ZOOM Lite

ZOOM Lite er en neste-generasjons sekvense data kartlegging og visualisering programvare. Brukere innspill referanse genomer og Illumina / Solexa kort leser filer eller AB ensfarget plass leser filer i ulike formater, for eksempel * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta etc. ZOOM utganger kartleggings resultatene av disse kort leser på referansesekvensen. ZOOM Lite har en rask og nøyaktig kartlegging kjerne basert på en nyutviklet flere mellomrom frø teori. Både single-end og parvise end leser av ulike lengder fra 15bp til 240bp kan håndteres. Ethvert antall uoverensstemmelser og en innsetting / sletting av ulike lengder mellom lese- og dens målområdet på referansesekvensen er tillatt. Entydig kartlagt resultater eller best (øverste N) resultater for hver lese vil bli rapportert i henhold til de minimale uoverensstemmelser og Indel lengde. Kvalitet score brukes til å forbedre kartlegging nøyaktighet. Basert på kartleggingen kernel, tillater ZOOM Lite brukere å laste lokale leste data og referansesekvensen data, velger du riktig parametere, prosess høyt volum data i parallell mellom opptil fire prosessorer, overvåke oppgaver kjører, oppbevare kartleggingsresultater, se grafene til kartlegging resultater og utgang kartlegging resulterer i enten * .BED eller * .GFF filformater for videre kartlegging med UCSC leseren sporinformasjon. Kartlegging resultatene kan sees i enhver ønsket skala, fra lese dybde grafen over et helt kromosom til detaljert sekvenssammenstillinger mellom leser og referansesekvensen. Brukerne enkelt navigere til regioner av interesse bare via klikk og dra eller rulle. ZOOM Lite er et derivat av ZOOM Studio programvare

Hva er nytt i denne utgaven.

Versjon 1.5 inkluderer SAM eksportformat, arkitektur justere, bedre kode optimalisering, mindre Programmet binær størrelse, og oppgradert dabase engining for bedre ytelse.