goby

goby er en Python API for å lese binære datafiler opprettet ved hjelp av Goby neste generasjons data management rammeverk.
Normalt kommer denne katalogen som en del av den komplette Goby pakken, tilgjengelig fra:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
Den komplette pakken inneholder Java-kildekoden. Hvis du lastet ned denne pakken fra PyPI eller noen andre Python-spesifikk kilde, kan du ha fått bare Python del av koden.
Utvikling Advarsel
De Goby Python bibliotekene er ikke så moden som Java gjennomføring. Det kan være mer buggy og er ikke ment å gi et komplett sett med funksjoner som finnes i Java-versjon.
Installasjon:
& Nbsp; en. Kontroller at du har Python 2.5 eller nyere. Hvis du er i tvil, kan du kjøre:
python -V
& Nbsp; 2. Last ned og installer forutsetning python pakker:
& Nbsp; en. Protokoll Buffere
& Nbsp; Tilgjengelig fra http://code.google.com/p/protobuf/ eller PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - Python erstatning for java.util.Properties
& Nbsp; Tilgjengelig fra http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Installer Goby pakken:
python setup.py installere
& Nbsp; Dette trinnet kan kreve superbruker rettigheter.
Bruk:
Eksempel skript er gitt for å demonstrere hvordan man skal få tilgang til innholdet av Goby filer i Python.
& Nbsp; * Her er hvordan å skanne en Goby justering fil:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(Filene basename.entries og basename.header må avslutte.)
& Nbsp; * Den neste kommandoen vil skrive ut innholdet i en justerings fil som tekst:
GobyAlignmentToText.py basename
& Nbsp; * Den neste kommandoen vil konvertere et kompakt leser fil til fasta format:
GobyCompactToFasta.py file.compact-leser
& Nbsp; * Den neste kommandoen vil skrive ut statistikk om innholdet i en kompakt leser fil:
GobyReadsStats.py file.compact-leser

Krav :

• Python