Best Bioinformatikk For Linux
Genepidgin er en pakke med Python verktøy som hjelper i evaluering og tildeling genet produktnavn & nbsp; Det er tre primære komponenter.:genepidgin * renere *& Nbsp; standardiserer genet navn per Uniprot navne retningslinjergenepidgin * sammenligne *&...
STEPS er en pakke for eksakt stokastisk simulering av reaksjon-diffusjonssystemer i vilkårlig komplekse 3D-geometrier. Vår kjerne simulering algoritmen er en implementering av Gillespie er SSA, utvides til å håndtere diffusjon av molekyler over elementene...
TRMiner er en Python verktøy som tar sikte på vitenskapelige data kuratorer. & Nbsp; Det gjør det mulig å raskt beskjære store samlinger av vitenskapelige publikasjoner til setninger som er relevante for en gitt gruve mål.Dette er oppnådd i to trinn....
Bioinformatikk Benchmark System er et forsøk på å bygge en rimelig testing rammeverk, tester og data, slik at sluttbrukere og leverandører for å undersøke resultatene av deres systemer.Det vi prøver å gjøre er å lage et rammeverk for testing, og en kjerne...
Staden Pakken er en fullt utviklet sett av DNA sekvens montering (Gap4), redigering og analyseverktøy (Spinn) for Unix, Linux, MacOSX og MS Windows.På Gap4 fronten har det vært flere mindre bli relatertforbedringer i hvordan det score tiltrer i Finn...
Arem er en basert på MACS (modellbasert analyse for ChIP-sekv data).High-throughput sekvense koplet til kromatin immuno- utfelling (chip Seq) er mye brukt for å karakter genom-wide bindende mønstre av transkripsjonsfaktorer, kofaktorer, kromatin...
seriesoftubes er en utvidet rørledning for Solexa ChIP-seq data.Pakke Dokumentasjon
Krav :
...
MetagenomeDB er en Python bibliotek designet for enkelt å lagre, hente og kommentere metagenomic sekvenser. & Nbsp; MetagenomeDB fungere som en abstraksjon lag på toppen av en MongoDB database. Det gir en API for å opprette og endre og koble to typer...
Seal er et Python-modul som gir sekvens innretting på Hadoop.Seal er en av MapReduce søknad om biologisk sekvenssammenstillingen. Det kjører på Hadoop (http://hadoop.apache.org) gjennom Pydoop (http://pydoop.sourceforge.net), en Python MapReduce og HDFS...
Miso (Blanding av Isoformer) er en sannsynlighets rammeverk skrevet i Python som quantitates uttrykket nivå & nbsp; av alternativt skjøtes gener fra RNA-Seq data, og identifiserer differensielt regulerte isoformer eller eksoner tvers prøver.Ved å...
