Må ha Bioinformatikk For Linux
ProteinShop er et interaktivt verktøy for å manipulere proteinstrukturer. Den ble utviklet for å raskt skape et sett av protein konfigurasjoner ved hjelp av menneskelig kunnskap og intuisjon. Disse konfigurasjoner kan utsettes for lokal eller global...
pyNetConv er en Python bibliotek opprettet for å hjelpe konvertering av enkelte nettverk filformater.Siden versjon 0.6, er pyNetConv i stand til å lese / skrive (og konvertere fra / til) følgende...
Pysam er et Python-modul for å lese og manipulere Samfiles. & Nbsp; Det er en lett wrapper av samtools C-API.Hurtigstartveiledningen er her. Mer detaljert dokumentasjon er tilgjengelig her.Spørsmål og kommentarer er velkomne, og skal sendes til den pysam...
PySCeS er et prosjekt utviklet av Triple-J Group for Molecular Cell fysiologi. & Nbsp; for å prøve modell og forstå de komplekse prosesser og systemer som utgjør den levende cellen Egenskaper . En tekstbasert modell beskrivelsesspråk En...
reciprocal_smallest_distance er en parvis orthology algoritme som bruker global sekvens justering og maximum likelihood evolusjonær avstand mellom sekvenser til nøyaktig oppdager ortologer mellom genomer. Installere Fra en tarball Last ned og pakk den...
RFLP Planner er et verktøy som bidrar til å planlegge en RFLP eksperiment: Den finner restriksjonsenzymer som skjærer et sett av homologe DNA-sekvenser på forskjellige måter og simulerer den resulterende gel-elektroforese bilde. Programmet hjelper deg å...
Seal er et Python-modul som gir sekvens innretting på Hadoop.Seal er en av MapReduce søknad om biologisk sekvenssammenstillingen. Det kjører på Hadoop (http://hadoop.apache.org) gjennom Pydoop (http://pydoop.sourceforge.net), en Python MapReduce og HDFS...
seriesoftubes er en utvidet rørledning for Solexa ChIP-seq data.Pakke Dokumentasjon
Krav :
...
Bygg systemer som gjør blir ofte brukt til å lage komplisert arbeidsflyt, f.eks i bioinformatikk. & nbsp; snakemake mål å redusere kompleksiteten i å lage arbeidsflyter ved å gi en ren og moderne domenespesifikk spesifikasjon språk (DSL) i python stil,...
SSuMMo er et bibliotek med funksjoner laget rundt iterativt med hmmer å tildele sekvenser til taxa. & Nbsp; Resultatene er svært kommenterte trær som viser arter / slekten fordeling innenfor dette samfunnet.Programmer som er inkludert kildekoden...
