Bibliosphere Analysis Kit

BiblioSphere tilbyr en unik kombinasjon av litteratur-mining og sti analyse for molekylærbiologer interessert i genregulering og biologiske nettverk.
 BiblioSphere Pathway Edition bruker en omfattende database med individuelt modellerte sammenhenger mellom gener, proteiner, komplekser, celler og vev sammen med up-to-date tekst mining teknikker for automatisert kunnskap utvinning å tillate deg å koble dataene til biologiske nettverk i ulike biologiske sammenhenger.
 Bruk BiblioSphere til

• utvide biologiske nettverk utover kanonisk informasjon pathway (lover og metabolsk)
• flette dine høye gjennomløpsresultater med biologisk kunnskap og sekvensbaserte analyser
• utføre kontekst sensitive regulatoriske pathway analyse
• genererer eksperimentet spesifikke varianter pathway
• Link veier til sykdomsmekanismer og gener
• gjøre avansert eksperimentell design

Hva er nytt i denne utgaven:

Ny og forbedret datakilder

• Genomatix Expert Kuratert Gene-Gene relasjoner:
   Genomatix har integrert sin proprietære kunnskaps base av dyktige kuratert data på genregulering i BiblioSphere. Denne unike datakilde legger semantikk av gen-gen-relasjoner til de dynamisk genererte BiblioSphere genet nettverk, gi informasjon som "Gene A aktiverer transkripsjon av genet B" eller "Gene En fysisk samhandler med gen B".
  
• signaltransduksjonsveiene:
   Deler av Gene ontologi relevant for signaltransduksjon samt data innsamlet fra litteraturen har blitt kombinert for å muliggjøre identifisering av kanoniske trasé knyttet til fokusert nettverk.
  
• metabolismen Associations:
   Metabolismevei foreninger har blitt integrert til å tillate identifisering av metabolske hendelser som er relevante for din sett av gener.
  

• Pathway Vis med ekspert kuratert gen-gen relasjoner
   Gene grupper er samlet i lett forståelige dynamiske nettverk grafer som kombinerer hånd kuratert gen-gen-relasjoner med dataene fra automatisert kunnskap utvinning. Nettverk kan tilpasses av filtre og fokusert i et gen sentrert måte å utføre korteste veien analyse.
  
• Cellular Lokalisering Vis
   Basert på GO Merknader gener er tildelt sin subcellulære plassering og visualisert som et diagrammed celle layout, slik at du kan identifisere subcellulære regioner og avdelinger relevant for din genet sett.
  

• Prosjektledelse: Behandle analyser ved å organisere dem i prosjektmapper. Rask tilgang til tidligere resultater med et par museklikk eller legge til nye søk til eksisterende prosjekter.
  

• En rekke små forbedringer og feilrettinger

Krav :

• Mac OS X 10.2 eller nyere
• Java 1.4.1 (oppdatering 1 anbefales)
• tilkobling til Internett
• en Genomatix evaluering konto (gratis)