Malign

De mange justerings rutiner er implementert i sverte er nære paralleller til de som brukes for å søke etter minimum lengde cladograms. Logikken og programkommandoer vil være klart for de som er kjent med programmer som Hennig86, NONA, og PAUP. Justering topologier er bygget via ulike sekvenser og forbedret gjennom filial bytte. Hver justerings topologi gir en multippel justering og cladograms er konstruert fra at justering. Kostnaden for det mulige antall cladogram blir så tildelt som flersekvens kostnadene.