edittag

edittag er et program samling for utforming sett med redigerings metriske sekvens koder, sjekker sekvens koder for konformasjon til redigerings metrisk, og integrere sekvens koder til plattformspesifikke sekvense adaptere og PCR primere. edittag skiller seg fra andre tilnærminger:
& Nbsp; * edittag genererer tilfeldige lengder på rediger-metrisk sekvens koder i rimelige tidsrammer ved hjelp av multi
& Nbsp; * edittag produserer redigere metrisk sekvens tag sett i samsvar med redigerings avstand valgt
& Nbsp; * edittag brukt primer3 å integrere sekvens koder til PCR primere
Vi tilbyr flere store sett med redigerings metrisk sekvens koder utformet ved hjelp edittag i følgende formater:
& Nbsp; * tekst - denne filen er i et egnet format for check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * sqlite database
Citation
Faircloth BC, Glenn TC. Store sett med redigerings-metrisk sekvens identifikasjon
koder for å legge til rette for storstilt multipleksing av lyder fra svær
parallell sekvensering. doi_
Installasjon:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
wget package.tar.gz
tar -xzf package.tar.gz
python setup.py installere
repository
git clone git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
valgfri pakke (py-Levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tjære -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python setup.py installere
valgfri pakke (primer3)
Hvis du ønsker å designe primere innlemme redigere metrisk sekvens koder, må du først installere en modifisert versjon av primer3:
git clone git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-primer3 / src
gjøre
make install
Pass på at du flytter binærfiler fra mod-primer3 til et sted i veien (flytte minst primer3 lange og primer3_config inn i samme mappe på bane). Du kan deretter kjøre

Krav :

• Python
• NumPy
• Levenshtein
• mod-primer3