Ny Bioinformatikk For Linux
STEPS er en pakke for eksakt stokastisk simulering av reaksjon-diffusjonssystemer i vilkårlig komplekse 3D-geometrier. Vår kjerne simulering algoritmen er en implementering av Gillespie er SSA, utvides til å håndtere diffusjon av molekyler over elementene...
NEO (Neural Ensemble Objects), og er et prosjekt for å gi et felles sett av grunnklasser som skal brukes i nevrale dataanalyse, med sikte på å få OpenElectrophy, NeuroTools og kanskje andre prosjekter med liknende mål mer tett sammen.To store mål er...
OpenElectrophy er et rammeverk for å lette manipulering, lagring og analyse av elektrofysiologiske data. Det kan importere data fra mange forskjellige filformater og lagre dem i en enkelt SQL-type database.Analyseverktøy som inngår i OpenELectrophy er...
TORV er en pakke med programmer for å fange, forutsi og analysere biofysiske egenskapene til proteiner.Se http://enzyme.ucd.ie/PEAT for dokumentasjon, instruksjoner, skjermbilder osv Krav . ...
Burrows-Wheeler Aligner (BWA) er et effektivt program som justerer relativt korte nukleotidsekvenser mot en lang referanse sekvens slik som det menneskelige genom.Programvaren implementerer to algoritmer, BWA-kort og BWA-SW. Den tidligere verk for...
SSuMMo er et bibliotek med funksjoner laget rundt iterativt med hmmer å tildele sekvenser til taxa. & Nbsp; Resultatene er svært kommenterte trær som viser arter / slekten fordeling innenfor dette samfunnet.Programmer som er inkludert kildekoden...
goby er en Python API for å lese binære datafiler opprettet ved hjelp av Goby neste generasjons data management rammeverk.Normalt kommer denne katalogen som en del av den komplette Goby pakken, tilgjengelig fra:& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/Den...
PySCeS er et prosjekt utviklet av Triple-J Group for Molecular Cell fysiologi. & Nbsp; for å prøve modell og forstå de komplekse prosesser og systemer som utgjør den levende cellen Egenskaper . En tekstbasert modell beskrivelsesspråk En...
Pysam er et Python-modul for å lese og manipulere Samfiles. & Nbsp; Det er en lett wrapper av samtools C-API.Hurtigstartveiledningen er her. Mer detaljert dokumentasjon er tilgjengelig her.Spørsmål og kommentarer er velkomne, og skal sendes til den pysam...
TRMiner er en Python verktøy som tar sikte på vitenskapelige data kuratorer. & Nbsp; Det gjør det mulig å raskt beskjære store samlinger av vitenskapelige publikasjoner til setninger som er relevante for en gitt gruve mål.Dette er oppnådd i to trinn....
