CWC Simulator

CWC Simulator er et C ++ gjennomføring av CWC, en beregning for representasjon og simulering av biologiske systemer. & Nbsp; Etter en vellykket installasjon (se INSTALL) vil du være i stand til å kjøre simuleringer enn CWC modeller, som vist i noen eksempler (se eksempler /).
(Command-line) Interface
Som en generisk bruker, bør du kjøre:

-i model.cwc
-o
-t
-s
-n
-c
--qt-terskel
-q
-w
Hvor:
- er navnet på den kjør (standard: scwc);
& Nbsp; - model.cwc er input CWC program (se eksempler);
& Nbsp; - statistikk er utgang-filer prefiks;
& Nbsp; - er simulering-fristen;
& Nbsp; - er prøveperioden (dvs. 0,12 for å få 250 poeng med tidsbegrensning = 30);
& Nbsp; - er antall tilfeller av simulering;
& Nbsp; - er antall klynger for k-midler
& Nbsp; - er terskelen for QT clustering
& Nbsp; - er antall kvantilmålet;
& Nbsp; - har vanligvis å matche antall kjerner av systemet (dvs. 4 for quad-core CPU).
Output
Verktøyet produserer:
- Noen dat filer (den samplede utgang av simuleringene)
- Noen gnuplot skript for å trekke statistiske logiske analyser
Vi jobber med en omfattende bruksanvisningen

Egenskaper .

• Gillespie SSA algoritme løpet CWC modeller
• Hybrid stokastisk / determinis semantikk
• Flere forekomster av simulering med online statistikk
• optimalisering for arkitekturer flerkjernede basert på FastFlow rammeverk
• Extensible statistisk rammeverk (gjennomsnitt-varians, filtrert clustering osv.)
• Flere reisende semantikk (masse action, Michaelis-Menten, Hill osv.)