MacMolPlt er en kjemi visualiseringsverktøy som kan brukes til å bygge molekyler med en integrert grafisk modellbygger, lage innspill filer for GAMESS beregningskjemi program, og deretter visualisere resultatene av beregningsorientert kjemi går. Funksjoner inkluderer en høy kvalitet 3D-visning, animasjoner av normal modus og reaksjonssekvenser og utgang til en rekke formater, inkludert bilder av høy kvalitet og QuickTime og Flash-filmer.
- Input bruker:
- MolPlt filformat stanset ut av GAMESS
- ved å lime inn i kartesiske koordinater fra alle GAMESS eller Gaussian loggfil
- noen GAMESS innspill, logg eller irc fil
- Xmol stil XYZ fil
- Molden format filer
- Protein Databanken (PDB fil)
- Chemical Markup Language (KML) filer
- Bygg grafisk med en interaktiv molekyl redaktør
- Bygg for hånd med cartesian eller Z-Matrix stil interne koordinater
- 3D-visning av struktur og normal modus
- Animasjon av normal modus.
- 3D real-time rotasjon og oversettelse i henhold mus kontroll
- Beregning av noen Z-matrise parameter
- Visuelt tiltaket / display avstander, vinkler og dihedrals.
- Automatisert opprettelse av lineære minste bevegelse (LLM) stier
- 2D og 3D beregning og visning av:
- molekylorbitalene (AO menn, Mo, eller LMO menn)
- Total elektrontetthet
- Tetthet forskjeller
- Molecular Elektro Potentials (MEPMaps)
- Grunnleggende inndatafilen generator for GAMESS
- OpenGL brukes for høykvalitets 3D-rendering
- Støtte for symmetri
- Generer symmetri avhengige atomer
- Bestem symmetri unike atomer
- Automatisk bestemme listen over støttede punktgrupper for et sett med koordinater.
- Roter koordinatene i riktig prinsipp orientering
- Display symmetri operatører for mange punktgrupper
- Publisering kvalitet (farge eller sort og hvit) via direkte utskrift eller kopiere og lime inn i et annet program.
- Output i en rekke former, inkludert Windows bitmap, JPEG, PNG, KML, XMol XYZ, MDL molfile, POV-Ray, Flash filmer og QuickTime-filmer.
Hva er nytt i denne utgaven:
Flere forbedringer har blitt gjort til skjermkoden. Alternativer er lagt til 3D-ruten i prefernces for glatt skyggelegging med og uten skygger.
Lagt rudimentær støtte for Mopac filer.
Lagt til muligheten til å veksle synlighet av ab initio, MM, og EFP atomer.
Forbedret støtte for Modell Kjerne Potentials.
Lagt til en krok i inngangs byggherre for det nye GAMESSQ program.
Forbedret PDB filparser.
Kommentarer ikke funnet