PANAMA

PANAMA er en roman probabilistisk modell å gjøre rede for konfunderende faktorer i eQTL studier, skrevet i Python.
Skjulte konfunderende faktorer, som uobserverte kovariater eller ukjente subtile miljømessige forstyrrelser kan skape falske falske foreninger eller maskere reelle genetiske foreningen signaler. I motsetning til tidligere metoder, lærer PANAMA skjulte faktorer sammen med effekten av fremtredende genetiske regulatorer. Som et resultat, kan denne nye modellen mer nøyaktig skille sanne genetisk assosiasjon signaler fra forvirrende variasjon.
N. Fusi, O. Stegle og ND Lawrence, "Joint modellering av konfunderende faktorer og fremtredende genetiske regulatorer gir økt nøyaktighet i genetiske genomikk studier", PLoS Computational Biology 2012
Flere opplysninger på http://ml.sheffield.ac.uk/qtl/panama.html

Requirements:

• Python