Staden Pakken er en fullt utviklet sett av DNA sekvens montering (Gap4), redigering og analyseverktøy (Spinn) for Unix, Linux, MacOSX og MS Windows.
På Gap4 fronten har det vært flere mindre bli relatert
forbedringer i hvordan det score tiltrer i Finn Intern tiltrer og
funksjonaliteten til sluttar knappen i Delta Editor.
Også av betydning å gap4 er de ulike endringene til io_lib (den
bibliotek for alle I / O til ulike spor filformater). Med tillegg
av et nytt hash_exp program det nå åpner for eksperiment filer å være
sammenkjedet sammen og indeksert. Listen over eksperimentet filnavn
bør stil leveres til gap4, men forutsatt at EXP_PATH miljø
variablen er satt riktig gap4 vil være i stand til å hente enkelte
sekvenser ut til den sammenslåtte eksperimentet filen
arkiv. Forbedringer i brukergrensesnittet for fortsatt må være
laget.
454 SFF arkivene er nå bedre støttet. De defsult 454 indekser
nå arbeide, selv om hash_sff programmet kan benyttes til å tilveiebringe en
alternative indekseringsstrategi (muligens raskere i noen tilfeller).
Gap4 og Trev har også et annet spor visningsstilen etter spor som
har en sample scan (x4 kanaler) per basen samtale. I dette tilfellet kan det
også trekke fire forventningsverdier i stedet for 1 per basen. Disse evnene
vil gi bedre integrering av Solexa spor når lettere
tilgjengelig.
Pluss selvfølgelig den vanlige blandingen av feilrettinger og mindre tilpasninger. Se
komplett endringslogg for detaljer (via SourceForge nettstedet).
Andre viktige endringer
Gap4
Kommentarer ikke funnet