Pathomx (tidligere MetaPath) er en åpen kildekode grafisk programvare implementert i IPython, Qt og PyQt, designet fra bunnen av for å fungere som en interaktiv verktøy for visualisering og analyse av metabolske dataene under GNU / Linux og andre POSIX & nbsp; drifts systemer. Det ble opprinnelig utviklet for å brukes til behandling av metabolomics data.Features på en glanceKey funksjoner inkluderer støtte for import og eksport av NMR (Nuclear Magnetic Resonance) data, spektra behandling, inkludert normalisering, binning og justering, samt metabolske veien visualisering og gruvedrift. Du vil også være i stand til å importere genomisk og metabolomics data gjennom ulike ruter for visualisering på spesifiserte trasé.
Ulike MetaCyc database merknader er også inkludert i Pathomx søknaden, blant hvilke vi kan nevne database forening lenker, synonymer, samt tilhørende veier og reaksjoner. Vær oppmerksom på at MetaCyc databasen er avledet fra det offentlige API.
Programmet bruker den kraftige MetaCyc database for rask utforskning av komplekse datasett, takket være utvidbar og konfigurerbare plugins. I tillegg bruker den de Numpy og Scipy biblioteker for antall håndtering, Matplotlib for grafer, nmrglue for NMR data import, d3.js for interaktive grafer, og scikit-lære for statistisk analyse methods.Under panseret og støttet OSesLooking under panseret på Pathomx, kan vi legge merke til at søknaden er bygget på IPython kommandoskall. Det fungerer også godt under Microsoft Windows og Mac OS X-operativsystemer, for som det er tilgjengelig for nedlasting som pre-bygget binære pakker. For GNU / Linux, er programvaren distribueres bare som en gzippet kilde arkiv kompatibel med 32-bits og 64-bits maskinvareplattformer.
Når du bruker Pathomx, bør brukerne huske på at programmet gjør bruk av data fra MetaCyc pathway database selv, som er en del av BioCyc familien. Den MetaCyc API brukes til å generere den medfølgende database, som er lagret lokalt
Hva er nytt i denne utgaven:.
- En helt ny dra-slipp visuelle redaktør ble lagt til.
- Den lar deg opprette analysearbeidsflyter ved å dra verktøy i arbeidsområdet, redigere tilkoblinger ved å dra datalinjer mellom verktøy, og bruker utsikt inline å få en oversikt over dagens behandling.
- Data kan slippes inn i arbeidsområdet for direkteimport.
- Det er også lagt direkte per-verktøy fremgang varslinger, barer og statusindikatorer.
- Feil blir flagget med hjelpetekst (verktøytips på verktøy når indikert rød).
Krav :
- Graphviz
Kommentarer ikke funnet