PathVisio

PathVisio er en åpen kildekode og helt gratis grafisk applikasjon implementert i Java programmeringsspråk og designet fra bunnen av for å bli brukt til å vise, analysere og redigering av biologiske mekanismer under en GNU / Linux operativsystem system.Can brukes til å trekke trasé , link biologisk entitiesThe programvaren lar brukerne å tegne stier, link biologiske enheter (proteiner eller gener) til biologiske data, ved hjelp av database identifikatorer, redigere veier, samt å analysere trasé. Med PathVisio vil du også være i stand til å kartlegge eksperimentelle data, for eksempel microarray data, og visualisere den på toppen av den eksisterende veien tegning.
I tillegg vil du kunne velge et gen database, velg en metabolsk database, se statistikk, import uttrykk data, velger uttrykk datasett, søke trasé, utsikt legende, manipulere objekter, importere prosjekter, samt å installere og administrere plugins, som kan legge til ekstra funksjonalitet til app.Requires ingen installationThe søknad kan brukes uten å installere det på din GNU / Linux operativsystem. Alt du trenger å gjøre er å laste ned den binære pakken fra Softoware, lagre arkivet på en plassering av ditt valg, trekke ut det ved hjelp av en arkiv manager verktøyet, åpne den utpakkede mappen, og dobbeltklikk på pathvisio.jar file.Under den hoodWhile ta en rask titt under panseret på den PathVisio programvare, vi & rsquo har lagt merke til at programmet er skrevet i Java programmeringsspråk, og at dens grafiske brukergrensesnittet er utformet med de nyeste Java Swing teknologier. Vi & rsquo; ve testet programmet på datamaskiner som støtter en av de 32 eller 64-bits CPU architectures.Runs på alle OS hvor Java er supportedBeing skrevet i programmeringsspråket Java, kan PathVisio bli erklært en plattformuavhengig program som støtter GNU / Linux , Microsoft Windows, Mac OS X, BSD, Solaris, og noe annet operativsystem hvor de nyeste Java-teknologier støttes

Hva er nytt i denne utgaven:.

• 31 januar 2014: Bug fix-utgivelse
• GeneOntology vilkårene er nå fjernet fra søkeresultater for kommentarer
• DataNodes må annotert med ID og Datasource eller ingenting (sparer data noder med bare ID eller datakilden ikke er lov lenger)

Hva er nytt i versjon 3.1.2:

• Major bug i fil import modulen fast: http: //developers.pathvisio.org/ticket/1697

Hva er nytt i versjon 2.0.11:

• Automatisk lagring
• Zoom hjelp rullehjul
• Valg av linjene er enklere: ikke lenger nødvendig å klikke på eksakt piksel
• Nå med to metoder for overrepresentasjon analyse; én sti-orientert og ett data-orientert

Hva er nytt i versjon 2.0.10:

• Ny måte å tegning avrundede rektangler for å unngå å strekke effekt
• En rekke små feilrettinger

Hva er nytt i versjon 2.0.9:

• Ny kontakttype for tilkobling av vilkårlig lengde og vilkårlig vinkler
• Ny & quot; mobilnettet komponent & quot; eiendom for lagring av biologiske betydningen av en kupé
• Ny & quot; dobbel & quot; linjetype (spesielt nyttig for dobbel-membraned organeller)
• Klikkhyperkoblinger i trasé
• se milepæl: & quot; milestone_27 & quot; for en komplett liste over bug-fikser

Hva er nytt i versjon 2.0.8:

• Bedre former for cellulære komponenter
• Et par forbedringer i brukervennligheten som kopier / lim inn i hurtigmenyen
• se milepæl: & quot; milestone_26 & quot; for en komplett liste over bug-fikser

Hva er nytt i versjon 2.0.7:

• verktøylinjeikoner og nye sidepanelet for å gjøre det lettere å velge pilen typer og fasonger (takk liubing)
• Pathway databaser inngår som datakilde, slik at du kan legge til linker fra en vei til en annen
• BioPAX converter er forbedret og gir mer gyldige BioPAX dokumenter.
• ny kontakttype hvor enkelte punkter kan manipuleres (takk leonth)
• Antall datakilder er økt til over 180
• se milepæl: & quot; milestone_25 & quot; for en komplett liste over bug-fikser

Hva er nytt i versjon 2.0.6:

• Antall anker på en form kan økes fra standard 12.
• En legende av data visualisering kan nå bli vist på veien bildet selv. Tidligere var det bare synlig i et sidepanel.
• se milepæl: & quot; milestone_24 & quot; for en komplett liste over bug-fikser

Hva er nytt i versjon 2.0.4:

• bedre tekstformatering av former, etiketter og datanodes
• mange flere former for datanodes
• enkel pikselkoordinater
• sette bakgrunnsfarge på datanodes

Hva er nytt i versjon 2.0.3:

• Mest kjent i denne utgaven er den nye XML Schema for GPML pathway format (versjon 2010a). Denne nye veien format vil gjøre mange nye grafiske muligheter i fremtiden, kan du se frem til noen av de som vises i neste versjon.
• Andre nye funksjoner:
• Usynlige ankere er virkelig usynlig, i hvert fall når noe er koblet til dem (Takk til Margot)
• Extra-v kommandolinje alternativet (takk til Mark)
• Valgt database vises riktig i statuslinjen på nytt
• Mange nye skjøtepunkter for plugin utviklere
• se milepæl: & quot; milestone_21 & quot; for en komplett liste over bug-fikser

Hva er nytt i versjon 2.0.1:

• Forbedret algoritme for automatisk kontakter som peker til et anker .
• Forbedret tegning av pil typer som har en kort & quot; gap & quot; på slutten.
• Fordi Thawte freemail tjenesten har blitt kansellert, vi oppdatert vår Security Certificate
• The Pathway History Viewer hadde en bug der hver linje ble ansett endret, selv om det ikke var. Dette har blitt fikset.

Krav :

• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment