STEPS

STEPS er en pakke for eksakt stokastisk simulering av reaksjon-diffusjonssystemer i vilkårlig komplekse 3D-geometrier. Vår kjerne simulering algoritmen er en implementering av Gillespie er SSA, utvides til å håndtere diffusjon av molekyler over elementene i en 3D tetrahedral mesh.
Mens det ble hovedsakelig utviklet for å simulere detaljerte modeller av neuronal signalveier i dendritter og rundt synapser, er det et generelt verktøy og kan brukes til å studere noen biokjemiske veien i hvilke romlige gradienter og morfologi er antatt å spille en rolle.
Vi har iverksatt STEPS som et sett av Python-moduler, noe som betyr TRINN brukere kan bruke Python-skript for å kontrollere alle aspekter av å sette opp modellen, genererer en mesh, kontrollere simulering og generere og analysere utgang. Kjerneberegningsrutiner er fortsatt implementert som C / C ++ utvidelsesmoduler for maksimal hastigheten på utførelsen.
. STEPS distribueres under GPL v3 lisens

Krav :

• Python