Den Spindel er en alternativ tilnærming for biologisk identifikasjon basert på lengden av ribosomalt RNA (rRNA) genområder. Generelt justeringer av primær rRNA gensekvenser fra forskjellige arter viser vekslende regioner av nucleotide bevaring og variasjon, både i form av nukleotidsubstitusjoner (ofte kalt "SNPs") og innsetting / sletting (Indel) hendelser. Nærværet av indels resulterer i sekvenser med ulik lengde og introduserer hull i innretting, vanligvis betegnet med en bindestrek "-".
Vårt konsept for biologisk identifikasjon bruker rRNA gensekvensene som følger: konserverte regioner er brukt til å definere variable segmenter («Spindel hypervariable regioner"), hvor en kombinasjon av sekvenslengder er karakteristisk for hver art (et «Spindel profil"). Således kan hver art defineres av en unik numerisk profil.
I teorien er en undersøkelse av kun 6 hypervariable områder med 20 alleler hver (eller 11 regioner med 5 alleler hver) nok til å diskriminere alle eukaryote arter på jorden, som er anslått til å være mellom 5 og 15 millioner i antall. I praksis er i stand til å diskriminere Spindel 93,3% av eukaryote arter med lav intraspesifikk variasjon og høy fylogenetisk oppløsning.
Kommentarer ikke funnet