FlexS spår konformasjon og orienteringen av en av ligandene i forhold til den andre. I FlexS referanse-ligand er antatt å være stiv, og dermed bør det bli gitt i en konformasjon som ligner den bundne tilstand. Superposisjon algoritmen i FlexS krever bare litt manuell inngripen. Du kan integrere denne kunnskapen i beregningene med FlexS ved å gjennomføre enkle trinn manuelt. Således er FlexS utformet for interaktiv arbeid på ligandpar samt for ligand basert virtuell screening. De to viktigste anvendelser av FlexS er ligand super posisjonering (f.eks. For CoMFA / QSAR) og virtuelle screening. Hvis man har et protein og et lite molekyl som binder seg til disse (såkalte referanse-ligand), men ingen struktur av proteinet, kan man ta referansestrukturen som en negativ fingeravtrykk av det aktive sete. FlexS bestemmer likheten mellom testen og referansen strukturen ved å justere dem. I virtuelle screening, har du en referanse-ligand og et sett av forbindelser og du er interessert i å prioritere de forbindelser for eksperimentell testing.
Kommentarer ikke funnet