Gephi

Gephi er et verktøy for å importere, utforske, manipulere, analysere, filter, clusterize, spatialise og eksportere store grafer og nettverk

Hva er nytt i denne utgaven.

• Denne utgivelsen fokus på nye funksjoner for både brukere og utviklere, og den nye lisensen låser muligheter for business. Rangeringen og Forhåndsvisning moduler har blitt fullstendig omskrevet på en modulær måte og kan nå utvides med plug-ins! Preview kan nå bli utvidet på mange måter, for eksempel gruppe figurer eller kant bundling. Videre kontinuerlig fremgang har blitt gjort på det dynamiske nettverksstøtte, og vi slipper i dag den siste store delen: statistikk over tid, tilgjengelig fra Statistisk modulen når nettverket er dynamisk. Takk til brukere som rapporterte bugs, det er den eneste måten å løse dem.

Hva er nytt i versjon 0.7 Beta:

• Nye funksjoner:
• Ny data Laboratory (Manipulere kolonner, søk / erstatt, Merge, Sparklines ...)
• Longitudinal nettverk visualisering, topologi endrer seg over tid, samt egenskaper
• Tidslinje nå fungerer som den skal, vises automatisk når grafen er dynamisk, for å enkelt knapp aktivere filtrering
• Vis / skjul etiketter fra filtre - kan tilbakestilles av "Reset Visible" handling (til venstre for grafen vindu)
• Display kanten vekt som etiketter på visualisering
• New Stax GEXF importør og eksportør, med hierarki og dynamisk støtte
• Ny liste / Arrays attributt typer. Kan bare innføres fra GEXF for nå.
• IKKE Operator (filter)
• MASK Operator (filter) - holde kantene ifølge kilden / target / både / noen - kan lett få naboer av et sett med noder
• Flat Filter - Flat ut en hierarkisk grafen til synlig visning, forvandle meta-kanter i normale kantene
• New Giant Component Filter
• Time Frame import, nytt alternativ i 'Import rapport for å importere påfølgende statiske filer og forvandle seg dynamisk
• Zoom slideren i visualiserings alternativer
• "Importer manglende noder 'alternativ i import rapport - velge om du vil lage dem eller ikke
• Angi størrelse for "Reset Size" handling, ved å høyreklikke på reset størrelsen knappen
• Få grad kolonne fra urettet grafer
• statistikk rapporter nå lagret i Gephi prosjekter
• Ny 'Rescale Vekt' alternativet i Preview, å tvinge vekt ser det samme som Oversikt
• Ny 'Original' alternativ for kanter farge i Preview, holder den opprinnelige kanten farge, kommer fra Partition for eksempel
• Kopier og flytte noder til nye eller eksisterende arbeidsområde
• Nye forhåndsvisning forhåndsinnstillinger
• Lokalisering er nå mulig, og skifte språk fra Gephi
• Når parallelle kanter blir funnet under import, det nå øker vekten av kanten som standard
• Option i Ego Filter for å inkludere foreldrenoden eller ikke
• Meta-kanter har nå en egen skala slider i visualiseringsinnstillingene, endre hvor tykk de er i forhold til normale kantene
• Ranking og Partition listen over attributter er nå sortert
• Plasseringer nå oppdaterer seg selv med filtrert grafer. Ved å klikke på Apply vil oppdatere grensene og transformasjon (farge, størrelse) er riktig
• Det er nå mulig å dra en filter sub spørring for å bli en hovedspørring
• Med dynamiske egenskaper, vil Ranking, Partition, visualisering og Filters bruke gjeldende Tidslinje utvalg for å finne verdier
• Edge vekt kan være dynamisk, type DYNAMIC_FLOAT. Force Atlas layout vil bruke gjeldende Tidslinje utvalg
• Filters oppdateres når grafen er endret, er den nåværende filter reexecuted
• Lokalisering er nå mulig, fransk og spansk vil være tilgjengelig snart
• Bugfikses:
• Feil kanten fjernet fra Edge Vekt filter (bug 603469)
• Filtrering med konvekse skrog som vises (bug 541819)
• NullPointerException ved filtrering urettet grafer (bug 571153)
• NullPointerException på å importere dynamisk graf (bug 581872)
• gtk + slider problem (bug 529913)
• Meta-kantene ikke vises (bug 584283)
• Forhåndsvisning ikke viser meta-kanter (bug 584289)
• Feil med Yifan Hu Multilevel Layout på en filtrert graf (bug 594643)
• Node Størrelse Mode og Filter paramaters ikke lagrer i prosjektet (bug 596430)
• Memory Leak i GEXF / GraphML parser (bug 596872)
• Feil gjensidig kanten vekt på Preview (bug 610469)
• Progress vises ikke når du åpner / sparer prosjektet (bug 594644)
• Kan ikke avbryte et prosjekt åpning (bug 616415)
• Treghet på å plukke en partisjon oppføring (bug 519549)
• EdgeList Database Configuration ikke er lagret (bug 571263)
• 'start' og 'end' attributter mangler ved eksport av dynamisk GEXF (bug 521848)
• Partition & quot; All Blacks & quot; funksjonen randomiserer farger (bug 601066)
• Filtrert grafen ikke eksporteres med & quot; Velg & quot; trykket (bug 573685)
• Skillevegger Innstillinger i Filter ikke lagret på koblings arbeidsområder (bug 616052)
• Åpne Archived ZIP-filer er brutt (bug 578876)
• Unntak på å klikke på "hierarki" mens du kjører multilevel layout (bug 631663)
• GraphML importør ikke importerer ikke node inneholder data (bug 581629)
• Kan ikke lagre / lagrer som når du åpner en Gephi av dobbeltklikker en graf i Windows (bug 583397)
• ForceAtlas og Fruchterman Reingold ikke layouting med meta-kanter (bug 584286)
• Memory Leak i Graph Avstand (bug 587450)
• NullPointerException under utføring av & quot; egenvektorsentralitetsindeks & quot; Statistikk (bug 589731)
• NullPointerException når du bytter mellom arbeidsområder mens en layout er i gang (bug 597458)
• Kan ikke dra et filter sub-spørring for å bli root spørring (bug 626495)
• Ranking parametere re-initialisert ved hver ny rangering (bug 594231)
• Ranking ikke uthvilt når grafen filtrert (bug 632459)
• Node usynlig (for liten) når laget med node blyant (bug 574807)
• Feil ved åpning Plugin Center (bug 616829)
• Kan ikke velge Postgresql driver i databasen importinnstillinger (bug 595223)
• Kan ikke vise kanten vekt som tekst (bug 603134)
• Import forvandle til urettet ikke flette vekt (bug 603478)
• Høyreklikk på arbeidsområdet etter å ha slettet en node kaster & quot; node kan ikke være null & quot; (Bug 605947)
• In / Out grad metrisk ikke fungerer med urettet grafer (bug 606305)
• NullPointerException når du velger & quot; - Velg Layout & quot; i Layout ComboBox (bug 606964)
• Arbeidsområde Selection unnlatt å oppdatere etter stengetid arbeidsområdet (bug 616814)
• Visualisering fargevalg inversjon mellom 'out' og 'begge' farge (bug 618726)
• 'Format' ikke gjenkjent på DL import (bug 619069)
• Rediger-vinduet ikke skjult på faner (bug 552494)
• dynamisk graf ukjent om evige noder (bug 555637)
• FileNotFoundException under lagring av PDF-fil (bug 572876)
• & quot; Node må være i grafen & quot; feil ved import av en hierarkisk graf med høyde større enn 1 (bug 577180)
• Auto-skala knipser grafen (bug 577843)
• Umulig å avbryte Gjennomsnittlig Banelengde Statistisk beregning (bug 590226)
• Forhåndsvisning forholdet ikke på første gang (bug 594176)
• Standard utvalg av noder i Data Laboratory nødvendig (bug 594515)
• & quot; CommandLineParsing null & quot; melding når feil på åpnings filen fra kommandolinjen eller skrivebordet (bug 594630)
• Kan ikke importere den samme filen to ganger i velkomstvinduet (bug 598157)
• csv fil eksport problem (bug 598767)
• Kan ikke lukke prosjektet ved generering av en graf (bug 631341)
• Visualisering størrelsesbegrensning (bug 602470)
• Duplikatetikett i filtervinduet (bug 604003)
• Skillevegger ikke oppdatere når du åpner prosjektet ikke fra Oversikt (bug 612902)
• z-koordinat ikke eksportert i GraphML (bug 614606)
• Feil nodeposisjoner når du setter X eller Y til null (bug 615844)
• Valgte filter spør ikke skikkelig uthvilt i UI (bug 626483)
• Eksporter til pdf bakgrunnen er alltid hvit (bug 583386)
• SVG-filer som ikke er nevnt i dialogboksen Export (bug 626394)
• Feil node størrelse når Ranking har samme min og max størrelse (bug 631689)
• Les stillinger fra dot-filer (bug 594793)
• Plasseringer og Partition parametrene over er ikke bestilt (bug 594520)
• Node Degree ikke in Label Tekstinnstillinger (bug 598170)
• Feil mappen valgt i Export Panel når du endrer filtypen (bug 620337)
• generere en graf på et tidligere lastet urettet graf (bug 624671)
• Feil hjerneslag vekt når SVG importert i Illustrator (bug 626378)
• Filtrering ikke uthvilt når sub-spørringer angi eller fjernet (bug 594511)
• Feil på PDF-eksport når etikettene har skriftstørrelse null (bug 626865)
• Tekst vises ikke i Preview (bug 627567)
• Edges opprinnelige farge vises ikke i Preview (bug 586237)
• Edge vekt skala er forskjellig mellom graf og Preview (bug 569329)
• Negative kantene ikke ytet i Preview (bug 628223)
• Edges vekt ikke fusjonert med parallelle kanter (bug 648600)
• Partition filter filtrerer nullverdi automatisk (bug 648600)
• Unntak på åpningsprosjektfilen (bug 648617)
• Ego Filter inkluderer ikke noden selv (bug 649908)
• PDF Export bare med standard skrift (bug 651273)
• Nodes ikke umarkert etter å ha slått Selection på Filter Panel (bug 649920)
• API:
• Legg til en Flatten () metode for å HierarchicalGraph å flate hierarkiske grafen og forvandle meta kantene til vanlige kanter.
• Legg ødelegge (Filter filter) i FilterBuilder å motta varsling når et filter spørring er fjernet og opprydding.
• Legg MetaEdgeBuilder i Graph SPI å tillate tilpassede utbyggere. Legg GraphSettings.setMetaEdgeBuilder () i grafen modell innstillinger.
• Endre StatisticsModel å lagre rapporter direkte i stedet for statistikk eksempel. Som en konsekvens, har modellen nå en getReport () og en getResult () metode som UI kan bruke. Som kjører i øyeblikket statistikk kan nå være å få med en ny getRunning () -metoden.
• Forenkle og forbedre attributt hendelser ledelse. Hendelsen lyttere nå abonnere direkte fra AttributeModel stedet for AttributeTable og vil motta arrangementer for alle tabeller. Refactoring av AttributeEvent klasse med AttributeTable som kilde og en ny AttributeEventData objekt som data. En ny SET_VALUE har blitt gjennomført for å få hendelser når attributtverdier er angitt.
• Endringer i AttributeRowFactory tar newNodeRow () -metoden nå eier objektet NodeData som en parameter. Tilsvarende for newEdgeRow () og newRowForTable ().
• Legg getEdge (Node, Node) i GraphAPI konsekvenshensyn.
• Endringer i Processor SPI. Prosessoren har nå setters i stedet for en prosess () metode med parametere. Hvordan prosessorer er laget forblir den samme. Opprettelse av en ProcessorUI grensesnitt for prosessorer innstillinger konfigurasjon. En ProcessorUI implementering gir et panel, som vises når importen rapporten avsluttes. Den ProcessorUI tillater også å deaktivere en prosessor med noen betingelser.
• Legg getColor () i NodeDraft og EdgeDraft.
• Definer & quot; Oversikt, & quot; data Laboratory & quot; og & quot; Preview & quot; som perspektiver. Opprett en ny SPI for perspecives og perspektiv medlemmer. Medlemmene er rett og slett den TopComponent som tilhører et perspektiv. Plugins kan implementere PerspectiveMember å definere åpne og lukke atferd.
• Legg til liste / array-typer i attributter API. Alle innfødte typer har nå et beslektet listetype, bortsett dynamiske typer. De listetyper arver fra AbstractList.
• endringer i måten Import API avtaler med tidsintervaller og dynamiske data. Støtte for dynamiske egenskaper har blitt lagt med en ny addAttributeValue () i NodeDraft og EdgeDraft. For å bedre data opprydding muligheter, NodeDraftGetter og EdgeDraftgetter returnerer nå et AttributeRow i stedet for en liste over attributtverdier bare. Endelig å tjene på siste forbedringene, utkast elementer returnerer direkte et tidsintervall type i stedet for en liste over skiver. Metoder med "Slice" har blitt omdøpt til "Intervall" konsekvenshensyn.
• Legg dynamiske typer i attributter API. Dynamiske typer lagre verdier med et tidsintervall og spørring kan tilpasses med estimatorer. Alle dynamiske typer arver fra DynamicType
• Graph API event management forbedringer. Den GraphEvent har nå nøyaktige hendelser, inkludert ADD_NODES, REMOVE_NODES, ADD_EDGES, REMOVE_EDGES og VISIBLE_VIEW. En ny GraphEventData grensesnittet har blitt opprettet for å hente elementer knyttet til hendelsene.
• Eksporter API refactoring, inspirert fra ImportAPI. Opprett en ExporterBuilder grensesnitt for eksportør etablering og ulike eksportører: GraphExporter, VectorExporter, ByteExporter og CharacterExporter som dekker vanlige tilfeller. Måten eksportører skrive data har blitt rasjonalisert ved hjelp av enten java.io.Writer (tekst) eller java.io.OutputStream (byte). Den ExportController har blitt forbedret for å støtte alle bruker-trekk, inkludert fil, forfatter og stream eksport.
• Legg Stuss støtte til ImportAPI og SPI. Som DatabaseImporter er SpigotImporter grensesnittet en ny type importører. Modifikasjoner har også gjøres til ImportController å støtte stuss import.
• Refactoring og forbedringer i Import API og SPI. Den refactoring Målet er å løse singleton problemet med importører og la brukerne implementere utbyggere grensesnitt som skaper importører eksempel. Derfor en ImporterBuilder grensesnittet har blitt opprettet og skal være registrert medServiceProvider merknader. De ulike importører typer har blitt forenklet og la flere valgmuligheter til de implementeringer om hvordan inngangs forvaltes. XML og tekstfil importører har blitt slått sammen i en FileImporter grensesnitt, som arbeider med java.io.Reader. Utility statiske metoder, for eksempel få dokument fra Reader kan nå bli funnet i en ny ImportUtils klasse. Den ImportController har blitt forenklet for File import og nå godtar java.io.Reader også. Den viktigste forbedringen på disse modulene i støtte fra UI komponenter for importørene. Målet er å la importører definere en ImporterUI gjennomføring for å administrere innstillingene for disse importørene.
• Forbedringer i GraphAPI identifikatorer ledelse. Systemet er nå lagring String identifikatorer som kommer fra brukerne. Nye kundeskaffere og settere metoder har blitt opprettet i Graf: Graph.setId (Node, String), Graph.setId (Edge, String), Graph.getNode (String), Graph.getEdge (String). De NodeData.setId () og EdgeData.setId () metoder har blitt fjernet, kan kompatibilitet ikke holdes. Fabrikken har også endres for å tillate å lage elementer med String ID direkte, så det er ikke mulig lenger å gjøre det fra NodeData.
• Endringer i AttributesAPI med event management. Oppslagssystem i AttributeTable har blitt erstattet av en mer tradisjonell event management system, med nye AttributeEvent og AttributeListener grensesnitt. Utsendelse gjennomføringen er også nå på en egen tråd.
• Endringer i Importer moduler til separate kjerne og brukergrensesnitt. Den ImportController nå gjør import oppgaven bare og en ny ImportControllerUI viser brukergrensesnittet (Rapport Panel). Den ImportControllerUI grensesnittet ligger i DesktopProject modulen og bør være brukervennlig ordentlig importere filen fra Plugins. De ImportController metoder kan brukes fra verktøysettet.

Hva er nytt i versjon 0.7 Alpha 4:

• Den alpha4 utgivelsen har nettopp blitt lansert, og kommer med et sett med nye funksjoner og mange bufixes. Den neste utgivelsen bør være beta og kommer med mer stabilitet og et fast sett av funksjoner.

Hva er nytt i versjon 0.7 Alpha 3:

• Mer enn 25 bugs har blitt fikset i denne versjonen , lagt til og noen små funksjoner. Den versjonen legger også & quot; Gephi tredje Party & quot; plugin kilde i Plugins sentrum. Katalogen er i dag leses fra både offisielle og 3. parts kilder. To nye moduler har blitt lagt til.

Hva er nytt i versjon 0.7 Alpha 2:

• Nye funksjoner:
• Bedre kanten vekt support. Vekt er ikke endret lenger av & quot; Auto-skala & quot; opsjon på Importer.
• Bedre noder / kanter telling. Teller bare synlige noder.
• Bedre statistikk / Metrics innstillinger paneler. Legg beskrivelse og dokumentasjon om beregninger og deres innstillinger.
• Prosjekt lagre / last er korrigert. Legg merke til at kompatibilitet med 0.7alpha1 er brutt.
• Fix Autoupdate mekanisme. Videre oppdateringer vil være tilgjengelig gjennom innebygde oppdateringsprogrammet.
• Bugfikses:
• Application fryse ved import av fil på Linux (bug 519423)
• Layout Vindu kan ikke gjenopprettes når er frakoblet (bug 519424)
• Anner ikke synlig på Mac OS X og Linux (bug 522403)
• Forhåndsvisning ikke skjul filtrerte elementer (bug 522402)
• Prosjekt belastning / lagre grensesnitt svikter (bug 522889)
• tom node etiketten forårsaker feil feilmelding under import & quot; ukjent node id & quot; (Bug 519254)
• I GDF eksport, fjerne en kolonne fjerner ikke komma (bug 519810)
• I GDF eksport, er Id-feltet dårlig rømt (bug 519820)
• data kanten filtrering dårlig oppførsel (bug 522771)
• Context data fungerer ikke på urettet graf (bug 522886)
• Dynamic filter viser 0 node (bug 523128)
• alternativer tag fungerer bare for ett brev verdier (bug 519252)
• Favoritter, Egenskaper og Output-menyen vises i Window og kan ikke lukkes. (Bug 521400)
• forbedrede forestillinger når du justerer området med musa (bug 521939)
• fikset bug når du arbeider med dynamiske datatyper andre som dato (bug 521544)
• fikset bug med den visuelle repartisjonere av eksamener (bug 521941)
• Brukervennlighet:
• Node og Edge veksleknappen i VizBar har samme tooltip tekst
• Rapporter Panel (Import) er vertikalt utvidbar
• Oppdatert Moduler:
• DesktopContext
• DesktopBranding
• DesktopHierarchy
• DesktopPartition
• DesktopRanking
• DesktopTools
• VisualizationModule
• DesktopImport
• DesktopLayout
• ProcessorPlugin
• DHNSGraph
• DesktopTimeline
• TimelineAPI
• TimelinePluginUI
• ExportPlugin
• ImportPlugin
• StatisticsPluginUI
• GraphAPI
• ExportPluginUI
• PreviewImpl
• DesktopPreview
• FiltersPlugin
• ImportAPI
• DesktopFilters
• ProjectAPI

Hva er nytt i versjon 0.7 Alpha:

• Den Gephi 0.7 alpha-versjonen har blitt lansert, og er tilgjengelig for testing formål. Som 0.7 er en komplett omskriving, vil den trenge alfa- og betaversjoner til frøs funksjoner og fikse alle bugs.
• Alle gjenværende 0,6 bugs vil bli slettet nå.
• Et ekstra notat om kildekoden: Du må oppdatere NetBeans 6.8 med gjeldende moduler oppdateringer for å være kompatibel med dagens repositiory
.

Hva er nytt i versjon 0.6 Beta 3:

• Bugs relatert til 0,6 serie er blitt renset. Vi ble omorganisere for å gjøre det klart for 0,7 utvikling.
• Faktum er, 0.7 er helt nytt i forhold til 0,6, slik at feilene ikke er knyttet og 0,6 utviklingen er stoppet.
• Derfor det eneste å gjøre er å vente på 0.7 alpha kommer.
• Unødvendig å si bugs rapporter fortsatt eksisterer, og vi tar stor forsiktighet for ikke å gjenta samme feil for 0,7.

Krav

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment
• OpenGL