POY

Poy er et fylogenetisk analyse program som støtter flere typer data (f.eks morfologi, nukleotider, gener og regioner, kromosomer, og hele genomer). Poy er bestemt i at det kan utføre sant justering og fylogeni slutning dvs. inngangssekvenser trenger ikke å bli prealigned. Innsett, slettinger og rearrangements, kan da bli inkludert i den totale treet poengsum etter Maximum Parsimony, eller i modellen under Maximum Likelihood. En rekke av heuristiske algoritmer er blitt utviklet for dette formål, og blir gjennomført i POY.