tigreBrowser

tigreBrowser er et genuttrykk modell nettleser for resultater fra tigre R pakke (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Installasjon:
tigreBrowser krever Python versjon> = 2,5. tigreBrowser kan installeres med følgende kommando:
python setup.py installere
For mer informasjon om hvordan du installerer Python-moduler (for eksempel installerer uten root rettigheter for bare gjeldende bruker), se http://docs.python.org/install/
Starte server
Webserveren inkludert i tigreBrowser må kjøre for å kunne bruke det faktiske resultatet leseren.
Du trenger en databasefil generert av tigre R-pakken (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). Denne pakken inneholder en testdatabase file 'database.sqlite "som kan brukes til å teste tigreBrowser. Testen databasen ble generert ved hjelp av instruksjonene og eksempeldata som er inkludert i tigre pakken.
Execute tigreServer.py å starte det grafiske brukergrensesnittet på serveren. For å starte resultat leseren, må man først velge en databasefil som resultatene vil bli vist. Dette kan gjøres ved å velge "Åpne databasefil 'og velge en databasefil. Databasefilen må ikke skriverettigheter. Serveren kan deretter startes ved å klikke på «Start server". Når klikket, vises en etikett under knappene for å vise nettadressen til resultatet leseren.
Resultatet leseren er nå tilgjengelig i denne nettadressen ved hjelp av en vanlig nettleser. Instruksjoner om hvordan du bruker nettleseren er i den neste delen av denne håndboken. Nettleseren er tilgjengelig før serveren er stoppet med "Stopp server" -knappen.
tigreServer.py kan også brukes med en kommandolinje-grensesnitt. Starte skriptet med 'help' alternativ for flere detaljer.
Ved hjelp av nettleseren
Datasett utvalg
Datasettet utvalget bestemmer hvilke resultater vil være synlig i resultatene plassering og i hvilken rekkefølge. Forsøket satt valget brukes til å velge det sett av eksperimenter. Bare resultater fra disse forsøkene vil bli vist i oppføringen.
Neste i datasettet utvalget er utvalget av transkripsjonsfaktor (TF) eller target set, til avhengig av om resultatet leseren er satt Target ranking modus eller regulator vurdering modus (se installasjon). I mål vurdering modus, er TF utvalg tilgjengelig og resultater oppføringen inneholder resultater for ulike mål med den gitte TF. I regulator vurdering modus er målet sett valgt og noteringen vil vise resultater for ulike regulatorer.
Ettersom antallet resultatene kan være høy, kan resultatet bli delt inn i flere sider. "Antall gener per side" valg kan brukes til å justere antall viste resultater. Det kan være nyttig for å redusere antallet resultater hvis siden lastes sakte på grunn av stort antall bilder.
Endelig kan rekkefølgen resultatene er vist endres med "Sort med" valg. Resultatene vil bli sortert descendingly av den gitte kriterier.
Filtrering
Resultatene kan filtreres etter ulike kriterier. Man kan for eksempel vise bare resultater for gener som har z-poeng høyere enn en viss terskel.
Det er mulig å kombinere flere kriterier ved filtrering. "[+]" Link kan brukes til å legge til et annet kriterium. Et kriterium kan likeledes fjernes ved hjelp av "[-]" kobling (ikke vist når det bare er ett kriterium). Når flere kriterier er brukt, et gen resultat må oppfylle alle kriteriene for å bli vist i oppføringen.
Filtrering er aktivert ved hjelp av "Bruk filtre" boksen.
Opplyser
Hvis genene i databasen inneholder utfyllende data, kan resultatene bli markert ved hjelp av disse dataene. De tilgjengelige utheving alternativene er vist med fargene knyttet til disse alternativene.
De fremhever verker av viser fargede boksene under sonde navnene i resultat liste for gener som har utfyllende data som samsvarer med utvalget.
Søk
Det er mulig å søke resultater for de gitte gener. Søke fungerer ved å skrive kommaseparert liste med genet eller sonde navn i søkeboksen. Gene aliaser kan også brukes som et søke oppføring.
Viser resultat
Resultatene for den gitte utvalg av datasettet, filtre, høydepunkter og søk vil bli vist når "Send" -knappen klikkes. Databasen vil da bli spørres etter resultater som samsvarer med den gitte valg. "Reset" knappen kan brukes til å fjerne alle valg og textfields.
Resultatene oppføringen inneholder flere kolonner. I den første kolonne en sonde navn vises med en GENENAME forbundet med sonden. Ved siden av genet navn, er genekspresjonen figuren hvis det er definert i databasen. Følgende kolonnen inneholder faktiske resultater for gener. Supplerende data vises også her. Eksperiment tallene vil bli vist sammen med de resultatverdiene.
. Til slutt, eksperimentparametere, hvis det er satt inn i databasen, vil bli vist som en tabell ved siden av tallene

Krav

• Python