Spillet foregår på den tropiske feriestedet Isle Delfino, som er formet som en delfin og består av ti viktigste steder. Øya er hovedsakelig bebodd av løpene Piantas og Nokis. Delfino Plaza er Isle Delfino hovedstad og spillets viktigste knutepunkt. Mario setter ut for Isle Delfino for en ferie med prinsesse Peach, hennes lang tid steward Toadsworth, og noen andre padder, håper på en avslappende ferie. Ved ankomst, finner de at den en gang så uberørte øya har blitt forurenset og pusset med graffiti. Som et resultat av dette forurensning, sol formede objekter kalt "Shine Sprites", øyas kilder til makt, har forsvunnet, og øya er dekket i en evig skygge. Den skyldige sett spre graffiti er forkledd som Mario (referert til som "Shadow Mario"). Mario er straks arrestert da han kommer, feilaktig anklaget for hærverk øya. Han blir stilt for retten, funnet skyldig og dømt til å rydde opp i graffiti og gjenopprette Shine Sprites. Å hjelpe til med rengjøring, finner Mario Fludd, en kraftig vannkanoner som er toted som en ryggsekk. Mario legger ut på et eventyr for å renvaske navnet sitt og finne den virkelige kriminelle, mens gjenopprette ro og orden til Isle Delfino.
Kommentarer ikke funnet