DendroPy

Det gir klasser og funksjoner for å arbeide med fylogenetiske data som trær og karakter matriser.
Den støtter også lesing og skriving av data i en rekke standard fylogenetiske dataformater, for eksempel NEXUS, NeXML, Phylip, Newick, FASTA, etc ..
I tillegg er skript for å utføre noen nyttige fylogenetiske beregninger distribuert som en del av biblioteket, for eksempel SumTrees, som oppsummerer støtte for deler eller clades gitt av en posterior prøve av fylogenetiske trær.
Det er utvidet dokumentasjon og veilednings filer i nedlastingspakken

Hva er nytt i denne utgaven.

• Ny infrastruktur for metadata merknader. AnnotationSet og Stempler
• Full støtte til NeXML 0,9 metadata parsing og skriving.
• get_from_url () og read_from_url () metoder åpner for lesing av fylogenetiske data fra URL-er.
• Lagt GBIF interoperabilitet modul (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Hva er nytt i versjon 3.12.2:

• Ny infrastruktur for metadata merknader: AnnotationSet og Kommentar.
• Full støtte til NeXML 0,9 metadata parsing og skriving.
• get_from_url () og read_from_url () metoder åpner for lesing av fylogenetiske data fra URL-er.
• Lagt GBIF interoperabilitet modul (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Hva er nytt i versjon 3.11.0:

• Nytt program script for sammensetning av avdelings etiketter fra hele flere innspill trær. sumlabels.py
• New interoperabilitet klasse dendropy.interop.seqgen.SeqGen. wrapper for Seq-Gen integrert i biblioteket
• New interoperabilitet funksjon dendropy.interop.muscle.muscle_align (). wrapper for muskel justering
• New interoperabilitet klasse dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner. wrapper for RAxML
• prune_taxa () metoden lagt til CharacterMatrix.
• Math moduler flyttet til sin egen subpackage. dendropy.mathlib
• Ny modul for matrise og vektorberegninger. dendropy.mathlib.linearalg
• Ny modul for statistisk beregning av reiseavstand. dendropy.mathlib.distance
• Familie av Mahalanobis avstand beregningsfunksjoner i dendropy.mathlib.distance:. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobis, mahalanobis_1d

Hva er nytt i versjon 3.9.0:

• Nye funksjoner:
• Fylogenetiske uavhengige kontraster (PIC) analyse kan nå utføres ved hjelp av dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts klassen.
• Forenklet inneholdt coalescent (genet tre i artstreet) simulering.
• Endringer:
• Søkeord argumenter til as_string (), write_to_path (), write_to_file, etc. metoder har blitt forskjøvet til å bli mer konsekvent for NEXUS og Newick formater. Tidligere ordene er fortsatt støttes, men vil bli foreldet. Den nye sett med søkeord argumenter støttes kan ses i: ref: NEXUS og Newick skriver tilpasning & # X3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; avsnittet.
• NEXUS og Newick formater nå standard til store eller små bokstaver takson etiketter; spesifisere case_insensitive_taxon_labels = false for case-sensitivitet.
• feilrettinger:
• Lese innfelt karakter matriser ikke lenger resultater i følgende blokken blir hoppet over (NEXUS).
• Fanget OverflowError ved beregning sammendrag statistikk.

Hva er nytt i versjon 3.8.0:

• Tre objekter kan nå bli rerooted på midtpunktet (se Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Stempler (dvs. attributter av Tree, Node eller Edge gjenstander som har hatt & quot; merknader () & quot; kalte på dem) kan nå skrives som metadata kommentarer (& quot; [& felt = verdi] & quot;) når du skriver NEXUS / Newick format hvis søkeordargument annotations_as_comments brukes.
• Når lesing i NEXUS / Newick format trær, angi extract_comment_metadata = True vil resultere i metadata kommentarer blir trukket inn i ordboken, med nøkler være feltnavn og verdier blir feltverdier.
• Når du leser NEXUS formatere data, SETTER blokker vil bli behandlet, og tegnsett analyseres inn i relevant CharacterDataMatrix.
• Tegnsett (som for eksempel analyseres ut fra NEXUS settene blokker: se ovenfor) kan eksporteres som nye CharacterDataMatrix objekter, og bli frelst / manipulert / etc. independentally.
• Når du skriver i NEXUS eller Newick formater, kan det write_item_comments søkeord argument (Sant eller usant) kontrollere om utvidet kommentarer knyttet til noder på trær vil bli skrevet eller ikke.
• TopologyCounter klasse lagt til dendropy.treesum. åpner for sporing av topologi frekvenser
• treesplits.tree_from_splits () kan konstruere av (topologi-only) trær fra et sett med deler.
• De fleste funksjonalitet som pleide å være "dendropy.treemanip" har nå blitt migrert som innfødte metoder for dendropy.Tree klassen. 'Dendropy.treemanip' vil bli frarådet.
• Trær kan nå beskjæres basert på en liste over taxa etiketter for å fjerne eller beholde (tidligere, ville metodene bare godta lister over takson objekter).

Hva er nytt i versjon 3.7.1:

• Nye funksjoner:
• Gjennomføring av "Generelt Sampling Approach" (Hartman et al 2010:... Prøvetaking Trees fra Evolusjonære modeller; Syst Biol 49, 465-476). metode for å simulere trær fra fødsel-død-modell
• Endringer:
• Riktige / konsekvente navn for noen sannsynlighetsfunksjoner.
• feilrettinger:
• Bug i å bekrefte overskriving av output file når du bruker SumTrees '-e' / '- split-kanter'. alternativet
• Ancient og gråsprengt semi-fossile referanse til 'taxa_block' korrigert til "taxon_set '.

Hva er nytt i versjon 3.7.0.

• Migrert til BSD-style lisens

Hva er nytt i versjon 3.6.1:

• SumTrees nå fungerer (i seriemodus) under eldre Python versjoner (dvs. & # X3C; 2,6).
• Løser for kompatibilitet med Python 2.4.x.

Hva er nytt i versjon 3.5.0:

• Lagt ladderize () metoden, for å bestille noder i stigende (standard) eller synkende (ladderize (høyre = True)) rekkefølge.
• Lagd & quot; dyret-summary-tree & quot; skjema spesifikasjon for å behandle BEAST kommenterte konsensus trær.
• Lagt ny modul for å kommunisere med NCBI databaser. dendropy.interop.ncbi

Hva er nytt i versjon 3.4:..

• Medfølgende ez_setup.py oppdatert til nyeste versjon

Krav

• Python 2,4 til 3,0