capsid er en omfattende åpen kildekode-plattform som integrerer en høyytelses beregnings rørledning for patogen sekvens identifisering & nbsp; og karakterisering i menneskelige genomer og transcriptomes sammen med en skalerbar resultater database og et brukervennlig web-basert program for håndtering, spørring og visualisere resultater.
Komme i gang
Du trenger en MongoDB database, en Python 2.6+ installasjon og Apache Tomcat 6+. For mer informasjon, les wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home
What er ny i denne utgivelsen:
- Løser Feilmelding når du kjører subtraksjon og justering er ikke funnet
- Mer arbeid på å fikse lange spørringer som kjører
Hva er nytt i versjon 1.4.2:
- Fjerner MongoKit avhengighet
Hva er nytt i versjon 1.4.1:
- Løser markør timeout for lange løpe statistikk spørsmål
Hva er nytt i versjon 1.4.0:
- Legger statistikk mens de blir kjørt i stedet for alle på slutten
- Sparer unik id for gener som uid
Hva er nytt i versjon 1.2.7:
- Løser README
Hva er nytt i versjon 1.2.6:
- subtraksjon filtrerer ut kartlagt når du bygger kartlagt leser
Hva er nytt i versjon 1.2:
- Utility for å skape FastQ filer fra kartlagte leser
- Utility for å gå tilbake skjæringspunktet mellom FastQ filer
- Utility for å gå tilbake filter FastQ filer
- Lagd mapq terskel flagg til subtraksjon
- Gbloader kan nå laste bakterier og sopp genomer
- Sparer genomsekvenser til databasen ved hjelp GridFS
- Redusert minne fotavtrykk ved beregning av statistikk
- bruke delprosessene i stedet for os.system
- mapq score filter må omfatte 0
Hva er nytt i versjon 1.1:
- legger til støtte for pair-end leser
Hva er nytt i versjon 1.0.1:
- Lagt til støtte for MongoDB godkjenning
Krav :
- Python
Kommentarer ikke funnet