Orbital-> Fjern.
• Oppgradert Hjelp-> Aktuelt og Hjelp-> Tema for å tildele Orbital-> Opprett, Orbital-> Kopier, Orbital-> Link, Orbital-> Fjern.
• Synkroniserte gamgi og gamgi_exp trær.
• Orbital-> Link jobber nå bra (lister over orbitaler er ikke implementert ennå).
• Løst en feil i alle link_object.html-filer, noe som resulterte i en GAMGI-feilmelding når hjelpesubsystemet forsøkte å åpne en av disse filene.
• Orbital-> Kopier fungerer nå bra (lister over orbitaler er ikke implementert ennå).
• Orbital-> fjerner fungerer nå bra (lister over orbitaler er ikke implementert ennå).
• Startet å bygge dialogene Orbital-> Kopier, Orbital-> Link og Orbital-> Fjern.
• Octants-layoutet, i dialogboksen Orbital-> Opprett dialog, er mye mer intuitivt nå.

Hva er nytt i versjon 0.16.2:

• Synkronisert gamgi / (med GtkGLExt) og gamgi_exp / (med GLX) versjoner.
• Filtreringsvolum oktanter fungerer nå bra for H orbitaler.
• Fullført søk etter beste standardverdier for H-baserte orbitaler. Standard tetthet er 1E-6, som er nødvendig for å vise alle regioner i 6s orbitals. Poeng er 50000 x n, som er et rimelig kompromiss. Standardradius beregnes skanning fra siste maksimale i f2r2 radial tetthet, pluss en 2,0 minimumslengde, til maksimal tetthet (søk på theta, phi) blir lavere enn standard tettheten.
• Forbedret, redesignet Orbital-> Opprett dialogboksen.
• H orbitaler jobber nå fint i Gamgi. Ser nå etter de beste standardverdiene.
• Lagt til all koden som trengs for å bygge og gjengi H orbitaler.
• Optimalisert H-orbitalkode for fart.
• For alle hydrogenbaserte orbitaler fra n = 1 til 6, beregnes avstandene for radialpolinomia maxima.
• For alle hydrogenbaserte orbitaler fra n = 1 til 6, beregnes avstandene for radiale polinomia nuller.
• Orbital objekter kan nå opprettes, skaleres (rundt nåværende senter), flyttes, roteres, som alle andre Gamgi-objekter.
• Fullført dialogboksen Orbital-> Opprett for å bygge hydrogenbaserte orbitaler.
• Skrev grafikkmotorens kode for å gjengi hydrogenbaserte orbitaler i stiplet modus.
• Lagt til og testet s, p, d, f, g, h Hydrogenbaserte orbitaler for n = 6, i kartesiske x, y, z koordinater.

Krav :

• GTK +