SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter er et grafisk Python verktøy for å interaktivt segment bildestakker av celler i vev med kantmerker & nbsp (aka hvite skisserer.);. Interaksjonene er helt basert på redigering av frø, som igjen er utvidet med et vannskille algoritme. Den store forskjellen mellom SWS og andre verktøy er at du kan plassere mer enn ett frø per celle som kan hjelpe deg å justere grensene for vanskelige celler.
SWS er ​​bygget på toppen av wxPython, matplotlib, numpy, scipy, og mahotas.
I kjernen, bruker den en lynrask vannskille algoritme (takket være mahotas prosjekt) og lar real-time oppdateringer. Den har en enkel (hvis rotete) UI og er fullstendig interaktive, selv inkludert en-level angre.
Publikasjonen om SWS som gir alle disse detaljene og mer i Cytometry Del A:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
Kildekode speiles til fire repositories og til PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- Bitbucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
The Google Code side har også noen binære utgivelser (http://code.google.com/p/seedwater/) som skal fungere på 32-bits Windows eller 64-bits Linux, men disse er nå gammel. Vennligst bruk "easy_install" metoden nå.
For flere detaljer, se Python instruksjonene for installering 20XX.txt Du kan også være lurt å lese bruksanvisningen: SeedWater Segmenter V xx Manual.txt
installere og kjøre
Installere er ENDELIG lett!
Faktisk kan du nå "easy_install SeedWaterSegmenter"
Enkle instruksjoner:
Windows / Mac:
& Nbsp; Installer Enthought Python Distribution http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
& Nbsp; sudo apt-get install python-setuptools python-wxtools python-numpy python-scipy python-matplotlib python-imaging python-xlrd python-xlwt
I et cmd vindu (må kjøre som administrator under Windows Vista / 7) eller Terminal (Mac / Linux), kjør:
& nbsp; easy_install mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Detaljerte instruksjoner:
Den nyeste versjonen heter:
"Python instruksjonene for installering 2012.txt August"
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python instruksjonene for installering 2012.txt august

Krav :

< li> Python