CLC Main Workbench

Dette 4-ukers fullt funksjonell demo av CLC Kombinert Workbench samler alle DNA sekvens analyse av CLC Gene Workbench og alle proteinsekvens analyser av CLC Protein Workbench. Alle analyser er fullt integrert i en enkelt, brukervennlig og intuitiv programvare

Hva er nytt i denne utgaven.

Forbedringer

• Oppdatert restriksjonsenzym liste fra REBASE. & nbsp;

• Fikset et problem med å kjøre BLAST på MacOS Sierra
• Oppdatert PFAM lenker. & nbsp; rapportert av Pfam Domain Search verktøy
• Fikset et problem introdusert i. & nbsp; CLC Hoved Workbench 7.7.2 hvor enzymer oppført alfabetisk etter RdeGBI manglet metylering informasjon
• Diverse mindre feilrettinger

Hva er nytt i versjon 7.7.2:

Arbeidsflyt

• Arbeidsflyt utganger kan nå konfigureres slik at undermapper for å inneholde utgangene er opprettet.
• Nye plassholdere er tilgjengelige når du definerer navnene på arbeidsflyt utganger: {user}, {verts}, og for elementer av tidsstempelet for produksjonen objekt, {år}, {måned} {dag} {time} {minute}, {andre}.
• Plassholdere innenfor arbeidsflyt utgangs navnene som var tidligere bare tilgjengelig som sifre kan nå spesifiseres ved hjelp av skriftlige navn: {name} er et synonym for {1} og {innspill} er en synonymer for {2}
.
• 
  

  Ved bruk av {2} plassholder for egendefinerte navne i arbeidsflyten utgående elementer, bare ulåste innganger vil bli inkludert i den genererte navn.

  
  
• 
  

  I den genererte pdf som viser alle konfigurerte parametere for en arbeidsflyt, oppføringer for parametere som er koblet til et verktøy eller en inngang element nå liste navnene på de avgjørende elementer. Tidligere parameter oppføringer for slike elementer ble tomt.

  
  
• 
  

  Hvor et verktøy navn har blitt endret i en arbeidsflyt, er det opprinnelige navnet nå inkludert sammen med endrede navnet ved eksport arbeidsflyt parametere.

• 
  

  Historie visning av dataelementer laget ved hjelp av en arbeidsflyt inkluderer nå informasjon om arbeidsflyt som skapte dem.

  
  
• Rekkefølgen av verktøyene i arbeidsflyten "Legg Element" -menyen nå matcher orden i Workbench Toolbox menyen.
• Forbedret arbeidsflyt validering for å hjelpe brukeren i å identifisere innganger som vil bli ignorert på grunn av konfigurasjonen av arbeidsflyt elementer.

& nbsp;

& nbsp;

• Quick Launch verktøyet er nå funnet under Toolbox menyen i stedet for Vis-menyen og en knapp som heter Launch som bringer opp dette verktøyet er lagt til verktøylinjen.

• analyser kan nå bli lansert på dataelementene som er oppført i resultattabellen av et lokalt søk ved å velge elementer av interesse, høyreklikke med musen og navigere gjennom kontekstmenyen som vises.

  
  

& nbsp;

& nbsp;

• & nbsp; & nbsp;. "Remove Association (s)" alternativet for å fjerne metadata foreninger fra utvalgte dataelementer er lagt synd metadata Elements visning i et høyreklikk menyen

• I Metadata Finn Associated data se det er nå også mulig å bruke Finn i navigeringsområdet når flere rader er valgt.

  
  
• Når du importerer metadata fra et regneark med formler i det, resultatet av evalueringen av formelen (som vist i Excel) er nå importert snarere enn selve formelen.

& nbsp;

• All NCBI server kommunikasjon er nå kryptert. (NCBI skal flytte alle webtjenester til HTTPS protokollen på 30 september 2016). & Nbsp;

  
  

• Listen av enzymer pre-installert i arbeidsbenken. & Nbsp; har blitt oppdatert fra REBASE

  
  

• Alternativet "er ikke på listen" er innført som et nytt bord filtreringsalternativ.

  
  

• Les gruppeinfo vises nå på Element Info visning av sekvenslister.

  
  

• GenBank import nå også gir mulighet for filnavn med 'GBFF' forlengelse.

  
  

• "Sort mappe" verktøyet bruker nå numerisk sortering for filnavn innledes med et tall.

• Nye plassholdere er tilgjengelige når du definerer navnene på eksportøren utganger: & nbsp; {User} & nbsp; {host}, og for elementer av tidsstempelet for produksjonen objekt, {år}, & nbsp; {måned} & nbsp; {dag} & nbsp; {time, & nbsp; {minute}, & nbsp; . {andre} & nbsp;
• Plassholdere innenfor eksport utgang navnene som var tidligere bare tilgjengelig som sifre kan nå spesifiseres ved hjelp av skriftlige navn: {innspill} er et synonym for {1} {forlengelse} er et synonym for {2} og {teller} er en synonym for {3}.

Hva er nytt i versjon 7.7.1:

• Fikset et problem som oppsto da utfører arbeidsflyter med flere innganger i batch, der endringer i forhåndsdefinerte, faste innganger spesifisert under lanseringen prosessen ble ikke brukt.
• Fikset et problem der Motif søkeverktøyet feilaktig rapportert alle kamp nøyaktighet som enten 0% eller 100%.
• Fikset et problem der sortering en mappe og samtidig spare inn det kunne utløse en feil.
• Fikset en bug i dialogboksen batch-modus som ville føre til en feil når problemene knyttet til den underliggende fil eller data plassering ble oppdaget.

Hva er nytt i versjon 7.7:

Import Metadata - enkel og lett metadata import. Dette verktøyet supplerer verktøyene som er tilgjengelige i Metadata Table Editor.

Hva er nytt i versjon 7.6.4:

• Fikset en bug når Søk etter sekvensene ved NCB verktøyet ville mislykkes i å laste ned nukleotidsekvenser med feilmeldingen "Følgende sekvenser ble ikke lastet ned på riktig måte.
• Fikset et problem med BLAST på NCBI steg på Opprett Protein Rapporter verktøy.
• Fikset et problem som fører til en feil under VCF eksport hvor dataene er involvert opprinnelig hadde blitt importert fra VCF-filer og verdiene i QUAL feltet var heltall. & Nbsp;
• Eksport av flyt (desimal) tall til VCF & nbsp; formatet var tidligere avhengig av den angitte locale. Dette har blitt fikset slik at & nbsp; desimaltegn & nbsp; nå alltid er et poeng
.
• Når du gjør automatisk sammenslutning av metadata, viser loggen nå som metadata rader ikke var forbundet med noen data.
• Fikset en bug som forhindret metadata manuell informasjon som skal åpnes innenfra Workbench.
• Fikset en bug hvor gjør automatisk foreningen bruker en metadatatabell lagret på en CLC Server ville mislykkes.
• Automatisk sammenslutning av metadata håndterer nå forening basert på et prefiks av data navnene heller og nøyaktige treff for hele datanavn.
• En metadatatabell ikke lenger trenger en nøkkelkolonne for sine rekker å bli manuelt forbundet med dataelementer.
• Et alternativ til å overstyre metadata roller tidligere synlige i konfigurasjonen av arbeidsflyt utganger ble fjernet.
• Fikset en feil som skjer når en Workbench dataplassering pekte på en fil på systemet i stedet for en mappe. Det vil nå vises som utilgjengelig i Workbench Navigation området.
• Aktivert verktøytips for alle parametere ved konfigurering og gjennomføring av arbeidsprosesser.
• påloggingen fra en Workbench til en CLC Server må nå ferdig før du åpner en CLC url vil begynne.
• Løs et problem på Mac hvor Workbench ikke ble anerkjent som en tilpasset protokoll handler for CLC. // Webadresser
• Løst et sjeldent forekommende unntak som kan bli utløst ved å bytte redigeringsvisningen med et dobbeltklikk.

Hva er nytt i versjon 7.6.3:

Nye funksjoner og forbedringer

• dosering på utvalgte elementer er nå mulig: det pleide å være begrenset til utvalgte mapper
.
• Man kan nå velge "EST" som database når du bruker Søk etter Sekvenser på NCBI verktøy.
• Den hierarkiske Clustering av Samples verktøyet kan nå bli utført som en del av arbeidsflyter og på serveren.
• Forbedret minnehåndtering ved håndtering av store rapportelementer.
• Verktøytips på bladene av fylogenetiske trær nå vise en beskrivelse av den vedlagte sekvens.
• Tall er ikke lenger legges til navnene på arbeidsflyt elementer når du oppretter en kopi av en arbeidsflyt ved hjelp av "Open Kopi av arbeidsflyt".
• Metadata Management. Hold orden på innspill filer og importere metainformasjon for prøvene.

Feilrettinger

• Fikset et sjeldent forekommende problem der Workbench vil vise en feilmelding når du installerer en tredje part lisensiert plugin.
• Fikset et problem å velge en oppføring i en eksplosjon resultattabellen kunne markere feil justering i Blast redaktøren hvis tabellen hadde blitt filtrert eller sortert.
• Fikset et problem der klikke på en merknad i Design Grunning redaktøren kunne gi opphav til en feilmelding.
• Fikset et problem med merknader som spredte endene av en sirkulær sekvens ville bli feilaktig plassert i rundskriv Sequence View.
• Fikset en bug som forårsaket arbeidsbenken for å fryse dersom visse sekvenser ble vist i rundskrivet visning med radial gjengivelse av etiketter.
• Faste eksporterte rapporter som har feil forfatter i visse situasjoner.
• Fikset et problem der Opprett Box Plot og Principal Component Analysis kan noen ganger bli kjørt med ulovlige argumenter, som fører til en feilmelding.
• Utgangen av omvendt Komp Sequence verktøyet nå får suffikset -RC knyttet til navnet på input istedenfor -1 før.
• Fikset en bug i Tippe Sekundær Structure verktøy når muligheten til å beregne partisjonsfunksjonen ble valgt for lange molekyler (& gt; 1000 nukleotider).
• Fikset et problem der man ikke kan zoome inn etter zoome helt ut på svært store arbeidsflyter.
• Fikset et problem som forhindret en rot mappe på Windows-stasjoner fra å bli brukt som en Filplassering.
• Fikset et problem der oppdatering av en eksisterende installasjon på Windows vil resultere i .vmoptions filen blir slettet, noe som gjør Workbench kjøre med standard Java-konfigurasjon.

Hva er nytt i versjon 7.6.2:

• Lagt et arbeid rundt til en java problem som av og til resulterte i Workbench viser en uninformative feil og krever en omstart for å fortsette arbeidet.
• Fikset et problem med å kjøre BLAST på NCBI hvor en NCBI generert feil om deres bruk av CPU grensen overskrides ikke ble rapportert transparent og et resultat av "ingen treff" ble rapportert i stedet.
• En løsning ble brukt for å unngå et unntak i tilfeller der opprydding av nedlastede filer fra BLAST mislyktes.
• Reverse Oversett verktøy ignorert noen genetiske koden er angitt i kodon frekvenstabeller. All omvendt oversettelse vil derfor bruker standard genetiske koden.
• Når du installerer en arbeidsflyt med medfølgende data, er det ikke lenger mulig å velge en skrivebeskyttet mappe for lagring av data.
• Fast feil visning av "Støttet format" når du eksporterer elementer fra enten mappe Editor eller Local Search Editor.
• Fix potensial feil fil blir lagret når du redigerer en fil funnet via Local Search Editor.
• Tomter inne rapporter vises nå med sine lagrede sidepanelinnstillinger.
• Fast sparing forskjellige linje farger i tomter gjennom sidepanelet.
• Side panel muligheten til å vise legender for en tomt med mer enn 10 prøver er nå aktivert.
• Fikset et problem som førte til en feil ved gjengivelse av tomter for tomme datasett.
• Fikset et problem der alternativet "Tøm papirkurven" var noen ganger feilaktig utilgjengelig.

Hva er nytt i versjon 7.6.1:

• GTF eksportør er nå tilgjengelig for hoved Workbench.
• transcriptomics eksperiment og eksempel tabeller kan nå sorteres, selv med et stort antall rader.
• Forbedret Excel, HTML og tabulatordelt eksport av varianter (Velg kun de merknader / kolonner du trenger).

• Fikset en feil som påvirker "Cut Sequence før / etter Selection" verktøyet i Cloning redaktør.
• Fikset feil der en venstre-klikk raskt etterfulgt av høyreklikk ble tolket som dobbeltklikke på OS X (i resultatlisten utholdenhet søk, i verktøykassen treet, og i arbeidsflyten editor).

Hva er nytt i versjon 7.6:

• Spor:
  • Konsekvent utgang når berikende variant spor og kommentarspor med ekstra tabellkolonner. Utgang låter fra disse verktøyene har nå samme antall ekstra tabellkolonner og kolonnene vil alltid være i samme rekkefølge. Tidligere, hvis en tilleggskolonne hadde tomme verdier for alle variant rader, ville det ha blitt fjernet fra den endelige tabellen, noe som resulterer i varierende antall og relative rekkefølge av flere kolonner når flere prøver ble behandlet med de samme verktøy / arbeidsflyter. Alle kolonner beholdes nå, tilrettelegging nedstrøms prosessering av eksporterte tabeller, og gir umiddelbar visuell referanse til hvilke berikelse / merknadsverktøy har blitt brukt, selv om de ikke produsere noen resultater for et bestemt utvalg.
  • Bord for variant spor og kommentarspor kan nå sortere og filtrere kolonner med celler som inneholder flere numre.
  • Forbedret sporet seer for variant spor for å vise sekvensen endring på gjengis variant.
  • Graf spor nå vise negative verdier fylt oppover til y = 0 (som forventet).
  • Økt desimaler for tall når eksport tabell til CSV, tabulatordelt tekst, og Excel.
  • Forbedret rapportering av feil relatert til lite diskplass.
  
  

Hva er nytt i versjon 7.5.1:

• Det er nå mulig å kjøre en arbeidsflyt uten en valgfri inngang.
• AAC verktøyet ikke kommentere varianter i 3 'UTR med deres DNA-nivåendring ved hjelp av HGVs c.xxx format. Dette påvirker alle analyse gjort med Gx 7.5 eller tidligere basert på ENSEMBL CDS-spor fra eldre versons. AAC analyse bør tas på nytt ved hjelp av Gx 7.5.1 for riktig merknader.
• Pfam filtrering feilen fikset. Tidligere Pfam bare rapportert den første domenet av hver type i en spørring, og som en konsekvens mange domener var savnet. Vi anbefaler at brukere med forskning avhenger Pfam merknader gjen kjøre verktøyet på sine data.
• Fikset en bug i "Maximum Likelihood Fylogeni" verktøy som mislyktes ved generering bootstrap verdier for enkelte innsats justeringer.
• Fikset problem med å rulle til de aktuelle filene når du velger gjenstander som parametre i verktøy veivisere.
• De Blast tekst resultatene har blitt forbedret slik at de viser riktig spørringen og lagt stillinger uavhengig av tråden.
• Fikset et problem som hindret BLAST operasjoner når du velger å kjøre disse på CLC-serveren.
• Det er nå mulig å kjøre en arbeidsflyt uten en valgfri inngang.