Arabidopsis Motif Scanner (AMS) er et Windows-program som kjører på lokale datamaskiner. Det ble utviklet for å bygge genet nettverk ved å identifisere posisjonene til cis-regulatoriske elementer i modellen planten Arabidopsis thaliana og ved å tilby et enkelt grensesnitt for å vurdere og evaluere genet relasjoner. Dens store nyskapende funksjon er å kombinere cis-regulatoriske element stillinger, NGS og DNA-Chip Arrays uttrykk data, Arabidopsis merknader og samhandlingen mellom gener for identifikasjon av genet nettverk regulert av transkripsjonsfaktorer. I studier med fokus på transkripsjonsfaktorer funksjon, bruker programvaren uttrykket data og bindende nettstedet motiver i regulative genområder å forutsi direkte målgener. I tillegg bruker AMS DNA-protein og proteinprotein interaksjonsdata for å lette identifiseringen av de metabolske pathways regulert av transkripsjonsfaktor av interesse.
Kommentarer ikke funnet