QuasiRecomb

QuasiRecomb er et lett program som kjører i kommandokonsollen, simulere en Markov modell for å generere virus Quasispecies. Den beskriver generasjon av de virale quasispecies og en metode for å slutte sine parametre ved å analysere neste generasjons sekvense data. Modellen er validert på simulerte data, som viser fordelen ved eksplisitt å ta rekombinasjon fremgangsmåte i betraktning, og testet ved å påføre til leser oppnådd fra HIV eksperimentelle prøver. Det tilbyr en implementering av EM algoritme for å finne maksimum en posteriori estimater av modellparametere og en metode for å beregne fordelingen av virusstammer i quasispecies

Krav .

Java